任何事情都是一分为二的，尤其在医学领域，治病的同时往往也有可能给身体带来不良的影响，如药物有副作用，手术会留下瘢痕。同理，正畸治疗也可能会出现以下不良反应。
①在矫治初期牙齿有轻度疼痛等不适。这有两种可能。一种可能是因为牙髓受到激惹而表现出暂时性的痛觉的阈值降低，一般不会引起牙髓永久性损伤。另一种可能是牙周膜受到挤压。牙周膜内的神经对压力非常敏感。持续的正畸压力会引起轻微的牙疼或不适，但这种现象一般只持续3～4天，此后会逐渐减轻，直至消失。当然，如果被矫治的牙疼痛难忍，您需要立即与主治医生联系，以便及时调整矫治用力。
②牙齿的动度增加。在正常情况下，牙齿有轻微的动度，是生理性的，它可以缓冲咀嚼压力，防止牙齿和牙周发生创伤。在正畸过程中，牙齿的动度会有所增加，正畸力越大，牙齿动度越明显。正畸治疗中如果发现牙齿活动度很大，须留意正畸力是否过大，超出了正常范围，应该尽快报告您的主治医生，及时查明原因，使之得到妥善解决。
③咀嚼可能受到影响。矫治期间，牙齿受矫治力作用可出现牙髓、牙周方面的不适反应，进而影响咀嚼。建议在此期间选用较松软、易消化、营养丰富的食品，不要咀嚼太硬、太黏的食物。水果等宜先切成片或条状，再食用。
④牙根根尖形态改变。在正畸牙齿移动过程中，牙根表面也发生着吸收、增生等重建活动，牙根根尖可能变圆钝、变短。正畸治疗停止后，牙根凭着自身的修复能力可有所恢复。如果牙根明显变短，则是有害的。正畸治疗力过大，会加重牙根的吸收。正畸治疗的疗程过长会增加牙根的吸收。
⑤牙槽骨高度降低。牙槽骨高度对于牙齿的稳固和健康非常重要。戴用固定矫治器期间，不保持口腔卫生会引发牙龈炎。炎症以及受力作用可以使做过正畸的牙槽骨高度降低。
⑥并发其他疾病。因为矫治方法或用力不当，可以造成下列不可逆的病变：a。接受矫治的牙齿牙髓坏死；b。接受矫治的牙齿松动脱落；c。咬合接触不良或咀嚼无力；d_颞下颌关节疾病。