就在白公馆的陆景清给杨进兴打电话下达屠杀命令的同时，刽子手雷天元、龙学渊率熊祥、王少山一行，坐车来到五灵观一号保密局公产管理组副组长张秉午家，雷天元亲自召集李磊和看守长徐贵林开会，研究渣滓洞的屠杀办法。对一些准备释放的人，他们觉得因分别关押各囚室“无法清理”，也拟全部处决。为此，这些特务们共同写了一份“愿负事后一切责任”的具结书，算作向上司交代的证明。同时他们决定，屠杀的现场周围由交警大队、西南长官公署警卫团五连严密警戒。雷天元让特务何铭带头，找交警队二连连长杨英杰商量，派10名年轻力壮的士兵去完成屠杀现场的掩埋任务。于是，杨英杰叫值班分队长孟繁义派班长夏登禄带了9名士兵去了刑场，忙着一件事——挖坑。这是敌人为即将处决的烈士们准备的最后一个“动作”……
8时左右，渣滓洞监狱内外突然警力大增，荷枪实弹的武装人员和便衣特务皆到场了。又一场大屠杀开始了——只听看守所李福祥拿着一张名单，如头饿狼似的在楼上楼下各囚室点着名：“刘石泉。”
“邓惠中。”
“蔡梦慰……你们24人，要换地方了，快准备走吧！”随之，刽子手们跟着从一个个囚室内赶着点到名的“囚犯”。
“同志们，敌人的屠杀开始了！再见！”“中国共产党万岁！”“起来，不愿做奴隶的人们……”
监狱内，顿时口号声、歌声和告别声，交融在一起，悲愤而壮烈。敌人一下慌了，大声吆喝着：“不许唱！唱什么呀！”还散布些假象：“快上车！上车了就有好日子过！”
“蔡梦慰，你还不赶紧拿自己的东西走啊！”特务见瘦得像个竹竿似的“囚犯”蔡梦慰还弓着腰在黑暗中寻找什么，叫唤道。
“忙什么？我找我的眼镜。”蔡梦慰竟然不慌不忙将找到的眼镜戴上，然后整了整衣服，才走出囚室。其实在黑暗中，他趁敌人不注意时，将一样东西藏在身上。
“再见了，同志们！胜利一定属于我们的！”
就这样，蔡梦慰和其他23位难友被敌人用刑车押到歌乐山的松林坡杀害。在迎着死亡的夜幕途中，蔡梦慰悄悄地做了一件事：他将藏在衣服里的一样东西趁敌人不注意时扔在了路边的草丛里……在他遇难后的第三天，解放了的重庆群众在敌人屠杀现场找到了这件物品，打开了看，便是烈士没有写完的那首长诗《黑牢诗篇》。这首长诗的最后一章就是在这个黑暗的夜晚写的，然而敌人的屠杀提前了，所以诗人还没有完成长诗的最后篇章——《第五章铁窗里的等待》的全部内容——像笼里的鹰梳理着他的羽翼，准备迎接那飞翔的日子；……你，向自己的弟兄，裸示出深藏的灵魂和躯体，看哪里还有暗迹，看哪里还有污点，进入那圣洁芬芳的田园地呀，谁，好意思带着一身垢腻！莫说包过脚，老了便不能解放；五十几岁的老大哥，天天在学读书、写字；还在梦里流尿的孩子，也会用稚气的口语，讲说革命的大道理，描述新社会的美丽。
……
第一批24人被分别拉出去杀害后，渣滓洞内出现了短暂的平静，这是因为看守所所长李磊觉得牢里还有那么多人，照刚才一批批拉出去枪毙的速度，到第二天（28日）白天都说不定“处理”不完，于是，他打电话向正在白公馆的雷天元求援。
那边的雷天元接到电话后，便带着便衣特务们和警卫部队往渣滓洞赶。这当口，渣滓洞才有了短暂的“平静”。
此刻，夜已深。雾气浓浓地笼罩在渣滓洞监狱的四周，老天还下着蒙蒙细雨。渣滓洞的牢房里，不管是反动派的看守，还是关押在牢房内的革命志士，此时此刻，每一个人的内心都十分紧张，敌我双方都在密切注视着监狱内外的一切动向。
敌方以“马上转移，要办移交”为由，强行用枪将所有在押人员集中到楼下的八间牢房，他们的意图很明确，一旦动手，“解决”得快些。“他妈的，要来接收白天又不来，深更半夜怎么移交嘛？楼上的人都下来，让那些龟儿子来点名。”为了掩盖真相，李磊装模作样地在监舍外破口大骂道。等所有“囚犯”下楼后，特务们分头将楼上的“男犯”集中到楼下1—7室，“女犯”则集中在楼下8室，然后逐一把牢房的门锁上。至于什么时候动手，得听上司的命令。特务们时刻等待着上面的命令……难友们被驱赶到楼下的囚室的那一刻，多数同志已经清楚地意识到这是最后时刻了。“怎么办？横竖是死，冲出去跟这些狗日的反动派拼了！”有人握紧拳头，恨不得将铁牢的窗门上的根根铁条和枷锁砸个粉碎。是的，再不采取办法，恐怕只能让敌人屠杀了！怎么办？可又能怎么办呢？牢房像一只只铁笼，再勇猛强悍的勇士也只能如困兽一般……“唉，什么时候天亮呀？天亮了，敌人就不敢胆大妄为地公开屠杀吧！”有人透过牢房的窗口，向天空看去……可是，天幕黑得根本见不到任何东西。
“真黑暗呵！”有人叹了一声。天还没有亮，忌讳说黑暗，黑暗黑黝黝，痛苦看不见，就是看得见，也是不忍见。道路虽不远，走要下细点，有亮照出来，照给大家看，纵然狂风暴雨多，为了发光要大胆！
黑暗中牢房里，突然传出一个声音。这是大家熟悉的、在监狱里有“人民歌手”之称的古承铄在诵诗。他的这首《天还没有亮》早些时候就在狱中被难友们传诵，此刻当他再一次吟诵时，其意显得更加凝重。
天还没有亮，忌讳说黑暗，黑暗黑黝黝，痛苦看不见，……同室的难友们不由自主地跟着古承铄吟起来。“不许出声！不许——！”特务们出面干涉了，他们用枪托狠狠地敲击着古承铄待的那间牢房门。“雷长官，你总算到了！怎么样，马上行动？”这时，李磊见雷天元带着大队人马已经来到渣滓洞，顿时来了精神，他问。“都把人赶到楼下了？”雷天元一边巡视各囚室，一边问李磊。“对，都在楼下，只要长官一声命令，我们就……”“雷长官，你的电话。”突然，看守所的值班人员过来报告。雷天元进值班室接电话。“是老杨啊，有什么事？”雷天元一听对方是杨元森的声音，听着听着，雷的脸色一下难看了许多。“明白。转告徐处长，请他放心，我们一定完成好任务后马上撤！”雷说完，放下电话。
在这个电话里，雷天元知道了徐远举通过杨元森向他转达的最新情况和新的指令：徐远举从罗广文部情报处长林茂口中得知，解放军已打到重庆市郊的南泉了。国民党川军司令官罗广文已经下落不明，所以，渣滓洞的警卫部队必须在28日一早就要撤走，处决渣滓洞的“案犯”一事因此要提前到拂晓前办完。“越快越好，事不宜迟，这是徐长官的命令。”
“何铭，你马上给我调4箱子弹来！”雷天元放下电话，就像一条疯狗似的开始上蹿下跳着指挥身边的特务。他让手下准备2000发子弹，就是为了“彻底干掉”关在渣滓洞内的这些“案犯”。
“雷长官，徐处长又给我亲自打了电话，说马上要行动了，否则没有时间了。”李磊这时提着枪也慌忙地跑到雷天元面前。
“牢房门全部关好了？”阴森的灯光下，雷天元的一双眼珠闪着贼光，他问。“全部锁好了！”李磊答道。“集合警卫连和交警七中队的全体人员！”雷天元一声吼叫。“集合——！”敌警卫连的几十号人在三排长刘建的哨子声中，迅速排成两行。“弟兄们，共党的军队已打到南岸罗家坝了。奉上司命令，今晚我们要把关在这里的共党分子处决完，原准备分批拉出去，现在来不及了，所以我命令你们：每两人守一个监舍门，然后听枪声一起行动，要彻底干净地处决完所有犯人，不得有误！完成后长官有赏！弟兄们，行动吧！”
敌警卫连的士兵立即端着机枪、卡宾枪，快步站到楼下各个监舍的前后门窗口。随即，一把把罪恶的枪对准困在狱中的我中国共产党员和革命志士们……“同志们，敌人要大屠杀啦——！”“冲啊！跟他们拼啦！”“打倒国民党反动派！”“中国共产党万岁……”
狱中的共产党员们一看情况不对，知道这是最后的时刻了，于是，骂声、口号声、《国际歌》声和拳打脚踢门窗的撞击声交织在一起，监狱顿时沸腾起来。
“打——”特务徐贵林第一个开枪。紧跟着敌人的枪从四面八方伸向监舍的门窗口，如雨点般地射进各个监舍，狭窄的监舍内，挤在一起的难友们，个个赤手空拳，根本无力抵抗，当即纷纷倒下。
“狗日的，你们算什么本事！有种把门打开，老子来吃你的子弹！来，往我这儿打——！”共产党员何雪松从血泊中站起来，将身子紧贴在窗口，想极力保护身后的难友。“突突……”
敌人连打三梭子弹，何雪松的双手依然紧紧抓住窗口不松手，像钉子一样死死地钉住牢门。“突突！”
“突突……”“突突突……”
这是最为暴力的一幕：刽子手们采用的屠杀手段极端卑鄙无耻，他们按照预先制定的枪杀方案，将枪架在囚室前后的门窗口，然后对准赤手空拳、毫无准备的共产党员和革命志士们进行突然袭击……十几平米的监舍内原本关押十多个人，挤得整天鼻子碰鼻子；屠杀前，特务们将监舍合二为一，监舍内更成了煮饺子似的。此刻，当罪恶的子弹从前后窗口射进监舍时，几乎没有人能逃过。有人在第一声枪响时便倒下了，有人的脑袋和身子被子弹打得蜂窝一般，有人在第一轮袭击时倒下后没有断气，刚有一丝抽动，便有更加猛烈的子弹扫射过来……血溅满了监舍墙壁，飞扬到舍顶后又往下直流，再从监舍的门缝中流淌到院坝内，然后汇成河流一般涌出渣滓洞……“你们这些畜生！不得好死！”头部已经连中三枪的共产党员陈少白从血泊中站起来的那一刻，像个血人一样。当他无比愤怒地张嘴痛骂刽子手时，“突突突”的又一梭子弹将他的一双眼睛打得稀烂，惨不忍睹。
具有丰富武装斗争经验、在战火硝烟中身经百战的共产党员周后楷躲过刽子手们的第一、第二轮子弹的扫射后，他从战友的尸堆里跃起，将一块床板猛地砸向窗口，然后用身子堵住敌人的枪口。“突突！突突……”不想，他身后的卡宾枪又响起，周后楷的身子顿时被打得血肉模糊……“突突突……”“突突！突突突……”
一番疯狂的扫射持续了十来分钟后，整个渣滓洞各监舍似乎一下寂静了下来，只有偶尔的痛哼声和低声的哭泣从死人堆里发出……“把牢房门打开，一个个检查！”雷天元和李磊命令道。
于是，提着卡宾枪和手枪的刽子手们又闯进牢房内对那些仍在抽动或者他们认为还可能有气的“犯人”补枪射击。死不瞑目的共产党员屈懋修因为愤怒的双眼还在注视着来犯的敌人，于是又一梭子弹将他的双眼打成两个淌着血水的黑窟窿；牙牙学语的“监狱之花”——小卓娅在尸堆里哭喊着妈妈，一梭子罪恶的子弹竟将小娃娃的她打跳了起来，然后重重地摔在床铺底下，再也没有吱一声；刽子手们补枪时，双脚受伤的陈作仪，突然愤怒地站起来吼道：“不要打脚，现在你们冲着我的头打好了！”当他身中数弹时，仍在高呼着“打倒国民党法西斯”的口号……渣滓洞的枪声终于停了下来。此时已值28日凌晨3点多钟。“今晚李所长和兄弟们干得好！”满脸溅着血迹的雷天元拍拍李磊的肩膀，夸奖了几句，随即登上汽车，说：“我要回城向徐处长汇报，你们在这里看好现场。”雷天元刚走，刽子手们便争先恐后地冲到楼上的监舍，拼命地争抢着“囚犯们”留下的各种值钱的物品和衣服。抢劫尚未结束，另一伙带着汽油和酒精的特务们又到达渣滓洞。“别抢了！快把木柴堆到楼下的监舍，然后再倒上酒精和汽油……”李磊觉得自己手下的行为太丢人，便挥着手枪，骂骂咧咧地赶着特务们忙乎最后一桩要办的事——焚烧屠杀现场。
“噗——！”一根火柴划破了漆黑的夜空，渣滓洞顿时火光冲天……“快走吧！共军天亮就要到这儿啦！”“啊！长官，那我们去哪儿呀？”火光中，惊慌失措的特务们开始有组织地撤离。
火光中，监狱的铁门断裂了，监狱的墙壁也在倒塌……这时，死人堆里有人在艰难地往外爬……
1个，2个……
5个，10个……共15人在这场惨无人道的大屠杀中幸免于难。他们是：肖中鼎、刘德彬、孙重、傅伯雍、周洪礼、杨纯亮、陈化纯、杨培基、刘翰钦、周仁极、杨同生、钟林、李泽海、张泽厚，还有一位叫盛国玉的女同志。关于大屠杀的最后时刻那一幕，只有这些人是清楚的，下面是几位脱险幸运者的回忆——
刘德彬：“……敌人机枪开始扫射时，自己的心里还是很害怕的。我当时和陈作仪坐在床上，立即倒下。由于门口堵塞的同志较多，自己未中弹，这时扫射的子弹在一、二室打得密些，我们五室打得少些。这时已有个别同志中弹后高呼口号和骂特务的声音，自己当时还是想表现得勇敢，因为想到反正是死定了的，但也存在侥幸心理。因此，在敌人扫射的间隙，黄绍辉同志拉我一把，我们就从床上卧倒在屋的正中。因为屋的四周都挤满了人，特务的扫射也集中在四角。正在这时，我右臂中弹了。当时鲜血直流，昏迷了过去……接着听到特务把门打开进来补枪，幸未中弹。后来房子着火了，这时我爬了起来，接着另外受伤未死的钟林、杨培基，还有一个贵州人，我们一起冲到门口，但牢门被锁了，冲不出去。这时我发现门的下面有缝隙，于是我们几个人就把木门扳开了，冲了出去……”