1991年6月，一场“国是会议”在圆山大饭店举行，讨论台湾内部现存的各种政治问题。这场会议由李登辉主导的当局发出邀请，请了各界人士，包括各党派代表一起参加，台湾当局第一次试着用政治协商的方式，希望一起讨论出一个整体“宪政改革”的发展方向。反正，这次“国是会议”跟个大拜拜一样，讨论了好几天也没有讨论出什么具体的方案，主要的结论就只有一个“总统”直选的大方向，可是也没有具体方案。那时候民进党强烈主张“总统”直选，而国民党仍然倾向委任代表直选，也就是“国民大会”选出的方式。
尽管广邀各界人士来参加这场会议，还是有很多学者专家，政治人物不买这个账，尤其是民进党内最激进的“新潮流系”更是反对到底，他们觉得谁要是去参加了就是叛徒。其实就在前不久的4月，李登辉以领导人身份，第一次接见民进党的党主席黄信介，两人相谈甚欢，事后黄信介接受记者访问时说：“我们这位总统还是很英明的。”光是这句话在党内就差点被批到变成“猪头三”，可见在民进党内部，还是有股强烈的不妥协意志，所谓汉贼不两立，民进党人也不觉得自己是汉，说他们是贼说不定他们还沾沾自喜，因为贼有一天也可能取得天下。
派系过去担负民进党内人才培养与募款的功能，依民进党的习惯，遇到重大争议时，先由派系凝聚共识，再由党主席或党团总召集派系领袖，决定党的立场，最后炮口一致对外。而在民进党创党之初，屡次党内严重的斗争主要就是美丽岛系与新潮流系的路线之争。两个派系的争议点主要在于对台湾前途未来的主张、“议会”路线或群众路线上立场不同，时有冲突。当年黄信介参加党主席选举那会，新潮流就指控黄信介有意联合共产党斗垮国民党，将美丽岛系牢牢扣上“统派”的大帽子，再加上黄信介支持李登辉主导的国是会议和宪政改革，新潮流又指控他“秘密勾结中共出卖台湾”“心向大陆”“走狗”，甚至还因为公职人员参选提名，划清界限，大打笔战组织战，互相喊出清党。还好后来黄信介连任了一次党主席，才稳住整个局面，使美丽岛系主导民进党，新潮流变成了“非主流”。
新潮流为什么会那么激进呢？他们一向都有这种传统。从各样的路线之争到民进党成立后历届党主席之争，可说是无役不与，斗性坚强并树敌无数。并且新潮流的理念有浓厚的社会民主思想，这也直接影响民进党的党纲。新潮流系一向组织严密，服从集体领导、向心力强，成员纪律良好，这也跟他们内部考核与人才培养方式有很大的关系，每一个新潮流出身的政治人物几乎都是文斗武斗能力兼备，骂战起来，或街头运动里总是冲锋陷阵，这就让民进党内那些“民主前辈”很头痛啦！有人就说新潮流是民进党内的“红卫兵”，大概就是这个道理。
但有一点让人不得不服的是，新潮流的理论建构与论述能力特别强，每次民进党提出什么新的发展方向总是少不了新潮流的影子。早在20世纪80年代，新潮流里的几个理论专家已经预言，台湾问题不在于国民党，最终免不了要与大陆交往，但那时候大部分的党外人士还沉溺在打垮国民党的激情中，也没有人把他们的话当一回事，现在二十几年过去了，不得不让人佩服他们的先知卓见。
新潮流在民进党内也是支持台独最激进的一群，在历次的台独论述（其实就是笔战）当中都取得胜利，这就让民进党里很多不支持台独的人不满了，认为他们气焰太盛，排挤他人。前面也说到，民进党成立之初，只是一个反国民党的统一战线而已，里面充满各种奇人异士，他们都有个心愿，就是打倒国民党。为了对抗国民党，民进党势必也要有一套自己的论述，他们将国民党视为外来政权，一直要强迫台湾人接受“大中国意识”。国民党本质就跟以前的荷兰人、清朝人、日本人一样都是外来政权。台湾人太可怜了，从来没有自己当家做主的机会，为了对抗国民党的“大中国意识”，就要用“台湾意识”“本土意识”来对抗，而这本土意识对民进党来说，也就等于是台湾人民可以自己当家做主的台独意识。本来“本土意识”指的是爱自己乡土，关心周遭身边的事，这也没什么不对，可是以前国民党做得太少，让民众也有些反感，于是民进党就将“本土意识”给政治化，与台独相结合，成为民进党对抗国民党的一套论述。
所以你到后来会看到很多激进台独的家伙，会问你“支不支持台独”，如果说不，他们就会直接把你打成“不爱台湾”。
民进党越来越倾向台独，而且越来越没有讨论的空间，这也让党内很多外省人，或者支持统一的人士不满，比如说创党元老费希平，在一段时间里，一直是民进党的“样板”，民进党经常用他来“证明”民进党“并不排斥外省人”，可是又是外省又支持统一，这在民进党里实在是太不政治正确，所以他在创党两年后选择离开民进党。
其实就像费希平后来讲的，民进党不应该是台独党，要搞台独的人，就应该另外成立一个“台独党”，直接接受民众的考验。而且党的利益绝对不能优先于人民的利益，派系及个人利益也不能优于党的利益。国民党就是因为党的利益高于人民利益，所以被唾弃，但是目前民进党的一些作为，却是在学习国民党。
这些话言犹在耳，果然再过了几年之后，民进党迫于主流民意的压力，一再修正自己的台独主张。那些积极主张台独的人士，又不满民进党“越来越不台独”，纷纷出走。而执政以后的民进党，派系之间的斗争比起在野时代有过之而无不及，好像都是在走国民党以前的老路。
到20世纪90年代初期，出走的出走，另组党的另组党，道不同不相为谋，谁也拦不了。倒是草根出身的民进党，这时也慢慢脱离街头路线，改以“公职挂帅”，担任地方、议会的公职人员渐成决策核心，就连一向坚持街头路线的新潮流系，也推出自己的候选人进入各级议会，组织好像只是选举机器而已，民进党人都太会选举了。从前那些在街头并肩作战的战友，或是各种社会运动表达出的民间诉求，现在只成为选举时的候选人到场插花声援，意思意思一下。为了这些选票，选举运动员时还是要热血地喊一喊，其实就只剩下口号而已。
民进党早期的理想，并不只想夺得政权，若看看党纲，也可以发现处处是检讨国民党的偏差，特别是剥削土地观念以及一切以经济发展为中心的心态。所以民进党在刚成立的几年，都给人一种“反商”的印象，尤其那几年台湾中产阶级增加的速度特别快，一向自认尊爵不凡的台北市民，对民进党的印象就是又土又草根。
民进党人也知道，若要走上执政之路，这些印象都会成为阻碍和包袱，所以也学着在转型。在民进党逐渐壮大后，有不少力量依附于她，也开始让她在不同利益之间左右摇摆。特别是在执政之后，一些妥协的做法，是与她本来“爱土地”的理想背道而驰的。这也使得许多昔日与民进党并肩作战的社会运动团体感到被她出卖。
什么人民福利、环境生态、劳工问题之类的，都成为选举狂热后的空白选项。可怜的是这些与民进党一同成长的社会运动团体，他们明明知道民进党与他们越走越远，可是又讨厌国民党，不可能把票投给他们，内心只好继续抱着恨铁不成钢的心情继续投给民进党，好像被绑架了一样。