辣（甜）椒采收后，随着后熟过程的进行，组织中的原果胶含量逐步下降，叶绿素降解，类胡萝卜素积累，果实变软，色泽逐步由绿转红。果实后熟期间有乙烯产生，积累在贮藏环境中会加速后熟过程。
故贮藏管理上应注意适时充分换气，辣（甜）椒对贮藏环境湿度的变化较敏感，当贮藏环境的相对湿度太低或管理措施不当时，会导致果实失水萎缩，使其耐贮性和抗病性大大降低。故辣椒采收后处理时要注意以下几点。
一、适期采收
贮藏用的辣（甜）椒应以充分膨大成熟、果面有光泽的青色椒果为宜，不能采收红熟椒，这种椒很快变成深红色并变软，贮藏寿命短；也不要采收未成熟的辣椒，这种辣椒含水量多、干物质少，贮存期间易脱水萎蔫、耐贮性差。一天中适宜的采摘时间是在早晨或傍晚无露水时，此时果温较低，果实本身带的田间热少。采摘时要连果柄一起摘下，入贮前将果柄剪留至约2厘米长。
二、采后保鲜
采后必须立即进行预贮、愈伤、杀菌处理。预贮的措施主要是预冷，在产地采收后立即进行，可将辣椒摊置于室内，利用自然空气对流，也可强制通风对流。杀灭病菌的措施是涂抹保鲜防腐剂，主要药剂有2，4—D（0.01%—0.025%）、托布津（0.05%—0.1%）、多菌灵（0.025%—0.05%），以上药剂最好在采收后及时喷洒在果实表面，3天内喷洒效果显著。
辣（甜）椒贮藏期的病害主要是瓜果腐霉引起的果蒂烂病，其次为灰霉病和炭疽病。采后果柄剪口处要注意杀菌消毒，采用气调贮藏时可用占果重0.05%的强氯精或仲丁胺熏蒸杀菌。
三、选择、包装
在包装前应根据辣（甜）椒的大小、品质、形状、色泽进行分级分装，再一次剔除预贮后产生的腐果、伤果、病虫果和质量不合格的果实。辣椒果实宜用纸箱包装，并且包装以每箱15—20千克为宜。过多，辣椒承受不住压力；过少，浪费有效空间和增加贮运成本。中长期贮藏的果实包装要加乙烯薄膜（0.015毫米厚）折口贮藏。封闭包装往往会造成湿度过大而凝水，导致腐烂加重，应注意换气或在袋上打孔。
四、贮运环境条件
1.贮藏场所在贮藏前，要将贮藏场所彻底清扫干净，尤其是贮藏过蔬菜或水果的老库房，要进行药剂消毒。消毒多用熏蒸法，也可用化学杀菌剂喷雾。可用5%的来苏水或2.9%的福尔马林熏蒸；也可用硫磺粉熏蒸，硫磺粉用量为每立方米5—10克。贮藏环境中还要搞好灭鼠防鼠工作，防止老鼠破坏。
2.温度辣（甜）椒对低温很敏感，低于9℃贮藏时易发生冷害，辣椒贮温以9℃—12℃、甜椒以10℃—12℃比较适宜，高于12℃果实衰老加快。
3.湿度青椒果极易失水，保持果实水分是辣（甜）椒保鲜的一大关键，无论是贮藏过程还是运输过程，都不能使青椒长时间裸露，贮运中要加透气性薄膜包装，保持相对湿度85%—90%。
4.气体辣（甜）椒贮藏中因呼吸作用会不断释放二氧化碳（Co2），环境中二氧化碳浓度高于2%时易发生二氧化碳中毒，造成萼片褐变和腐烂，所以贮藏环境要有较好的通风条件。可在包装底部放入消石灰或无水氯钙做吸收剂。
五、装卸运输
为减少振动幅度和摩擦，应在装筐和装车时，增加衬垫缓冲物，每筐15—20千克，上层与下层之间要设支撑物，防止上层的筐直接压在下层的辣椒上。如果运输距离远，有条件的话，可采用空调车运输。