除了保持自己的特色以外，同仁堂的连锁经营还非常注重整体的品牌形象。每年两届的广交会，同仁堂在“医保馆”都有很大的展位，并吸引了许多国外客商的订单，广州已经成为同仁堂对外联络的一个重要窗口。
为了拓宽营销渠道、开辟产品终端市场，继深圳、广州之后，同仁堂又先后在上海、保定、哈尔滨、沈阳、西安、郑州、合肥、青岛、长春、杭州、延吉、成都等地设立了控股子公司和药店。2001年4月，同仁堂又联姻四川药业巨头德仁堂，以托管经营的方式将德仁堂旗下的200多家药店，按照同仁堂的管理模式实现“大统一”，包括店面形象、进货渠道、价格、品种甚至财务等各个方面。这种全面的“收编”意味着两大老字号药房联姻后，无论其经营面积、人流量、药品吞吐量，在国内同行中均无人能出其右。药业零售巨头当名副其实。
事实上，同仁堂、德仁堂在成都药品零售市场早已形成两强对峙之势，各自把守市中心黄金地段，又皆是当地信誉颇佳的老字号。两者历史相加逾400多年，在消费者中颇具号召力。但随着去年国内药品零售格局的变化，两家面临的竞争压力也越来越大。成都同仁堂去年销售额高达7000多万元，在全国药店中位列第四，而在成都这样一个经济综合实力及人群消费力远逊于京沪穗等城市的区域内，同仁堂盘踞龙头宝座自然绰绰有余，但也仅此而已——它若要再迈一步便得遭遇红灯：它没有跨区域经营的权利。北京同仁堂大本营决策者们最大的苦恼也正在于此——尽管同仁堂耗资不菲获得了国内一般药店难以企及的国家GSP认证合格，自身的网络资源又在一定区域内尚无人能比，但它无法将其自身的优势能量依靠自有的管理渠道充分释放，这成为了同仁堂的一笔巨额损失。
相反，拥有同仁堂梦寐以求的跨地区经营权的德仁堂却陷入另一种烦恼：表面上，德仁堂己拥有50家连锁店且声誉不菲，但其若要闯出蜀地，图谋异乡，则面临资金和经营管理上的捉襟见肘；而若只图盘踞蜀地一隅，在同仁堂、外资企业等优势兵力的重压之下，则将面临着被列强分割的危机。
一个重金在握却出师无名，一个令牌在手却势单力薄。因此，同仁堂借德仁堂的跨地区牌照八面出击，联手经营，一旦整合到位，同仁堂旗下的药店将尽量降低经营成本，其市场价格也势必一统天下。
2000年5月，同仁堂又“嫁接”到重庆——出资255万元，与重庆安海药业有限公司合资组建北京同仁堂重庆药店有限责任公司。据称，新公司将于近期选址解放碑建立的“同仁堂药店”，北京同仁堂占股51％；重庆安海药业以245万元的资本占股49％。北京同仁堂此次重庆药店的组建，再次扩大了同仁堂产品在中西部地区的影响。一场药店扩张风 暴将从西南的同仁堂而起。
2003年同仁堂计划将继续在全国开设这样的连锁药店70个，这些连锁店将以统一店名标识、统一服务规范、统一销售价格、统一进货配送应对同业及外资冲击。
在国际资本不断向国内医药渗透的情况下，面对跨国公司的竞争，同仁堂确实必须有一个连锁经营的销售网络来开拓市场，应对外资挑战。目前，同仁堂销售网络建设进展迅速，为产品转变为利润打下了坚实的基础。至今同仁堂已在全国各地开设了80家分店，并相继在香港、马来西亚、英国和澳大利亚开设了分店。而且，还把“同仁堂”作为中药的驰名商标，在全球50多个国家和地区进行了注册。今年2月，营业面积为1200平方米的北京同仁堂（泰国）有限公司药店又在曼谷开业，经营中成药、西药、参茸饮片等数百种药品。试营业期间，该公司平均每天的营业收入超过10万泰铢（约合2万多元人民币）。
连锁经营使同仁堂除了通过经销网络将其产品销往各地外，还能通过其垂直的自建零售店销售体系进行自营零售，这必将对同仁堂降低成本、屹立于世界名药品牌之林起到积极的推动作用。
4.医药合一
中医药产业自古讲究医药一体。同仁堂药店经过再次整修后，给人一种焕然一新的感觉。经营面积达到了4800平方米，在全国可算是最大的中药店了。在这充满着浓郁民族特色的大楼里经营着1万多个品种，这里既有几十万元一支的野山参，也有几毛钱，甚至是几分钱的小买卖。人们一走进同仁堂药店，首先看到这样一幅对联：“同气同忾济世济民，仁心仁术医国医人。”它时刻在告诫着同仁堂的员工，要以“同修仁德，济世养生”的诚心来善待购药者。
1996年，同仁堂在大栅栏成立了同仁堂医馆。医馆的医生延请的都是其他医院的老中医、名中医，据说最低职称是副主任医师。医馆的成立使顾客少了在医院和药店间来回奔走的麻烦，便于对顾客对症下药。药医合一的经营模式，也为同仁堂药店带来了巨大的经济效益。但是，当时的同仁堂医馆还没有完备的医疗器械，从某种意义上说更应当算是一个专家门诊部。从这方面看，同仁堂的发展确实需要成立一家自己的医院。
经过3个多月的酝酿和筹备，2001年6月，北京同仁堂集团公司以资产置换形式完成了对崇文区中医院的收购，开始向医疗产业进军。它标志着具有332年历史、被誉为“国药第一品牌”的同仁堂第一次有了自己的现代化的中医院，这也是迄今国内首家由中药企业参与组建的中医院。6月18日，整体接收的北京市崇文区中医院正式更名为“同仁堂崇文中医医院”，并正式挂牌营业。
崇文中医院现属二级合格医院，在崇文区设有体育馆东侧路等3处诊治办公地点。由于没有自身的特色，该院历年来的效益都排在崇文区后数医院之列，政府每年补贴200万元以上。同仁堂入主后目标是将该医院改造为三级合格医院。双方将会设定1～2年的过渡期，过渡期内该医院依旧由崇文卫生局托管，直至完全步入正轨后将医院交由同仁堂经营。据悉，同仁堂计划投资1亿元在位于崇文区打磨厂街的原同仁堂制药厂成立同仁堂崇文中医院。
同仁堂医院的成立，首先使同仁堂有了派医权。目前，同仁堂已分别在日本、泰国、英国等地设立分公司，并准备进军新加坡、加拿大等国家和地区。有了同仁堂崇文中医院后，同仁堂医院的中医也可以到海外的同仁堂药店坐堂，辅导国外患者正确服用中药，扩大中医中药的影响，这必将有利于同仁堂在海外市场的发展。随着医疗制度改革，同仁堂药店将向上游产业发展，可以形成从医到药的一条龙服务体系。
同仁堂医院为同仁堂的发展创造了新的增长点。同仁堂中药正在传统丸、散、膏、丹的基础上，向提炼针、剂、滴、液等新中药转型。但是，药品开发、研制不同于一般消费品，需要大量的临床经验作后盾，拥有一家自己的医院无疑将会为其提供宝贵的临床资源。而同仁堂的品牌效应以及同仁堂的医师资源将肯定会给医院招来更多客源。
5.借船出海
中成药行业平均利润水平高于全国平均利润水平，这使得90年代以来中成药行业不断有新企业加入。中成药行业的巨大前景和“钱”景使得其成为海内外资本进入的热点。如今的中国市场已不再是过去单纯的国内市场，中国加入WTO后，随着“全球经济一体化”和国内市场国际化趋势的进一步加强，企业市场之行犹如逆水行舟，不进则退。几年来，同仁堂在站稳国内市场的同时，也加快了迈向海外市场的步伐。尤其是进入21世纪以来，同仁堂扩张海外市场的一系列举措一直是媒体关注的焦点。也正因为如此，同仁堂过去背负的只注重科技开发而忽略市场开拓的“骂名”也将从此去除。
在海外许多地区，同仁堂就是中药，中药就是同仁堂。只以这3个字，同仁堂在海外就拥有了多家大型药店的股份。然而，多年来中药现代化的最大障碍就在于没能进入国际医药的主流市场。目前，我国中药的国际市场占有率不足5％，被日本、韩国的“汉方药”挤得难以立足。要改变这种被动处境，利用海外的资本和科技优势，以现代化中药进军国际医药主流市场是一条被广泛认同的道路。而从历史上看，香港就是中药海外流通的集散地，若同仁堂登陆香港，技术条件、开发思路、策略则都将进入国际主流。因此，同仁堂走向国际化道路的突破口就首先选择了香港。
2000年10月31日同仁堂科技在香港创业板上市，开创中国A股分拆境外上市之先河，表现出同仁堂以分拆出的优质资产、利用国际风险资本发展高科技业务，构建国际性研发体系和营销渠道，进军国际医药主流市场的实力，同时也标志着同仁堂深入新经济时代的战略调整序幕已经拉开。同仁堂科技立足香港创业板，有利于吸引境外投资者，有利于提高募集资金量及再融资能力；而香港作为国际贸易集中区域，其庞大的消费群体和四通八达的销售渠道，则成为同仁堂科技理想的产品市场。借助国际资本市场和产品市场，同仁堂更便于谋求中医药在海外市场的进一步发展。
紧接着，同仁堂宣称将进军生物制药和“绿色药品”，并实现中药现代化，欲掀开传统中药企业迈向现代化国际性医药企业之序幕。2001年3月6日，同仁堂斥资50万美元在泰国曼谷成立合资北京同仁堂（泰国）有限公司，一改过去谨小慎微求稳怕乱的传统作风，开始加快向国际市场迈进的步伐，从单纯的零打细卖向规模化发展。业界称，同仁堂历经332年的漫长发展，如今已再度步入“青春”之旅，迅速向海外扩张。
据同仁堂集团海外市场负责人丁永玲经理介绍说，同仁堂海外扩展战略是：“站稳亚洲、迈进欧洲、渗透美洲、开辟大洋洲”的四环战略。如今同仁堂产品已经销售到40多个国家和地区，2000年整个海外市场销售创历史最好水平。
在亚洲，同仁堂已经打下了大部分地区。在整个同仁堂海外市场份额中，约50％在东南亚地区，其余为日本及欧美其他发达国家和地区。其中日本市场成为同仁堂在亚洲发展最快的市场，2000年创汇200多万美元，2001年估计达到500万美元。
如今同仁堂在香港有4家药店，英国有1家药店，泰国有1家药店，在美国、澳大利亚成立了合资公司，从单纯的产品销售开始向当地化生产转变。丁永玲信心十足地说，“只要有华人的地方就要有同仁堂”。她透露，近期还将在新加坡、加拿大等地开辟市场。