不顾包括荣禄在内的诸多大臣的劝阻，慈禧太后及主战派决定由荣禄率军攻打各国驻京使馆，并悍然向列强宣战，实际上是准备以所谓天神附体、刀枪不入的义和团为炮灰和列强较量一番。荣禄等人则是有苦难言、焦急万分。中日甲午战争以来，朝廷积弱积弊已至无可挽回之地，和列强开仗，实在是胜算太少，以一弱国而抵数强国，危亡立见，会陷国家于水深火热之中，国何以堪！而且两国相争，不罪使臣，自古皆然，现在攻打使馆，日后可怎么收场？话虽如此，朝廷已然宣战，战争不可避免，荣禄也只能听命攻打使馆。此时的荣禄俨然把生死置之度外，在给同僚的信中说：“我辈世受国恩，亦惟有拼其一死以报朝廷，尚有何说耶！”他又觉得，区区一死不足惜，实在是不能做万世罪人，于是他决定，仍尽自己所能向慈禧进言，对使馆实行明攻暗保，竭尽周旋之能事，以保证各使臣不受伤害，并争取和使臣们取得联系，求得谅解，为今后转圜留下余地。至八国联军攻入北京之时，使馆已被围56天而无一攻破。也正是因为这样，虽然他是攻打使馆的指挥者，日后列强也没有把他列入战犯之中。
大家会觉得奇怪，荣禄是慈禧的死党，他竟敢违抗慈禧的命令？慈禧既然下了那么大的决心，又怎么会允许荣禄对她的旨意阳奉阴违呢？其实道理很简单。慈禧从来就是一切从自己的切身利益出发，她为私欲而断然宣战，但当她的愤怒在几天后有所消减，她静下心一想，也还是很害怕列强长驱直入的，那时国将不国，她地位也难保。但当时的情势已是骑虎难下，一来是虽然她是最高统治者，但主战的王公大臣们以大阿哥的父亲端郡王载漪、大学士刚毅为中心，正在朝廷里掀起一种狂热的情绪，并形成了一定的势力，当初她既然一气之下宣了战，如果马上出尔反尔，自己的威信会大受损害，对官员们不好交代，说不定他们会因此而拥护光绪；二来是此时京城内义和团势力正盛，对朝廷本来就构成了直接威胁，何况端王等和义和团还有很密切的联系，这两者对她的统治都很不利，所以她暂时只能把战争继续下去。同时，明修栈道，暗度陈仓，慢慢地做一些回旋的事情。6月29日，她就命清朝驻外使臣向各国解释开战之“万不得已”，并把责任推到了义和团身上。7月9日，八国联军开始攻打天津之后，朝廷内停战议和观点渐占上风，慈禧也逐渐表示倾向于停战了。但这其中颇多反复，因为慈禧是统治者，本来就要靠主和主战双方的争斗来控制朝政，所以她的态度一直都不明朗，加之心情恶劣，就更是反复无常。
慈禧的种种心意以及她所处的复杂情况，荣禄是了如指掌的，于是早在她心生悔意之前，荣禄就已经着手实行明攻暗保，力图把日后可能产生的损害减少到最小。他采取不与慈禧顶撞、不向慈禧请示的方法，这正是做臣子的高明之处，处处给主子留着脸面，替主子受过，还不动声色地替主子办好她还没有想到却最符合她利益的事，或是心里想做又不方便做的事，荣禄可真算得上是内中行家，难怪慈禧对他恩宠不衰。其实慈禧派荣禄当指挥，就是想保证所有的事态都能在她控制之下，荣禄当然知道慈禧的这番深意。荣禄也知道，只要他做的事都是真正为了维护慈禧的利益，慈禧是不会怪罪于他的，在这方面他们非常有默契。慈禧后来说，当初她还是留了一个心眼的，她不想彻底断了和列强议和的后路，不然何至于合义和团和朝廷之力，都攻不破小小的一个使馆？其实这个心眼、这条后路，是荣禄替她先想到的，也是借荣禄之手来实施的。我们不妨来看看荣禄的具体活动。
荣禄自奉命围攻使馆后，其兵力最多，但进攻从不得力，且一直试图与使馆联系。最初，宫中召集大臣开会，讨论是否应该停止围攻之事，慈禧当时有停战并发照会之意，荣禄就马上命令停止攻击，并派人告诉洋人，说奉上谕保护使馆，即刻停止攻击，将有照会自玉带桥递来。可惜荣禄白费心机，朝廷还是主战派占了上风，当天夜里，他就不得已接受命令再次发动进攻，但他这方面的进攻很弱，据当时英国公使窦纳乐所记，进攻多来自北部和西北部，也就是董福祥部和义和团方面。
此后战斗有一阵比较激烈，有一日清军竟发炮300余发，大炮射穿了英国使馆的楼顶，也有人中炮毙命，使馆区的大官房院被火箭射成一片火场，双方互有死伤。使馆内各公使纷纷向天津的驻军求救，各国政府也警告清政府不得伤害使臣，同时开始筹办进兵事宜。八国联军与清军在天津展开激战。而在这期间，荣禄除自己进攻不力外，还一直暗示董福祥不要竭尽全力，董军受朝廷影响，也是有一搭没一搭地打。但董福祥身为武将，既然作战，当然要有些样子，所以自始至终他还是比荣禄认真。但有一次，朝廷派武卫中军的开花炮队为董福祥军助攻，刚要开炮时，董福祥还是想向荣禄请示一下，他对荣禄说：“炮离使馆很近，一发炮，恐怕使馆会炸得粉碎，到那时引起交涉，我就要成祸首了，还是请荣相给我一道手谕吧。”董福祥还是不傻，但荣禄总不开口，董福祥一再请求，最后荣禄说：“横竖炮声一响，里面总是听得见的。”董福祥恍然大悟，其实只要做做样子给朝廷看不就行了吗？于是他就对准使馆的空地开炮，使馆分毫未损。此后不久，朝廷就下令停战了，董福祥暗自侥幸。
与此同时，荣禄与两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章保持着紧密的联系，他们的观点是一致的，于是互为支援、互通声息。这些地方督抚们联合起来搞了一个“东南互保”，向列强允诺剿灭义和团运动，维持秩序，换取列强的不进犯。这在表面上是抗旨不遵，实际上跟荣禄的明攻暗保同出一辙。正是他们的这些做法，在一定程度上保全了半壁江山深陷水火、摇摇欲坠的清王朝，此后和列强进行议和的正是这一批人。李鸿章等各地督抚也纷纷向朝廷上书，说现在各国已开始进兵，要想挽回大局，就必须保住使臣、使馆，今后还有得商量，他们再三强调说，各国使馆、使臣千万动不得，万一有失，大局就不堪设想了。荣禄见自己的做法得到他们的认同和支持，就更放心了。
荣禄也一直没有放弃寻求向各国公使示好的机会，7月10日，一名叫金四喜的中国教徒被使馆派出去送信，结果被义和团抓住。荣禄知道后非常高兴，马上就把这个人从义和团手里要了回来，还款待了一番。三天后，荣禄以总理衙门名义写了封致英国公使窦纳乐的信，派此人送了回去。信的内容是什么呢？原来荣禄希望公使们能相信他，率家眷、参赞、翻译等移驻总理衙门内，由他派兵严加保护。他提议，因情势紧张，要求他们出馆时不要带一名持枪士兵，以免双方出现突发事件不可收拾，如肯相信他，以第二天午时为限回信，以便预定保护出馆日期，荣禄称，这是他“于万难之中设法筹此一线全交之路，若过时不覆，则亦爱莫能助矣”。但当时的情形之下，各国公使怎敢相信呢？他们决定仍然留在使馆内，于是总理衙门又回了封信，说既然如此，朝廷会派军严禁义和团再向各国使馆放枪攻击，使馆也不要随时任意放枪。自此之后，攻守双方进入休战状态，信件往来也一直持续到围攻结束，荣禄还授意围攻西什库教堂的清军停止攻击。7月17日，围攻使馆的清军正式停战，荣禄命人给洋人送去瓜果。第二天，他派员前往使馆会谈，达成了一项休战协议，随后又派一名叫文瑞的官员前往慰问。20日、22日，总理衙门奉慈禧之命，给各国使馆送去西瓜蔬菜果品等食物，同时，清政府开始限制义和团。
为何此时停战？只因形势越来越朝着对清廷不利的方向发展，列强攻打天津，聂士成、罗荣光战死。7月14日，天津沦陷，而多数督抚都上书建议为了日后起见，目前要保护好使馆、使臣，所以慈禧不得不考虑求和之事，并决定保护使馆、使臣，荣禄的暗保至此可以变为明保了。
但事情仍有反复，24日，使馆区再次发生零星战斗，英国公使窦纳乐致函荣禄，抗议清军破坏休战协议。总理衙门只好再次要求各国公使到天津避乱，并准备让荣禄挑选得力部队妥为护送。27日，慈禧再次命总理衙门给使馆送去粮食果蔬。此时，列强已准备发兵北京，公使们已经得到消息，所以他们对清政府的这一请求不予答复，准备等待联军入京。
这一时期，慈禧是非常反复无常的，一会儿激烈主战，一会儿又急欲议和，就连荣禄这样的亲信，大部分时间也只能听命而已，不敢坚持自己的意见。她虽然最初默许荣禄和刘坤一、李鸿章等督抚的所作所为，此后又急命李鸿章北上商谈议和事宜，但她在表示出议和的心意后，又对宫内的反战主和派大开杀戒，最主要的原因一是杀他们泄愤，二是不愿意让这帮人笑话自己的失败而已，这就是封建专制的害人之处。7月28日，杀许景澄、袁昶。8月11日，杀徐用仪、联元、立山。荣禄得知后虽加以劝阻，奈何无济于事，只好噤口不言。其实荣禄也常劝谏慈禧将反战主和付诸行动，即明攻暗保使馆，但他是密谏，不像这批人，在御前会议上公开和慈禧作对，而且他善察言观色，一见慈禧恼怒，便不再多话，难怪古语说“伴君如伴虎”，荣禄是深谙其中之道啊！
8月4日，八国联军从天津出发，气势汹汹向北京而来。6日攻陷杨村，直隶总督裕禄自杀，慈禧开始作逃跑的准备，派荣禄办理车马事宜，并授李鸿章为全权大臣，与各国电商和议，但联军执意攻占北京，暂拒和谈。清军此时公开在京城屠杀义和团。
8月14日，八国联军攻陷北京，这是中国近代史上列强第二次攻陷北京，上一次是在1860年，英法联军曾攻入北京，火烧圆明园。15日清晨，慈禧出逃。此时的慈禧即使后悔当初没有听从荣禄等人的建议，也来不及了。
虽然清军和义和团围攻使馆有违国际惯例，但这一时期列强在中国犯下的罪行是令人发指的：使馆内洋人肆意枪杀馆外百姓，天津陷落后纵兵烧杀抢掠三日，俄国人在海兰泡、江东六十四屯大规模屠杀中国百姓，连婴儿都被挑在刺刀上被割成碎片，如此等等不可胜数。所以义和团虽然带有盲目排外的思想，总体上其爱国的本质不可磨灭，其命运让人为之动容。而荣禄的行为虽在客观上具有一定的理性，但他只为了自己和慈禧的利益盘算，心中就只有慈禧把政的朝廷，容许洋人肆意枪杀我百姓，无法抵御八国联军对北京的进攻，充其量他只不过是慈禧忠实且明智的一名手下，清政府的一员能吏干将而已。