瓜单丝壳菌为专性寄生菌，冬季主要在保护地瓜类植株上以菌丝体越冬，越冬后产生分生孢子，侵染寄主发病。病部产生大量分生孢子，借气流、水溅传播。分生孢子产生芽管，从叶片表皮侵入，菌丝体附生于叶片表面，以吸器伸入细胞内吸取养分。病菌入侵后几天内在侵染处形成白色菌丝状粉斑，并形成分生孢子，飞散传播进行再侵染，潜育期5天左右。
病菌喜温、湿，也耐干燥，10~30摄氏度病菌均可活动，最适温度20~25摄氏度，相对湿度25%~85%，分生孢子均可发芽，在高湿条件下发病较重。
防治措施：选用抗病品种，实行轮作，加强通风透光，降低棚室湿度，防止瓜秧徒长和脱肥早衰。
常发病的温室，定植前可用硫黄熏蒸消毒，100立方米空间用硫黄250克，锯末500克点燃熏一夜。发病初期喷药防治，药剂可选用2%武夷霉素水剂200倍液，或25%粉锈宁可湿性粉剂2000倍液，或20%粉锈宁乳油1500倍液，或30%特富灵可湿性粉剂1500倍液，或47%加瑞农可湿性粉剂600~800倍液，或20%敌唑酮胶悬剂400倍液，或25%敌力脱乳油3000倍液，或12.5%速保利可湿性粉剂3000倍液，或50%嗪胺灵乳油500倍液喷布，也可用10%多百粉尘，667平方米1000克喷撒，或用沈阳农业大学研制的烟剂6号，667平方米350克熏烟。
（四）疫病
苗期、成株期均可发病。苗期发病，子叶、胚茎呈暗绿色水渍状，很快腐烂而死。成株期发病多在茎基部或节部、分枝处发生，开始时出现褐色或暗绿色水渍状斑点，迅速扩展成大型褐色、紫褐色病斑，表面长有稀疏白色霉层，之后病部缢缩，皮层软化腐烂，患部以上茎叶萎蔫、枯死。叶片发病，多在叶缘或叶柄连接处产生不规则、水渍状、暗绿色大型病斑。湿度大时，病斑扩展很快，常使叶片腐烂；干燥时，病部呈青白色，易破裂。病斑扩展到叶柄时，叶片下垂萎蔫。瓜上发病以下部接近地表为多，从花蒂部先发病，迅速扩展到全瓜。病部暗绿色，水渍状，软化凹陷，湿度大时病部表面长出稀疏白色霉层，最后腐烂。
病原菌：病原菌为甜瓜疫霉菌，属鞭毛菌亚门真菌，可侵染多种瓜类作物。主要以卵孢子和厚垣孢子随病残体在土壤中越冬，可存活5年。卵孢子随水溅到寄主上，萌发后直接穿透种皮侵入，在25~30摄氏度条件下，24小时即可发病。有水的条件下，发病部位4~5小时就可以产生大量孢子囊，借灌水传播。条件适宜时病害极易暴发流行。
疫病的发生与温、湿度关系极为密切，在9~37摄氏度范围内均能发病，以23~32摄氏度最容易发病，相对湿度需95%。疫病的发生与栽培技术措施有关，重茬发病早，病情重。灌水多，水量大发病重，蔓延快。平畦比高垄高畦发病重，偏施氮肥发病重。
防治措施：培育适龄壮苗，采用高垄或高畦定植，覆盖地膜，增施有机肥。
发现病害及时喷药。药剂可选用25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂500倍液，或43%瑞毒铜可湿性粉剂500倍液，或68%瑞毒铝铜可湿性粉剂400倍液，或72.2%普力克水剂600倍液，或72%克露可湿性粉剂500倍液，或80%大生可湿性粉剂800倍液，或77%可杀得可湿性微粒粉剂500倍液，或68%倍得利可湿性粉剂800倍液喷布。
此外，黄瓜、西瓜、甜瓜嫁接育苗，对疫病也有很好的防效。
（五）枯萎病
俗称死秧子，主要危害黄瓜、西瓜、冬瓜和甜瓜，多在成株期开花结果后陆续发病。开始时中午可见植株中下部叶片呈缺水状萎蔫，萎蔫叶片不断增多，逐渐遍及全株。开始时早晚叶片尚能恢复正常，第二天中午再次萎蔫，反复2~3天后不能再恢复。茎基部临近地面处变褐色，水渍状，随后病部表面生出白色和略带粉红色的霉状物，有时病部溢出少许琥珀色胶质物，几天后病部开始干缩，最后病部表皮纵裂如麻，整个植株蔫死。剖视病株茎蔓可见维管束呈褐色，这是区别枯萎病与其他病害造成死秧的依据。
病原菌：枯萎病的病原菌属半知菌亚门真菌，可侵染多种植物。
病菌主要以菌丝体、厚垣孢子、拟菌核在土壤、病残体及未经充分腐熟的带菌粪肥中越冬，病菌在土壤中可存活5~6年之久。
病菌主要由根部的伤口侵入，也能直接从侧根分杈处或根尖端细胞间隙侵入。侵入后，病菌逐渐穿透薄壁细胞最后进入维管束，在导管内定居、发育，堵塞导管或病菌分泌的毒素使导管细胞中毒，影响导管的输水机能，致使瓜秧萎蔫枯死。近年，发现病菌有潜伏侵染现象，即幼苗时可被侵染但不表现症状，待定植后遇适宜条件时才表现症状而发病。
土壤温、湿度对发病影响较大，8~34摄氏度范围内均可发病，适温为24~25摄氏度，相对湿度90%以上最容易发病。土温15~20摄氏度，含水量忽高忽低，不利于根系生长和伤口愈合，而有利于病菌侵入，发病严重。
防治措施：选择抗病品种，进行种子消毒，培育适龄壮苗，进行轮作。在发病前或发病初，及时用药剂防治，控制病情发展。药剂可选用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂700倍液，或40%双效灵水剂800倍液，或60%百菌通可湿性粉剂350倍液，或5%菌毒清水剂300倍液，或10%高效杀菌宝水剂200~300倍液，或20%甲基立枯磷乳油1000倍液灌根，每株灌药液300~500毫升。
另外，日光温室和塑料大、中棚黄瓜、西瓜、甜瓜，嫁接栽培已普遍采用，是防治枯萎病最有效的措施。
（六）蔓枯病
在保护地黄瓜、甜瓜、丝瓜、冬瓜上均有发生，多为成株期发病，主要危害茎蔓和叶片。茎蔓发病，多在节部出现梭形或椭圆形病斑，逐渐扩展可达几厘米长。病部灰白色，伴有大量琥珀色胶质物溢出，之后病部变成黄褐色干缩，其上散生小黑点，最后病部纵裂呈乱麻状，但维管束不变褐色，引起蔓枯。叶片发病，多在叶缘产生半圆形病斑，或自叶缘向内呈V冶字形扩展。病斑较大，直径达20~30毫米，偶有达到半个叶片。病斑淡褐色或黄褐色，隐约可见不明显轮纹，其上散生许多小黑点，后期病斑容易破裂。果实也能发病，多在幼果花器感染，呈轮纹心腐。
病原菌：为西瓜壳二孢菌，属半知菌亚门真菌。病菌以分生孢子器或子囊壳随病残体在土壤中越冬，或以分生孢子器附着在种子表面，或黏附在架材和棚室骨架上，第二年借风雨及灌水传播。病菌喜温、湿条件，在20~25摄氏度，相对湿度85%以上，定植密度大，通风不良容易发病。
防治措施：选用无病种子，实行种子消毒，进行轮作，采取高垄高畦覆盖地膜。
发病初期及时拔除病株，喷布70%甲基托布津可湿性粉剂800~1000倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或80%大生可湿性粉剂800倍液。也可用5%百菌清粉尘，667平方米1000克喷撒，或用沈阳农业大学研制的烟剂1号，667平方米350克熏烟。
（七）黄瓜黑星病
20世纪80年代以来发现保护地黄瓜黑星病迅速扩展蔓延，有些地区已成为重要病害。