牙菌斑是龋齿和牙周疾病的共同致病因素之一，如果清除了牙菌斑，也就达到了预防龋齿和牙周疾病的目的了；同时也使牙石失去了赖以形成的基础。检查刷牙效果的标准，就是看牙菌斑是否已经完全清除干净。
在牙面附着的牙菌斑较薄，颜色与牙齿相似，肉眼一般不易识别，常用牙菌斑显示剂进行染色，表示牙菌斑存在的部位和数量。这既可用来作为评价个人口腔卫生的客观指标，也可用来指导个人进行重点需要清洁部位的清洁。常用的牙茵斑显示剂为2%藻红液，方法为用棉球将藻红液涂布在牙面上，或者直接滴少量藻红液于口腔内，或稀释含漱染色，几分钟后自己可照镜子检查口腔，凡是有染色的牙面，就说明还有菌斑没有刷干净，需重新再刷。