刘裕、孙恩都是门阀政治的掘墓人。刘裕出身寒微，孙恩是低级士族。孙恩起兵摧毁了门阀士族在三吴统治的盘根错节的基础，扫荡了一些最具影响的侨姓士族，所以刘裕以后的活动，包括建立刘宋在内，没有遇到来自三吴的侨姓门阀士族的很大反抗。因此，孙恩和刘裕二人，就其客观作用说来，都是门阀政治的“掘墓人”，孙恩还是刘裕的先行者。当刘裕得势，独揽朝政，把门阀士族摆在一边的时候，卢循，徐道覆向建康进攻的行动，只能认为是次等士族内部不同派别之间的生死竞逐。刘裕有北府资实，又有复晋的功勋。他还有为东晋平寇乱的口实，师出有名。卢循反对司马元显的理由，由于司马元显之死，已不复存在，宗教狂热又已消失，师老兵疲，不堪久战。所以次等士族这两支力量竞逐的必然结局，是越来越清楚了。
次等士族反对门阀士族垄断政权，反对门阀政治，在东晋末年是遍及全国的事，上游荆州政局的纷坛变化，也反映了这种总的形势。隆安以来在上游活动的势力，殷仲堪与桓玄都是门阀士族，而杨佺期却是次等士族。杨佺期由北南来，居襄阳边地，以武力自固，似刘牢之。杨佺期出北土华胄，以晚渡不得预于东晋门阀政治行列，又似卢循。殷、桓由于处在不被中枢信任的地位，所以暂时与杨佺期结成联盟，借重杨佺期的兵力，反对当权的司马道子，这与王恭、刘牢之之间暂时结盟的关系大体一样。杨佺期与殷、桓之间，毕竟存在具有时代意义的矛盾。杨佺期受门阀士族排斥，慷慨切齿，欲因事际以逞其志，逐步发展为一支独立于门阀政治的势力。这种情况，与下游的刘牢之、刘裕一样，与孙泰、孙恩也很相似。不同的是，上游的斗争没有宗教势力介入，杨佺期以外还没有其它的次等士族势力的代表存在，情况比较简单。下游毕竟是全国重心所在，矛盾更为复杂，其变化又制约着上游局势。上游次等士族代表杨佺期的势力虽然被门阀士族桓玄并吞，但是桓玄终于又被下游次等士族代表刘裕消灭。历史趋势如此，胜利者终究是次等士族。上游的变化，不过是全局变化的一个回流，一个片段，一个侧面。
回顾晋末历史，事端迭起，矛盾交织。各种矛盾在局势的演化中都起了自己应起的作用。各种矛盾的发展都受这个时代的主要矛盾的制约，都在促进次等士族夺取门阀士族的统治权力，从而完成孝武帝开始的重振皇权的过程。“晋祚尽昌明”，而继立的宋祚却执行着司马昌明的遗嘱；其中被扬弃的，是以“王与马共天下”为开端的门阀政治。这是一个历史的辩证过程。
门阀士族让出了统治权力。他们在政治上、军事上失败了。但是在社会上，文化上，他们还有相当大的潜力和影响。次等士族胜利了，用军事力量巩固了自己的统治地位，但还要把门阀士族供奉在庙堂之上，以为自己张目。刘毅聚结门阀士族与刘裕对抗，门阀士族谢混党附刘毅，均被刘裕处死。这就是说，政治军事权力全入次等士族刘裕之手。但据《晋书》记载，刘裕受禅，以不得谢混奉玺绂为憾。刘裕本人也渐染士族习俗，以风雅为高，士族有时还是可以装点门面的。
不过，次等士族的势力业已转化为皇权，中枢和藩镇总是控制在皇室之手，门阀士族人物虽然还可能兴风浪于一时，形成政局的暂时反复，但是严格意义的门阀政治是确定不移地一去不返了。
在皇权政治之下，南朝的道教传播依然如旧，但道术活动受到控制。杜氏家族后人或仕或隐，以传杜氏道术聚众起兵的事，也不再出现了。
东晋和南朝，历来都被认为是门阀政治的时代。实际上，真正的严格意义的门阀政治只存在于东晋，不存在于南朝。东晋门阀政治以皇权政治的变态出现。刘宋以后，皇权政治基本上恢复了常态。在东晋门阀政治之下，必须维持几个最强有力的门户之间的利益平衡，还要保留司马氏的皇位。各个强大门阀士族之间，彼此起着制约作用，所以当权士族多少有所顾忌，而东晋政权也得以维持至百年之久。南朝排斥了门阀政治，恢复了皇权政治，但皇权政治的基础和格局并不能一次巩固下来，政权反而失去了稳定的因素，不断发生皇族内战和易姓换代纠纷。宋齐两代，皇帝与诸王争斗频繁，几无宁日，政局如走马灯。相比之下，东晋朝廷的砍杀并不多见。这或许可以视为门阀政治曾经发挥过一些积极作用的证据。
严格意义的门阀政治不存在了，门阀士族还在，而且还颇为顽强。但是他们毕竟已经越过了权势的顶峰而走向衰落了。他们无法以凌驾于皇帝的赫赫权势来证明自己的存在，只好摆出傲慢、排他的姿态，以图显示其家族仍具有居官从政的特权和独特的社会地位。唯其如此，他们钻营富贵而又贱视富贵，依附王侯而又傲视王侯，才不能不矫揉造作，故作矜持。隔世看来，他们好像是偶人戏中的角色，真正的表演者无宁说是他们的先人，那些人曾经左右过东晋局势，但早已成为冢中枯骨。
不过，门阀制度真正衰亡，要到唐代中期。唐朝初年，国内还有显赫的“五姓”，如太原王氏、清河崔氏、范阳卢氏、荥阳郑氏、赵郡李氏等。武则天出身一般，所以她掌权后，狠狠地打击豪门大姓，重用庶族官僚，尤其是大兴科举，通过考试选拔人才而不是通过门第，这是中国的一大变革。从此，门阀制度才真的消亡了。此后的封建王朝，只有皇帝一家是贵族，再也没有世袭罔替的蓝血贵族了，皇权专制得到空前的加强。
当然，中国人至今还重视祖籍，重视地望，供奉祖宗，排列家谱，对本姓涌现出的优秀人物感到无上光荣，并教导子孙以之为榜样，以增强家族的凝聚力，这是一种悠久的传统。从某种意义上说，珍视家族，安土重迁，才是中国人的图腾。