正畸治疗的各项操作都是在患者的口腔内进行的，医务人员的手及使用的各种器械都可能被患者的唾液及血液污染，如消毒处理不严密，极易造成医生和患者、患者和患者之间的交叉感染。因此，加强感染管理，预防医源性交叉感染十分重要。首先，健全预防医院内感染的各种规章制度，以确保各项制度的实施，如卫生工作制度、消毒隔离制度、保洁制度、定期监测制度等。其次，加强对诊室、患者的管理，以控制传染源。如诊室内要尽量减少陪人、谢绝参观。患者要进行肝功能和“乙肝五项”的检查，如结果阳性，则要先进行治疗后方可进行正畸治疗。再者，要做好预防消毒工作，随时消毒，切断传播途径。
