庆历四年八月，新政正紧锣密鼓地进行着的时候，仲淹上奏朝廷，请求罢参知政事再度出守西北边关。
仲淹系情于边关而不能释怀，自然是他这次自求外放的一个重要原因。五月，西夏对宋称臣，宋接受了西夏的议和请求，但与此同时，契丹与西夏交恶，契丹国主亲率十万大军征讨西夏，驻兵云州（今山西大同）、朔州（今山西朔县），并要求宋与西夏绝交。西北局势的这一变化，使仲淹十分不安。他担心契丹、西夏不守盟约，乘宋无备发起突然袭击。仅契丹就拥兵十万，而宋河东路则是兵少将寡，不堪一击，实在不能无忧。再加上西北边关秋防在即，也确实需要有人经画其事。仲淹以为，若说“镇彼西方，保于无事，”则不敢妄言，但自己久居边塞，熟悉边情，与边关将士同心协力，亦可望能御敌寇深入之虞。
这只是一个方面的原因。
还有一个原因则是仲淹这时已经明显感到在京师无法自安了。朋党之论又在朝野内外悄然兴起。这把曾使仲淹被诬遭贬的刀子，这一次是被谏罢枢密使知亳州的夏竦重新祭起的。《续资治通鉴》卷四十六庆历四月戊戌条载，“初，吕夷简罢相，夏竦授枢密使，复夺之，代以杜衍，同时进用韩琦、富弼、范仲淹在二府，欧阳修等为谏官，石介作《庆历盛德诗》，言进贤退奸之不易。奸，盖斥夏竦也，衔之。而仲淹等皆（欧阳）修所厚善，修言事一意径行，略不以形迹嫌疑顾避。因与其党造为党论，目衍、仲淹及修为党人。”夏竦勾结内侍蓝元震，“使内侍蓝元震上疏，言：范仲淹、欧阳修、尹洙、余靖，前日蔡襄谓之四贤。斥去未几，复还京师。四人得时，遂引蔡襄以为同列。以国家爵禄为私惠，胶固朋党，递相提挈，不过二三年，布满要路，则误朝迷国，谁敢有言。”
以仁宗这样一个意志不坚、缺乏决断的人，自然难以不受这些流言的蛊惑。《涑水记闻》卷十载，庆历四年四月，仁宗与执政们就有过一次关于朋党问题的讨论。仁宗直接问到仲淹，以为自古只有小人会结成朋党，惑乱朝纲，难道君子也有朋党么？范仲淹直言以对：“方以类聚，物以群分。自古以来，邪正在朝，未尝不各为一党，不可禁也，在圣鉴辨之耳。诚使君子相朋为善，其于国家何害？”
几年前，仲淹第一次遭朋党之灾贬出京师时，欧阳修曾作名文《朋党论》以辩，文中欧阳修证之史实，甚至直言“小人无朋，惟君子则有之。”肖小之人所贪者名位，所趋者禄利，在有共同的利益追求时，他们可以暂相党而引以为朋，但或见利而争先，或利尽而交疏，则又必然是自相残害，“虽其兄弟亲戚不能相保。”又哪里会有真正的朋党！而君子则不然：他们“所守者道义，所行者忠信，所惜者名节”，君子以同道而相益，因同心而共济，且进退不移，终始如一，自然也只有真正的君子才会有真正的“朋党”。而君子之朋的和衷共济，也正是国之能兴的保证。因此，人君的责任不在于禁绝朋党，而在于“辨其君子与小人而已”。
仲淹给仁宗的回答与欧阳修的辩论同出机杼，而且确实不无道理。但道理归道理，现实归现实。现实是仁宗这一次与执政讨论朋党之说，本身就是一个信号，以仲淹之智，他也不可能不觉察出这是一个信号。
从历史上看，朋党之论也确乎是打击政治对手的一个有力武器。贤士君子无论怎样以正色立朝，无论怎样无私无畏，只要一被视为党人，往往就会有口莫辩，且辩之也无补，一般来说免不了罢官贬放，甚至杀头掉脑袋。如唐代李德裕，史称“才大名高”，武宗时身任相职，力主削弱藩镇，辅佐武宗讨平擅自袭任泽潞节度使的刘稹，“独立不惧，经制四方。”但一陷入所谓“牛李党争”之中，便无力自拔也无法免祸，终至贬为崖州司户，死于僻远瘴疠之地。