客家人到底是从什么时候来台湾的，到现在还没有一个定论。大概从郑成功来台之后，许多广东和福建一带的闽南人、客家人跟着来台开垦。一直到了康熙皇帝时，施琅攻下台湾，康熙皇帝觉得施琅收复台湾居功厥伟，因此台湾政事全交由施琅处理。为了避免反清势力再度集结，对来台者的申请严格控制。有这么一说，施琅因为是郑军手下一个客家籍将领的手下败将，内心对客家人不爽，所以绝对不准客家人迁台，因此迁台族群主要是来自闽南的漳州与泉州。可是闽粤一带客家人呢，还是想办法绕道从闽南偷渡来台，他们来台之路比闽南人更艰辛，除了要面对恐怖的黑水沟，还要逃避官府的追查。有一首3000多字的客家山歌诗“劝君切莫过台湾，台湾恰似鬼门关。千个人去无人转，知生知死都是难，就是窖场（坟场）也敢去，台湾所在灭人山（必死无疑）……”就是在讲当年客家人渡台的处境。
就这样将近一个世纪里，客家人口在台成长几乎是停顿，被大量来台的闽南移民所取代，到19世纪末，台湾岛上有250万汉人，客家人只有25万。
由于客家人在人口上显得弱势，在与闽南人争田地、争水源等资源上闹得有点不开心，但是真正让台湾闽南人跟客家人爆发严重冲突，以至于种下心结的算是在康熙末期的朱一贵抗清事件。
朱一贵是漳州人，渡海来台后做过不少工作，最后在现在台湾高雄一带以养鸭为生，传说他能指挥鸭子摆阵，所以也被称为鸭母王。当年台湾知府贪污滥权，引发百姓不满，为人豪爽的朱一贵被推举为盟主，自称明室后代，举兵抗清，反清复明。而刚好在附近客家庄屯垦的漳州人杜君英，也带着许多客家佣工，因他事起兵，两军合流，很快就打败清军，攻下当时台湾首府台南，众部将拥立朱一贵为“中兴王”，恢复明制，这是台湾第一次大型的反清民变。
不过朱一贵与杜君英已经为了谁该称王的问题引发内讧，杜君英觉得自己功劳比较大，因为他先入台南城，而最早是约定谁先入城谁就称王。没想到朱一贵反悔，人多势众的闽南人当然拥立朱一贵了，为此，两者开始产生不和，客家军甚为不满，就抢夺几名妇女藏在官舍中。朱一贵因此不爽杜君英，虽然杜君英后来交出七名妇女，但朱一贵心想这样不行，两人迟早要翻脸，干脆先下手为强好了。
所以朱一贵假意表示感谢杜君英的配合，就邀请客家子弟兵在台南赤崁楼这座城堡内大摆宴席，大吃一顿，杜君英不知是鸿门宴，就率部前往。客家军大快朵颐没多久后就突然感到肚子绞痛，抬头一看，城墙上都是弓箭手，出口城门都被关住了。朱一贵下令放箭射杀已中毒的客家军，然后再乱刀砍杀。杜君英虽然侥幸突围而出，但是无数客家精锐士兵都已惨死在赤崁楼内，他只好率领驻扎城外的客家军余众数万人向北逃窜，一路逃到台湾中部即现在的云林境内才得以休息，原本的五万客家大军，现在只剩下一万人。
杜君英派人穿过封锁，回到南部客家庄的根据地，告知闽人屠杀客家人的惨状，当地客家百姓暴怒，也开始对闽南人的村庄展开报复性的屠杀，朱一贵眼见闽南人被客家人攻击，决定派大军南下。怎么说客家人都不是闽南人的对手，为了保护身家性命和得来不易的垦地，客家人决定以拥护朝廷为名义，组成民兵讨伐朱一贵。他们将屯垦所在的屏东平原上的客家庄，划分为六个区域，按照位置分别命名为前、后、左、中、右、先锋六个“堆”，每堆管辖若干聚落，你可以把“堆”看成古代军队里的“营”，这个“堆”其实就是指“队”，在暗示自己如国家的军队一样，但又没那么明目张胆。
最后六堆民兵与渡海赶来支持的清军，在高屏溪与朱一贵展开大决战，朱一贵败走，被清军歼灭，朱一贵与残部也被押至北京处死。
六堆的成立与联合清兵讨伐朱一贵，化解南部屏东一带客家人被灭族的危机，这样的举动也得到朝廷的“忠义”封赏，还让清廷终于解除粤籍人来台限制，此后潮州、惠州客家人纷纷渡台。“六堆”这种民团的联防组织方式就这样一直流传下来，本来是战斗组织，逐渐变成当地客家人聚落所在的标志，现在你到高雄县原来六堆那一带，老一辈的人都还是讲某某堆而不是讲什么乡。对于客家族群来说，“六堆”也变成一种代表团结不屈服的精神和一种认同感。