如果疾情较轻，可以给孩子使用水杨酸盐药丸、灌肠剂或栓剂，比如柳氮磺胺吡啶(Sulphasalazine)和5-氨基水扬酸(5-ASA)。如果炎症比较严重，可以给他使用一个疗程的类固醇灌肠剂、药丸或进行静脉注射，比如泼尼松(Prednisone)或丁地去炎松（Budesonide）。类固醇是强效药，长期使用会引起一系列的副作用。因此，治疗克罗恩病的挑战是尽量减少类固醇的使用量。孩子可能需要停止服用其他有效的药物，因为这些药物可能会影响炎症，比如咪唑硫嘌呤（Azathioprine）、甲氨蝶呤（Methotrexate）和英夫利昔单抗（Infliximab）。有时，可以使用一个疗程的抗生素（甲硝哒唑，metronidazole或环丙氟哌酸，ciprofloxacin）来控制症状。
在一些克罗恩病例中，炎症会非常严重，孩子可能需要住院治疗，实施肠道休息疗法、静脉注射营养和类固醇。偶尔，他可能需要外科手术。当克罗恩病的患者出现肠道部分狭窄，外科手术摘除狭窄部分也会有助于改善病情。
如果结肠也出问题了，孩子进入成年时，患结肠癌的风险就会略有提高。因此，现在就应该让肠胃病学专家对孩子的病进行监控。
溃疡性结肠炎。轻度的溃疡性结肠炎可以用5-氨基水扬酸或柳氮磺胺吡啶治疗。中度疾病可以用类固醇治疗。重度的疾病则需要住院治疗，进行输血、肠道休息疗法和静脉注射营养。有时，强效免疫系统调节器，比如环孢霉素（Cyclosporine）和咪唑硫嘌呤，可以用来减少类固醇的使用。
在一些严重疾病中，比如在类固醇不起作用，或不使用类固醇病情经常复发时，孩子需要进行外科手术摘除结肠。结肠切除术需要两种不同的手术程序，但它能够治愈。
如果孩子不能实施结肠切除术，长大后，他患结肠癌的风险就会增加。建议患溃疡性结肠炎超过10年的人，应该进行常规的纤维结肠镜检查。
肠套叠（Intussusception）
什么是肠套叠？当肠的一部分（通常是小肠的末端）进入邻近的一段肠里（通常是大肠）时，就会发生肠套叠。肠套叠会导致肠梗阻。这种情况并不常见，每1000个孩子中会有2人出现此症。
肠套叠
当肠的一部分缩回去的时候，在大肠和小肠的交界处易发生肠套叠。
什么引起了肠套叠？通常，我们不知道具体的原因。据说，最近的病毒感染导致肠的淋巴结发炎引起了肠套叠。这些发炎的淋巴结能够“引导”肠的第一段进入邻近的肠管腔内。在大约5%的病例中，肠套叠是因为肠内存在可以确认的“引导点”。这个原因会导致潜在疾病，比如炎症性结肠炎、息肉、过敏性紫癜(HSP，henoch-schonlein purpura)或肠内的淋巴瘤（癌）。
肠套叠的症状是什么？对儿童来说，肠套叠大部分发生在3个月至2岁间。孩子通常表现正常，症状总是突然发生、反复发作、逐渐恶化。孩子会萎靡不振，阵发性地哭闹不安、屈腿、面色苍白、多汗无力、可能会呕吐，呕吐物最终会变成暗绿色（胆汁）。所有这些症状都是间歇性的，当孩子状态好时，甚至能够睡觉。最终，如果症状继续，套叠的肠会肿胀，被永久阻塞。这种情况比较严重，因为失去血液供给的肠会坏死。在之后的阶段里，孩子会出现暗红色果酱样的泡沫状血便，腹部肿胀发硬。这就属于外科急诊了。
如何诊断肠套叠？医生会依据你提供的病史做出判断，那是标准的身体检查。他也会为孩子做腹部超声检查，可能还会要求进行进一步检查，以排除腹部疼痛的其他严重原因。
如何治疗肠套叠？孩子需要住院紧急治疗，进行空气灌肠。在这个过程中，用小泵将空气压入直肠中，使用X射线成像。这样做能减少或消除肠套叠。如果肠子破了，或空气灌肠未能成功解决问题，有必要为孩子进行外科手术。偶尔，这个问题不需要治疗，可以自我调整。有5%－10%的肠套叠会复发。在早期的诊断中，预后非常有用。
乳糖不耐症（Lactose Intolerance）
什么是乳糖不耐症？乳糖分解酵素（Lactase），即乳糖酶是小肠内的一种酶，可以消化乳糖，这是一种包含在牛奶和奶制品中的糖。婴儿小肠内乳糖分解酵素的含量最高，因为奶是其主要食物，然后，在3岁时，它的数量开始逐渐下降。在一些个体中，乳糖酶活性会大大降低，阻止了大量富含乳糖食物的正常消化。
乳糖不耐症是指由于乳糖酶活性低而导致奶制品消化困难的医学术语，并不是指牛奶过敏。乳糖不耐症或者是原发性的，也就是说没有明显原因而形成的；或者是后天的，这意味着是由于某些疾病导致的。
当乳糖酶的产量逐渐下降到一定程度，阻止了所有摄入乳糖的消化，就会出现原发性乳糖不耐症。在某些人群中，尤其是亚洲和非洲人中，它更常见，同样，它也会代代相传。不过，任何背景的儿童或成人都会患乳糖不耐症。在任何时间，儿童、青少年或成年，都可能患上此病，但很少在婴儿期出现。除了早产儿暂时出现外，很少有婴儿从出生就有明显的先天性乳糖不耐症。
后天乳糖不耐症是由于胃肠道感染，比如急性肠胃炎（Stomach Flu）（参见病毒性肠胃炎，Viral Gastroenteritis），或炎症性肠炎（参见炎症性肠炎），导致小肠内乳糖酶活性低而引起的一种疾病。在胃肠感染的病例中，不耐症是暂时性的，小肠治愈后会渐渐变好。
乳糖不耐症的症状是什么？在原发性乳糖不耐症中，每个孩子的症状各不相同。无法消化的乳糖会进入小肠，使更多的水随大便排出，导致大便稀松。小肠内的细菌会消化乳糖，产生气体，引起腹部绞痛、肿胀和肠胃胀气。大多数孩子在吃完含乳糖的东西，比如喝完一杯奶后，30分钟到2小时会出现症状。不过，由于许多不同的食物中都会有乳糖，有时很难将症状与乳糖的摄入联系起来。一些孩子体内含有足够的乳糖酶，能消化一些含乳糖的食物，像奶酪或酸乳酪，但高乳糖的产品，尤其是牛奶，会引发更多症状。患原发性乳糖不耐症的孩子能够健康成长，精力旺盛。筛查营养缺陷（比如贫血或低血清白蛋白）的血液检查都是正常的。
医生可能建议暂时不让孩子食用奶制品，观察其症状。如果症状减少，医生可能会怀疑是原发性乳糖不耐症。不过，最好在进行氢呼吸试验（Hydrogen Breath Test）后再做出诊断。这是一项无创检查，测量肺里呼出气体中氢的数量。如果孩子吃了或喝了含乳糖的食物，呼出的气体中氢含量会上升，则表明患有乳糖不耐症。