植物是昆虫和菌类的食物；而且还可能感染各种疾病，而对于大多数疾病，目前尚未研究透彻。它们还经常受到老鼠、兔子、鼹鼠、狗、猫和鸡的伤害；而且其果实也会被鸟啄食。在沙地里，鼹鼠可能会比较麻烦；它们在地上打洞，从而使得地表起伏不平，而当洞穴被填埋时，它们就经常被压死；还有一些捕捉鼹鼠的陷阱，或多或少有些作用。而狗和猫则是走在或躺在刚播种的花园里时，就会造成伤害。因此，应该将这些动物关在各自的地方，鸡也是如此；或者，如果它们能够随意走动，就要用紧密的金属丝栅栏将花园围起来，或者将杂草紧紧地盖在苗床上面。
大量的昆虫和病菌都能对园林植物造成伤害；但在大多数情况下，只要处理得及时、彻底，就不难对付。这些困难可分为三大类：昆虫造成的伤害；寄生真菌造成的伤害；各种所谓的体质上的疾病，其中有些是由细菌或微生物引起的，而且很多都还没有被研究人员解决。
由寄生真菌引起的疾病一般可通过叶或茎上明显的标志，斑点或水泡，以及植物上逐渐衰弱或死亡的部分来识别；而且很多时候，叶子会全部凋落。在大多数情况下，由于孢子或子实体的发育，叶或茎上的斑点迟早会呈霉状或生锈。图195显示了一种寄生菌类——李树的穿孔细菌造成的损害。每一个斑点可能就代表了细菌的一次侵害，而且由于这种特殊的病菌，受到感染的部分组织可能会掉落，因此就在叶片上留下一个个小孔。而如果在季节初期就受到这种疾病侵袭，李树叶就会过早地凋落；而有时树叶不会掉落，到季末时就变得千疮百孔了。图196展示的是生锈的蜀葵。在这种情况下，霉菌产生的脓包在叶片下侧十分明显。图197展示了卷叶上的水泡。而图198则展示了苹果黑星病菌造成的叶片残缺。
体质上的以及由细菌引起的疾病通常会影响到整棵植物，或者至少是大部分；而且植物的茎一般比单一的叶子更容易受到感染，这样就切断了叶片的营养来源。当疾病影响到整棵植物或较大的分支时，其症状表现为植物整体上的虚弱；而有时候则表现为叶片枯萎，边缘干枯或出现不规则的褪色的斑点，而没有寄生真菌独特的脓包标志。植物感染这类疾病之后，其叶片通常就有枯萎的趋势，并会在茎上保留一段时间。梨白叶枯病就是这类疾病最典型的实例之一。有时这会导致植物的异常生长，正如在受枯黄病影响的桃树上，会长出“柳树芽”一样（如图199）。
另一种类型的疾病是根虫瘿。虫瘿可分为很多种类。覆盆子的根虫瘿、桃树、苹果树以及其他树木的冠瘿，是这类疾病中最常见的（如图200）。长期以来，人们就一直视为苗木的一种疾病。而且许多国家的法律规定，严禁出售带有这种疾病的树木。该疾病的起因一直不为人知，直到1907年，美国农业部种植工业局的史密斯和汤森作了一项研究。他们证明了这是一种细菌性疾病（由农杆菌引起）；但细菌是如何进入植物根部的，人们仍然不得而知。这种细菌还会在其他植物的茎上产生虫瘿，例如在某些特定的雏菊上。苹果树的“毛状根”，以及经常出现在较大的苹果树树枝上的虫瘿，也是由同样的细菌造成的。而这种疾病似乎在覆盆子上最为严重，且破坏性最强，尤其是卡斯伯特品种上。当覆盆子感染这种疾病时，就最好是彻底根除植物并将其毁灭，然后在一块很久没有种植莓果的土地上再种植一棵新的植物。尽管法律禁止从苗圃中销售带有根虫瘿的植物，但证据似乎表明，根虫瘿对于苹果树或梨树并不是一种非常严重的疾病，至少在美国东北部不是。目前还不确定它对这些树木的伤害到底有多大。
对于常见的虫害，一般有两种类型——那些被昆虫当做食物而啃咬或咀嚼造成的，如常见的甲虫、蠕虫以及由那些以植物汁液为食的昆虫刺穿植物表面，并吮吸其汁液造成的，如介壳虫和蚜虫。腐虫（如图201）就是前一种类型的一个明显例子；因此，只需要在它们啃食的地方涂上毒药，就能将这些虫杀死。然而很显然，昆虫只会在没有涂过毒药的植物表面吮吸汁液。但也有各种物质可以通过外部作用将昆虫杀死，如肥皂液、混合油、煤油乳液、石灰和硫磺喷雾剂等等。
近年来，在伤害植物的昆虫、真菌以及微生物的识别和研究方面有了很大的进展；并出版了大量的报告和专题论文；但是可能有某个园丁，非常努力地仿效这些研究，某个早上他到花园里，却发现一些无法解决的问题，甚至连研究人员自己也不理解。因此，园丁不仅要了解一些特殊类型的昆虫和疾病，更重要的是要积累自己的学识。即使不知道完整的解决方法或特效药，他也应该可以做些事情。通常需要考虑到如下这些预防性和补救性的措施：
保持场地的清洁，以防止感染病菌。接下来就要使植物保持活力和强壮，这是使植物避免昆虫和真菌侵扰的最基本的也是最好的方法。垃圾，以及昆虫可以越冬、真菌能够繁殖的所有地方都应该彻底清理。要将所有被真菌侵害而凋落的叶子耙在一起并烧掉，而且在秋天，所有患病的木质部分都要切除并销毁。如果要在下个季节将肥料撒在花园里，就不能将患病的植物扔到里面，这点非常重要。
轮流或交替种植农作物。有些病菌会继续留在土壤中，这样就会年复一年地侵害作物。当作物的根部或者土壤出现被感染的症状时，就要换一种其他的作物进行种植，这点也尤为重要。
确保病菌和昆虫不会在杂草或其他与所种的农作物相关的植物上繁殖。如果除掉了野生锦葵，或者是孩子们所说的“奶酪”（圆叶锦葵），那么在防治蜀葵锈病时就不太困难了。不要让白菜的根肿病病菌在野生的芜菁和其他芥末上繁殖，也不要让黑节疤病病菌在李树芽和野生樱桃上繁殖，或者毛毛虫在野生樱桃和其他树上繁殖。
随时准备手工除虫。我们已经习惯了用其他方法来消灭害虫，以至于在检查花园的病虫入侵情况时，我们几乎都忘了手工除虫通常是最可靠有时甚至是最快速的方法。比如在清晨，可以用罐子将很多昆虫都装起来。将昆虫在植物叶和茎上产的卵去掉。将地老虎从地里挖出来。将患病的叶子摘下并烧掉；这样就能有效防止蜀葵锈病，翠菊锈病以及其他的感染。
密切关注植物，并随时准备捉住害虫。对于一个园丁来说，在其作坊里放上一些常用的药品和工具，也是一件令人自豪的事情。如杀虫剂和杀菌剂（巴黎绿或者砷酸铅，一些烟草药剂，白藜芦，鲸油皂，波尔多混合液，硫华以及氨水里的碳酸铜溶液），以及一个好的手动注射器（如图202），一个背包式的喷雾泵（如图203、204）或桶式喷雾泵（如图205），一个手风箱或喷粉枪，或许还需要车载式的喷雾泵（如图206、207），而如果种植园足够大的话，可能还需要压力泵。如果时刻都做好准备，那么通过喷药能够控制的病虫害就不会造成什么危害了。
挡板和遮盖物
覆膜与加盖
有各种方法可以使植物远离昆虫。最好的一种办法就是盖上较细的蚊帐，或者将其种植在手工防护罩里，或者使用带有铁丝网的盒子，如图208所示。在这些遮盖物下种植植物时，必须注意植物不能靠得太近；而且如果昆虫在土壤里越冬，这些盒子就能通过保持土壤的温度而使它们提前孵化。然而，在大多数情况下，使用这些遮盖物非常有效，尤其是使条纹状的虫子远离甜瓜和黄瓜幼苗。
在植物的茎上裹一层锡或重釉纸，如图209所示，就能使植物远离夜盗虫。
为使白菜和花椰菜根部不受蛆虫的侵扰，可将柏油纸放在地面之上的根部周围。
熏蒸
在玻璃暖房里，用各种烟雾和蒸汽进行熏蒸是消灭害虫的一种有效手段。一般用于熏蒸最好的材料是某些烟草或烟草化合物。古时候，烟草熏蒸就是将微湿的烟梗放在一个罐子或框里，使其慢慢燃烧，这样整个屋子里就会充满刺鼻的烟雾。然而后来，烟草的液态提取物和其他制剂被投入使用，而且非常有效，以至于燃烧烟梗的方法都被淘汰了。而在温室里，人们越来越普遍地使用氢氰酸气体，来消灭蚜虫、粉虱以及其他害虫。通常也用熏蒸苗木的方法来对付圣荷塞介壳虫，磨坊和居民区里也采用该方法消灭这些害虫。以下这些指导来自于康奈尔大学第252期公告（下文中的规则，以及大多数的建议都摘自其中）：
在对温室中的不同植物进行熏蒸时，没有通用的规则，因为由于植物的品种和类型不同，它们承受气体的影响的能力也有很大的差异。像蕨类植物和玫瑰就很容易受伤，而如果对所有的植物进行熏蒸，也要非常谨慎。熏蒸不能消灭昆虫的卵，因此当新的昆虫孵化时就要重复进行熏蒸。而且只能在无风的夜晚进行熏蒸。屋子里面应该尽量干燥，温度最好是60℉左右。
氢氰酸气体是一种致命的毒药，因此在使用时要极其谨慎。一般用浓度为98%到100%的纯氰化钾和品级较高的商业硫酸。通常按如下比例混合化学物质：氰化钾，1盎司；硫酸，2盎司；水，4盎司。使用陶制的盘子，先倒入水，然后再将硫酸倒入其中。将所需分量的氰化钾放入一个薄的纸袋中，完全准备好之后，就将其倒入液体中并立即释放足够的空间。对于磨坊和居民区，每100立方英尺的空间用1盎司氰化钾。在门窗的裂缝处贴上纸条，以使其尽量密封。移走银器和食物，如果黄铜和镍制品搬不走，就要在其表面涂上凡士林。在2加仑的罐子里面放入适量的酸和水，并放置到每个房间里。而在大的房间和大厅里则要放更多。在纸袋里称量氰化钾，并将其放在罐子旁边。当作好所有准备工作之后，就将氰化钾倒入罐子里，而且要从顶楼开始，因为生成的氢氰酸气体比空气轻。在较大的建筑里面，通常用一根线穿过螺丝眼，使装氰化钾的袋子悬挂在罐子上面，并将它们都放在靠近门的地方。一旦切断所有的绳子，氰化钾就会立即掉入罐子底部，这样，操作员就能及时撤离而避免受伤。让熏蒸持续一整个晚上，锁好所有的门，并在房子上放置危险标志。
在温室里，可以在每1000立方英尺的空间用1盎司氰化钾熏蒸一个晚上，来消灭黄瓜和西红柿上的粉虱；或者用煤油乳液或鲸油皂喷在不会被这些物质伤害的植物上。
通过任何烟草制剂的熏蒸，可以迅速消灭房子里的绿色蚜虫；而紫罗兰上的蚜虫，可每1000立方英尺空间用1/2至3/4盎司氰化钾进行熏蒸，并让气体保持1/2至1小时，这样就能将其消灭了。
黑色蚜虫比绿色蚜虫要更难消灭，