由于生活习惯、食物构成的变化，人类的颌骨在进化过程中逐渐发生退行性改变，表现出变窄、缩短等现象。在进化过程中，牙齿的变化不如颌骨变化明显，这就导致了用于生长牙齿的颌弓，相对于牙弓而言变得短了。较短的颌弓自然容不下较长的牙弓，于是，最后萌出的第三磨牙就会受到阻挡而出现萌出不完全。牙齿未能萌出到正常的位置称作牙齿萌出不全或简称萌出不全。
萌出不全的第三磨牙，其牙冠周围的牙龈组织往往覆盖在牙冠表面。覆盖在牙冠表面的牙龈瓣与牙面之间形成深而窄的盲袋。盲袋中会存留食物残屑和细菌，它们很难在漱口或刷牙时被清除。覆盖在牙冠的牙龈瓣受到损伤（咬伤或挤伤）时，细菌就会通过这个部位侵入牙龈组织，引起智齿冠周感染即智齿冠周炎。
全身抵抗力强时，智齿冠周炎可能无明显不适或局部仅有轻微不适。但全身抵抗力往往在睡眠不足、过度疲劳、女性经期时下降，此时智齿周围软组织的炎症和不适感会迅速加重，口腔医学上称这种现象为“智齿冠周炎的急性发作”。