此二句承上文，述真息成立之象，而玄牝出入四字，隐括门户之义。妙、窍同观，有、无不立，乃得药生玄窍。夫玄者，阳也，天也，乾也；牝者，阴也，地也，坤也；玄为真空而妙有，牝为妙有而真空。丹书“玄”、“牝”二字，最为重要。白玉蟾曰：“念头动处为玄牝。”张紫阳曰：“全凭玄牝立根基。”又曰：“不可以有心守，不可以无心求。”吕纯阳曰：“玄牝玄牝真玄牝，不在心兮不在肾。说到生身受炁初，莫怪天机都泄尽。”是玄牝非人身中之窍，乃人生身受炁之时也。玄牝为修士成道根基，所谓“筑基”者，筑此而已；“炼己”者，炼此而已；“得药”者，得此而已；“结胎”者，结此而已。《金丹四百字》曰：“药物生玄窍。”玄窍即是玄牝，牝即窍也，又有谓之“玄关”者，“玄牝之门”者。不过玄关与玄牝之门，单指一窍，而“玄牝”二字，包罗较广耳。
“出玄入牝”，即出阳入阴也，出有入无也。既云出入，自有门户，内外之意。以通义言之，则出者由内而外也，入者由外而内也。然丹经又有“内玄牝”、“外玄牝”之说，《黄庭经》则谓“出清入玄二气换”，与此似有不同者。何也？玄牝二字，实为无中生有之意。盖物至虚而玄，则有先天真阳，自虚无中来，玄妙莫测，故谓之“玄牝”也。“出玄”即呼接天根，“入牝”即吸接地根，皆真息运用，元炁升降之谓。因有呼吸之象，故喻为出入，其实无出无入，无不出亦无不入也。一呼而阳升，出玄也；一吸而阴降，入牝也。所以不曰升降，而曰出入者，因其消息全在门户，即“玄牝之门”也。“出清入玄”，较此更进一义。入牝而生玄，则谓之“入玄”；由玄而提上蓬莱第一峰，则谓之“出清”。总之，玄牝是真阴阳，真息呼吸，于无形中，运行周天：呼则由玄牝门户出而上升，吸则下降而入于玄牝门户。真阳会真阴于玄门，真阴合真阳于牝户，内而坎、离交，外而道、义交。天心复处，是为玄牝。修道根基，全在于此也。
“若亡若存”四字，乃火候工夫。孟子之“勿忘勿助”，孔子“勿固、必、意、我”，以及尧之“安安”，文王之“雍雍”，周公之“止止”，皆是养气火候。忘之与存，即若有若无之义。调后天呼吸，以求真息，全在有意无意之间。盖有意着相，无心落空，皆不足以生药物，而立玄窍也。“出玄入牝”之时，亦要“若存若亡”。盖存之则过，亡则不及，皆不足以炼铅而抽汞也。惟此四字，深合天然神息之旨，泯去知识，纯任自然，则造化炉中，自有相当火候，吕祖曰“丹灶河车休矻矻，鹤胎龟息自绵绵”是也。
绵绵不绝，固蒂深根
此二句紧接“若存若亡”而言。盖绵绵不绝，若断若续，若有苦无，即是若存若亡也。“绵绵”者，极长极细，上接性根，而下至命蒂，杳冥恍惚之中，无一息不达于踵之意也。《老子》曰：“绵绵不绝，用之不勤。”《胎息经》曰：“吐惟细细，纳惟绵绵。”皆调息之法，即所以“出玄入牝”之道也。日日如此，刻刻如此，行住坐卧，须臾不离，久久行持，根自深而蒂自固。根者，性根、天根也；蒂者，命也，地根也。人生受胎，得乾元祖炁以为性，坤元元气以为命。性根即谷神之地；命蒂即真息之根，又谓长胎住息之乡。惟其出玄入牝，而根、蒂日以深固，性、命日以融和。及至根、蒂合一，则三转为一，而成胎矣。
此为第二章，统言修道下手工夫。盖大道简易，工夫无他。即此行持，便可登玉京，而逍遥天上矣。
人各有精，精合其神。
此章始言三品之来源，及元神妙用，以启下文“会三归一”之玄机，为本《经》中最紧要之文。且以先天元神、元气、元精，赅括后天之神、气、精，示人以“藉假修真”之道也。
“人各有精”一句，从后天形身成立之始言之。《易》曰“男女媾精，万物化生。”（见《系辞下》）《参同契》曰：“人之受生，体本一无，元精云布，因气托初。”盖人之初生，受炁于天以为性；秉气于地以为结胎之始，而性命合一为一太极。弥历十月，元精应感而入，据我中宫神室，作我主人，而生身矣。从此能食、能动、能言，能仁，能义，以至幼、少、壮、老，而死仍归空。数十年间，事业不知凡几，皆赖此身行之。而推其始初，固由父母两情相合，感无形之炁，以成有形之身而已。有形之色身，由于有形之淫精结成；无形之灵炁，由于无形之理炁所赋；而后天知觉，则为元精主宰，启其关窍。此身实以精成。元精无形，亦为先天之物，在后天处，谓之“意识”。惟此意识，役使形顺而逞世间之欲，则可堕落无间；逆而泯世间之事，则可成圣作仙。后天此身，赖意识以为主人，不论智愚、贤不肖皆同。人各有各之意识，即各有各之元精，佛家谓之“意生身”是也。“精合其神”者，言后天之人，元神已深藏于不睹不闻之中，而元精入我中宫神室，以主宰身心之动作。吾心之神，无所表现，唯以意动而表见之，故又谓之“识神”也。夫元神，本系虚空之体，混混沌沌，不识不知。元精感入，乃有知觉，而此不知不识之元神，遂隐沦于意识之中，终人之身，不复能见。唯既死之后，神仍返其虚无，故谓之“无生无灭”。修道之人，必须复此元神，于是分而言之。其实元神无形无质，不可得见，必至虚极静笃，始可还其本来面目。故丹书又谓：“静为元神，动为元精。”此言“精合其神”，亦取是义。是盖谓元精入身，而合神于其中也。推其太极之理，神为一，而精为三；一居太极之中，而三居两仪之中。三之地位，即一之地位；一之地位，即五之地位。《契》曰：“三五与一，天地至精。可以口诀，难以书传。”缘一、三、五，皆太极之中心，化生万物之始气也。元精在人，动而为意，意属中土，是一而三，三而五也。
又神气合而生精，精动则神动。譬如男女****，必神先驰动，而后气至精生。人之一身，有****以营养之。****者，五谷食物所化出之精华也。此精在人身中，主肌肤润泽，此精枯竭，人即憔悴矣。此外有交感之精，即淫精也。淫精由交感而生，交感之时，心神摇动，驰入命门，而先天元气，随之冲合脊髓，化精而出。故好色之徒，多患脊腰酸疼之疾，即元气与脊髓内亏也。人之有身，亦以此精为本，此精又由神动而溢，是交感之精，本与吾心神相合者也。
神合其气，气合体真。
上句，接言神气作用；下句言后天返先天之妙。连上文二句，以明即形身以求法身之道，皆是自然运用，不假修为者也。夫精合其神，意动而气动，气动而精动。始之动以无形之精，终之动以有形之精，三品循环，化生万物，道至玄也。神无形属阳，气有形属阴，精则阴阳混合而生者也。道生一，一者神也；一生二，二者气也；二生三为精。三者合一、二而成，故言精可统神、气二者。神在先天为万化之主，在后天则寓于元精之中。而气之行住，又随神之动静，神行则气行，气行则精生。人之性命，即一神一气而已。神气合而产精，精附形身而为之宰。在先天，元神本真空，元气为妙有，而元精则有无不立，又有无相入者。此精之所以先言精（疑衍）也。
后天之身，元神元炁皆深藏而不见，惟有元精，尚可于静寂中求之。下手工夫，炼精化气，即由精以返求元气也。元气既得，然后于元气中求元神，故曰“炼气化神”，实即会气为之，合二为一之道也。三品相合，由两仪复还太极，再由太极以归先天真空之本来面目，是谓“炼神还虚”，又谓之为“至真”。至真，即是阳神，寂然不动，则为虚空；感而遂通，则为妙有。光明圆洁，变化莫测，道家通称曰“真”，儒家则名曰“神”，即“圣而不可知之谓神”也。“神也者，妙万物而为言者也。”此无形之身，名之曰“清净法身”；从其变化言，则曰“化身”实即扩充光大天命之性，超出三界而与太虚同体是也。此节四句，以是立言，修士炼精化气，炼气化神，炼神还虚，则法身完成，而为至真之体。而此至真之体，实则一神之妙用耳。泯元精之识神以复我先天所赋之元神，而以元气合之，点化浊阴，而为纯阳，则法身完全成玄矣。即三家相见，招摄先天真乙之炁，凝结和合，而得阳丹也，故曰“气合体真”。上三句须连贯解释，始易明白。否则，末句“体真”二字，无根据矣。
元精、元气，皆合于元神之中，而完全一神之妙用。诚以元神本属纯阳之炁，与太极中始生、生天生地之理炁，为同一类，故含宏光大，则与天地合德，日月合明也。《经》言：“精合其神，神合其气。”固以神为驭气、炼精之主，两用“神”字，可知其妙。元神混沌，纯体先天之象。后天之人，因元精据神室，空化为有，静转为动，性变为情，真灵昧而六识生，七情入，是以日益堕落，而有生、老、病、死轮回之苦。若能致虚守静，格去物欲，以合混沌之象，则良知自可复致。再利用此机，以涵养之，而元神自可复还。元神还，则先天元气自和，而元精之阴神自化矣。神之为神，不亦妙哉！
不得其真，皆是强名。
此二句，申言元精、元气、元神，皆为先天之物，合之则成真，不得则精、气、神皆假物矣。何则？后天之形身，识神用事，元气潜藏，而以口鼻呼吸为命，饮水食谷，化生****。一身之中，纯为浊阴所聚；先天无形之三品上药，均陷于幽杳之中，不可得见；虽有精、气、神之名，而无精、气、神之实。本是有形有象之三物，而亦强名之为精、气、神，只可支持形身数十年之运用，而不能为修丹之上药，故曰“不得其真也。
神能入石，神能飞形。入水不溺，入火不焚。
上节四句，申言阳神之妙，以足上节重用“神”字之意。神本无形，其体属阳，后天杂于情识之中，为浊阴所蔽，故失其虚灵之用。在先天，元神体本真空，化生万有，步日月而无影，入金石而无形。以其虚也，故无微不入；以其灵也，故无往不利。上至九天、下至九渊；放之则弥六合，卷之则退藏于密，莫非先天一炁所周流也。阳神之法身，聚则成形，若人之体；散则成炁，还其虚空。是以虎兕不能伤，刀兵不能入，水火不能害也。且神为一身之主，精神之根，精气因神而妙合，《易》曰“精义入神”是也。又元神既复虚灵，则随心所欲，而妙应无方，故有形之身，亦能随神变化。神举则形举，神隐则形隐也。此古之所以有“隐形术”也。欲生则生，欲死则死，孔子曰：“朝闻道，夕死可矣！”《悟真》曰“我命由我不由天”是也。《楞严》曰：“纯想能飞。”《经》曰：“神能飞形。”此皆言形随神之妙也。
神之妙用，于人急难中可以可见之。如人遇水火之灾，虽千斤之物，亦能执举；万仞之墙，亦能跃下。即心神专一，而忘形之效也。盖惟精惟一于元神，则形身自忘，而此身可不死矣。昔神秀使人刺六祖，剑斫头而不能伤；俗僧纵火焚济公，寺已烬而不为害是也。又《安士全书》载：“一僧得黄精数斤，拟服之以长生，而不知其是否有效。先使某入枯井，井中储黄精，俟其入即盖以磨石。某不得出，自分必死。忽有狐在磨孔中告曰：‘神能飞形，子但专心一志，目视石孔，七日自可飞出。吾辈修道，亦先炼形。凿穴古冢而下，卧以仰视之，久则形神俱化矣。’某从之，至第八日，果由石孔飞出。僧见之大喜，以为服黄精之效，遂跃入井，使徒仍以磨石掩之。数日竟死。”又《至游子》载：“术士某，能入火无伤，入水不溺。至游子召而问之，术士曰：‘吾无他妙，惟能忘身耳。昔受师诀曰：入水行术之时，视身为枯木，视手足为朽枝；入火之时，视身如山石，手足如泥絮。精心专志，则水火自无伤矣。’”此皆忘形用神之证验。彼术士一时凝神，尚有如此之效，修士始终存神，焉有不霞举飞升者乎！
神依形生，精依气盈。不凋不残，松柏青青。