第二次世界大战爆发后，他亲眼目睹了法国战败和德军占领巴黎的过程，根据自己的了解和见闻开始创作长篇小说《巴黎的陷落》。小说的第1部顺利地发表了，但是第2部里虽然德国人还没有出现，但已可看出作者往下就要揭露法西斯了。由于当时与德国签订了互不侵犯条约的苏联还与它保持着外交关系，从策略考虑尽可能不主动地触动德国，以赢得备战的时间。因此这部小说的第2部没有通过审查。可是战火日益逼近，眼看德国法西斯就要入侵苏联。就在卫国战争爆发前不到两个月的1941年4月24日，斯大林突然给爱伦堡打电话。据爱伦堡回忆，斯大林说他读了《巴黎的陷落》，认为它很有意思，并说他打算寄一本安德莱·西蒙的书供爱伦堡参考。爱伦堡表示感谢，说这本书已读过了。接着斯大林问他，他是否打算在小说里写德国人；他回答说，他正在写的那部分写的是希特勒军队入侵法国和实行占领的最初几周的情况。他补充说，他担心这部分会不会禁止发表，因为甚至不准他在说到法国人受害时使用“法西斯分子”一词。这时斯大林风趣地说；“您就写吧，我们一起想办法把这第3部也推出去……”这说明写德国人的部分也可以发表了，不必再有所顾忌了。爱伦堡一听这话，立刻意识到战争就要爆发了。他觉得斯大林讲的已不只是文学问题，是要借此把消息透露出来，让大家做好思想准备。这部小说完成后，于1942年获斯大林奖金一等奖。
这里顺便提前讲一下爱伦堡的另一部小说《暴风雨》被授予1948年度斯大林奖金一等奖的事。据他说，法捷耶夫曾告诉他，评委会本来决定授予它二等奖，在审批会上斯大林问为什么只给二等奖，法捷耶夫解释道，评委会认为小说有思想错误，因为其中的一个主要人物爱上了一个法国女人。斯大林听了就说：“而我喜欢这个法国女人。一个很好的姑娘！再说生活中常有这样的事……”于是小说便被授予一等奖。
苏联卫国战争爆发后，爱伦堡满怀爱国热情和对德国法西斯侵略者的仇恨，用他的那犀利的笔为武器立即投入战斗，在报刊上连续不断发表了短小精悍、充满战斗激情的文章、通讯、特写、小品文，揭露侵略者的暴行，表达了苏联人民誓死保卫祖国的决心。他的这些作品给苏联军民以巨大鼓舞，并且产生了广泛的国际影响。德国法西斯当局对他恨之入骨，他被称为“斯大林的犹太家人”，纳粹的宣传机器把他描绘成要把德国人民消灭光的嗜血成性的恶棍，据说希特勒曾下令捉拿他和处死他。可是完全出乎他意料之外的是，在反法西斯战争即将胜利结束时，《真理报》于1945年4月14日发表了中央宣传鼓动部长亚历山大罗夫的题为《爱伦堡同志把问题简单化了》的文章，指责他把德国说成只是“巨大的匪帮”，说爱伦堡的说法并不反映苏联整个社会的意见，说红军“从来不把消灭德国人民作为自己的任务”。文章还说，真正的反法西斯战士发表这样的观点是“奇怪的和不可理解的”，“苏联人民从来不把德国的居民和统治德国的罪恶的法西斯匪帮混为一谈”，并引用斯大林的话来证明这一点。爱伦堡读了这篇文章，认为自己没有错，心里感到很委屈，于是第二天就给斯大林写信，要求斯大林表态，说明他该不该受这样的指责，要不要把写作工作继续进行下去。
不错，爱伦堡在德国军队入侵时曾提出过“消灭德国佬”的口号，号召人民起来与侵略者进行斗争，这个口号为广大军民正确理解和接受，产生过巨大的影响。当时谁都明白，这里所说的“德国佬”指的是德国侵略者。而且像爱伦堡信中所说的那样，当时他就强调“我们不是法西斯分子，决不会搞迫害”。而他在战争后期写的文章里强调“要以与希特勒分子不同的准则对待平民”。因此在这个问题上，他觉得自己是“问心无愧”的。亚历山大罗夫发表这篇文章很可能是根据斯大林的指示写的，至少是经他同意的。如果是这样，那么为什么斯大林几年前不提出批评，而要在战争将要结束时进行纠正呢？有人分析，战争后期苏联红军进入德国境内后，形势和任务已与战争初期大不相同，除了继续追击消灭德国军队外，需要正确对待德国的平民，以取得他们的理解和支持。而红军未能完全这样做，出现了一些问题。爱伦堡在东普鲁士采访时见到了红军抢劫财物、酗酒闹事、调戏妇女等现象，回国后在军事科学院做报告和发表文章时讲了这些情况。内务部门认为这是对红军的诬蔑，立即向斯大林作了报告。斯大林认为要解决这个问题，不能简单重复战争初期的某些口号，需要作一些修正或补充，强调正确对待德国人民的问题。亚历山大罗夫的文章大概是在这种情况下出现的。至于为什么拿过去所提口号并没有错误、现在又提出正确对待德国人民的问题的爱伦堡作靶子，那就不得而知了。
爱伦堡就民族属性来说，是犹太人。他在卫国战争结束后被牵扯进了一些与犹太人有关的事件中。首先是对1948年成立的犹太人的国家以色列的态度问题。应该说，苏联当局本来是支持以色列立国的，希望它成为苏联在这一地区的盟友，因此它成立后很快就正式承认。可是以色列并不想跟着苏联走，因此苏联对它的态度有所改变。许多苏联的犹太人对以色列的成立非常关心，他们对以色列首任驻苏公使梅厄夫人表现得十分热情，这就引起了苏联当局的不满。斯大林觉得需要向公众说明一下如何看待以色列的问题。他在1948年9月初到南方休假前指示马林科夫组织人写一篇关于以色列的文章，提出了几个执笔的人的人选，其中第一个就是爱伦堡。马林科夫和卡冈诺维奇等人便找他谈话，他同意了。文章写成后送给斯大林过目，斯大林点了头。于是这篇文章就以《从一封信说起》为题发表在9月21日的《真理报》上。原来斯大林提议文章由几位着名活动家署名，爱伦堡坚持只署他一个人的名字，斯大林没有表示反对。
文章之所以用这样的题目，据说是因为有一位德国的犹太大学生给爱伦堡写信，抱怨西德实行反犹主义，认为所有犹太人要想避免这共同的灾难，只有迁居以色列这一个办法。爱伦堡在他的文章里发表了自己的看法。他认为犹太人不是一个民族，他们注定要在居住的国家里被同化。确实他从来都不赞同犹太复国主义，也就是不赞同重建独立的犹太国家。他在信中告诫读者不要认为以色列的成立可以使犹太人避免灾难和不受伤害。这些话符合斯大林的要求。同时他在文章里引用了斯大林在1931年1月12日答美国犹太电讯社问里的话。斯大林强调指出，“作为彻底的国际主义者的共产党人不能不是反犹太主义的势不两立的死敌”。他还说：“在苏联，反犹太主义是作为一种极端敌视苏维埃制度的现象而受到法律的极严厉的追究的。依照苏联法律，积极的反犹太主义者应判处死刑。”爱伦堡的这一招非常高明，他在苏联对犹太人的政策似乎有所变动、国内正在出现反犹浪潮的情况下引用斯大林说过的话，实际上是请求斯大林像过去那样对待犹太人，同时他这样做又给犹太人提供了反对各种反犹行为的依据。
如上所说，1949年1月开始对世界主义进行批判，被指名批判的是一批戏剧批评家，其中绝大多数人具有犹太血统，因而这次运动具有明显的反犹色彩。在这之前不久，爱伦堡作为主要成员之一的犹太反法西斯委员会被解散。尽管爱伦堡未受到直接冲击，但是他的活动受到了很大影响。他曾在1949年3月给斯大林写信进行诉苦，说从2月开始所有报刊对他“关门”了，作品不能发表，这样一来，“他就丧失了继续进行工作的可能，不能为反对美帝国主义而斗争，不能为祖国服务了”，同时，他的文学工作也受到打击。于是只好写信求助。斯大林像往常一样没有给他回信。同年12月在斯大林七十寿辰时，文学界许多人纷纷发表文章和诗歌为他祝寿，爱伦堡也不例外，他的那篇题为《深厚的感情》的祝寿文章很有特色。他充分利用自己周游世界的所见所闻，写了各国人民敬爱斯大林的各种表现，写得具体生动。可是没有表达自己的感情的话。这就显得比那些为了表忠心，一味唱颂歌的人高明。
爱伦堡尽管受到苏联国内反犹气氛的影响，但是当局对他还是信任的，这具体表现在1952年授予他斯大林和平奖金上。在他之前，该奖金只授予外国人，而爱伦堡成为首位获奖的苏联“和平战士”。
然而这时又发生所谓的“医生案件”，一批犹太家庭出身的医生被控犯杀人罪而送上法庭。同时也对被解散的犹太反法西斯委员会的一些主要成员提起了公诉。人们对此有不同看法，俄罗斯人与犹太人的矛盾有所激化，出现了一些暴力事件。据说这时斯大林认为需要由一批犹太的着名活动家出面，写信给《真理报》进行说明。这次他没有找爱伦堡起草，而是采取草拟好信件后交由这些活动家签名后交《真理报》发表的做法。这是1953年初的事。草拟好的信中首先批驳了那些自认为是全体犹太人民的“朋友”甚至是代表的人关于所有犹太人具有共同的目标的说法，指出犹太人当中存在着劳动者和剥削者两个阵营，而以色列实际上成为美国侵略势力进攻苏联的基地。信中在谈到“医生案件”时说，罪犯大多是国际犹太复国主义组织收买的犹太人，他们的目的是用有害的医疗方法缩短苏联的活动家和军队领导人的寿命，从而破坏苏联的防御能力。信中强调指出，在苏联实现了大小民族的兄弟般的团结，从事劳动的犹太人在历史上第一次过着自由的欢乐的生活。爱伦堡不同意在信上签名，他于1953年2月3日写信给斯大林说明不同意签名的原因。他说，他觉得解决犹太人问题的最彻底的办法是使犹太人与一起生活的各族人民“完全同化”，而美国和犹太复国主义的宣传机构竭力要把犹太人分开。他接着说，他担心现在只由犹太人联名发表公开信的做法“可能会增强那些动摇的和不那么自觉的人的民族主义倾向”，同时他指出，信中使用“犹太人民”的说法，可能会使民族主义者受到鼓舞，而使那些尚未意识到犹太民族并不存在的人感到困惑。他还说，发表这样的公开信，可能对犹太复国主义者、“崩得”分子以及其他敌人进行反苏宣传起煽动作用。他主张由《真理报》发表文章或系列文章（其中包括由犹太人署名的文章）说明巴勒斯坦以及美国资产阶级犹太人的作用，另一方面，由《真理报》编辑部出面说明绝大多数犹太劳动者是忠于苏维埃祖国和俄罗斯文化的，这就有助于不把部分犹太人孤立起来，克服反犹主义的残余。爱伦堡说自己无力解决这些问题，因此请求斯大林帮助，请他委托一位领导干部告诉他，发表这样的信是否适当，需不需要他签名。最后加了一句：“如果这对保卫我们的祖国和开展和平运动有利，那么我立即就在《致编辑部的信》上签名。”
这是爱伦堡给斯大林的最后一封信。一个多月后斯大林去世了，可能没有看到这封信。而信中所说的联名信也就没有发表了。
斯大林去世后，爱伦堡敏锐地感觉到社会政治生活即将发生重大变化，并设法通过文学作品将其展示出来。1954年他发表了以《解冻》为题的中篇小说第1部，其中通过主人公之口，反复讲到严冬即将过去，“已到解冻时节”，“春天就在眼前”，已听得见“春天的喧闹声”等等。作者用这种具有象征意义的话说明作为“严冬”的斯大林时期正在过去，被称为“春天”的新时期正在到来。这反映出他对斯大林时代的看法，说明他的思想观点发生了明显的变化。这部小说产生了很大影响，后来人们把斯大林逝世后的一个时期称为“解冻时期”。1959年爱伦堡开始写长篇回忆录《人·岁月·生活》，他根据亲身经历写了世界上发生的一系列重大事件以及他接触过的、有所了解的或有过交往的着名人物，抒发了自己的情感，有时进行了反思甚至忏悔。当然其中写到了斯大林，他总的看法是：斯大林有巨大的智慧，同时有更多的狡诈。这里他在肯定斯大林的智慧的同时，用了“狡诈”这一贬义词来说明这位领袖人物的特点，可能这所谓的“狡诈”也包括斯大林在处理事情时审时度势，权衡得失利弊作出的常人意料不到的决定和采取灵活的策略在内。而爱伦堡这位机敏的作家有时也有这种“狡诈”的表现。
爱伦堡在斯大林时期尽管受过批评，尽管有人告他的状，安全部门整过他的材料，但是他能安然无事，而且受到重用和嘉奖，原因何在呢？这主要是由于斯大林重视他的才学，而且觉得他有政治头脑，再加上他在国外有广泛的联系以及较高的威望和较大的影响，因此一直把他视为有用的人才，认为如果很好地加以保护和利用，对发展文学事业和扩大苏联在国外的影响都是有利的。而爱伦堡本人政治嗅觉灵敏，机智而又有胆识，能做到应对自如，进退有度，这对他免遭厄运也起了一定作用。爱伦堡本人在谈到自己在斯大林时期不仅保全了自己，而且受到礼遇时说，这是因为他像“中奖”一样运气好，完全将其看作偶然的事，这未免把问题简单化了。
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