为创造学术研究的条件，蔡元培还特别重视图书馆建设，强调图书馆的作用。他多方筹款为北大图书馆购买新书，以满足学生阅读和研究所研究的需要。李大钊掌管北大图书馆时期，带来了不少介绍新思想、新学术的图书，图书馆成了学生们常去的地方，从早到晚都人满为患。
为改变北大学生逛花柳巷、吃喝赌博的不良风气，蔡元培兴建了各种团体，设法让学生“忙”起来，而且是忙在正事上。在蔡元培的大力提倡之下，各种兴趣团体在北大校园里如雨后春笋般拔地而出，如雄辩会、新闻学会、平民教育会等。蔡元培还提出以“美育代替宗教”，除了授课，还加强兴建美育方面的兴趣团体，带头组织了戏剧讨论会、书法研究会等艺术团体，还有为提高学生的演讲能力的平民教育演讲团、马克思主义研究会，甚至还有体育组织“静坐会”等，以此培养学生形成正面的爱好。而且，北大校园里还不定期举办音乐会、召开体育运动会，丰富学生的精神生活。
在蔡元培办学思想的影响下，北大学生模仿陈独秀的《新青年》，自发组织了新潮社，以研究探讨新文化为目的，创办了一个杂志《新潮》。由于杂志发表的均是学生们的作品和思想言论，非常接地气，一经出版，深受学生的热烈欢迎，杂志很快就被抢购完。新潮社火了，社员剧增，《新潮》成了北大学生的必读杂志，传阅率非常高。在读者强烈的呼声中，杂志很快出了第二期，接着又不得不再出第三期……售价很低的杂志出版越多赔钱就越多，经费很快就没了。蔡元培听闻后，当即决定从教育经费中拨出款项，支持他们兴办杂志。
蔡元培推行的这些措施取得了优良效果，北京大学呈现出积极向上、朝气蓬勃的活力。北京的其他学府见状，纷纷来借鉴效仿，有的与北大的相应团体取得联系，在本校建立起“连锁分会”，有时还与北大联合举办活动，文化风气日渐浓郁。从此，北大的学生们逐步将注意力集中到研究学问上来，志趣转到有益身心健康的活动上，不再打麻将、吃花酒了。越来越多的学生专心研究学问，讨论社会民生，关心国家未来，北京大学的名声也随之改变。
第六节 治理品德，培养学生良好人格
“德才兼备”是蔡元培对人才的要求，但他认为，教育不是教条，不是以命令的方式生硬地管教别人什么能做或不能做，而是在遵从民主、自由原则的基础上，慢慢去感化，培养良好的品行，从本质上去改变人的恶习。因此，他在校园内实行学生自治，自我管理，一方面又带头组建进德会，但凡是入会的成员，必须遵守“不嫖、不赌、不娶妾”等戒条，以此道德标准来鞭策北大的学生和教师们，要养成良好的品德。
蔡元培刚上任不久，北大校园里曾经出现了一件“小字报事件”。事件源于一个惹人讨厌的学生，由于他出身官宦世家，言行霸道，以得罪人为乐，同学们都不喜欢他。可是，既没办法制服他，暂时又找不出什么明显的过错汇报给学校，于是在宿舍里出现了一张讨伐这个同学的告示，并指名道姓地痛骂他的所作所为，威胁他“要老实点”。
谁知才两天时间，宿舍公共场合的墙壁上就到处贴满了无数匿名小字报，全都是辱骂和威胁那个同学的。其中有一张小字报的骂深得同学们的赏识，大家都争先恐后地来观阅，还在小字报上又圈又点，甚至有人添油加醋地题跋，然后还有人将此“公众杰作”转贴到那被骂学生的宿舍门前。一时之间，此小字报传遍全校，成为校内的特大新闻。
学生们将小字报当成了娱乐，不承想，几天后，在一次大会上蔡元培专门谈到这件事，说：“校园中有不少同学在墙壁上贴小字报攻击某君，这是不符合做人的道理的。如果有谁对某君确实有不满的地方，你可以当面向他指出来，进行劝导。如果你们认为这种事无法劝，完全能向学校反映，这才是正确的做法。你们匿名写小字报，就算被批评的人真的有过错，对方不见得因此悔改，反而会引起报复心理，而批评的人却从此丧失了良好的品德。今天有小字报，明天就会有大字报，如此发展下去，你们的品德只会变得越来越堕落。”
对于学生道德品行的培养，蔡元培可谓是呕心沥血。由于提倡自由办校，学生自治，学生会组织的力量越来越大，就有人钻空子，宿舍自行分配，偶有家眷来京，竟安排住校舍，有的竟然住着不走了，还不许学校过问。1922年10月，学生反对学校收取讲义费而闹得沸沸扬扬，学校对此事经过多次开会，都无法再取消讲义费的收取，因为当时的北洋政府对教育费的拨款越来越少，就连教授的工资都拖欠。但是大多数学生认为，应该是既不交钱，还要给讲义，并且对代总务长沈士远进行围攻，学校里到处贴满谩骂沈士远的条子，还在校园里组织游行示威，高呼：“打倒沈士远！”接着，学生去校长室要求学校满足他们的要求。蔡元培耐心地向学生解释收取费用的理由，苦口婆心讲了一天，总算让学生接受事实，退了回去。可第二天早上，蔡元培刚来校长室，发现门口外突然围满了几百名学生，山东籍学生冯省三领头大喊：“我们打进去，把他们围起来，把这事解决了！”
学生冲进校长室，把其他的教员都吓坏了，这时就有人高呼：“走，到会计科把讲义券烧了！”这下把蔡元培给激怒了，他冲出校长室，堵在门口，挽起袖子高喊：“有胆的就请站出来与我决斗。”
一向温和包容，年过五旬的蔡校长竟然要决斗，把在场的学生给镇住了，他们立刻散去，不敢再蛮横。对于这场风潮，蔡元培生气而痛心，在民主自由的制度之下，一个人没有良好的道德素质，就难以体现民主的优越性。混乱有时像是自由制度所要付出的代价，也可以说，这是民主制度前期必须度过的一个阶段。蔡元培明白，要改正人的丑恶面，不是一朝一夕，他要与人性中丑恶的部分战斗，甚至不惜以辞职作为代价，与这种蛮横暴力抗争到底。与其说是他在与学生做抵抗，不如说是他以此教育人们警醒人性的阴暗面。
第七节 不畏权贵，决心整顿师资队伍
蔡元培出任北大校长不久，就遭遇了一场国际官司，事情因两名外籍教授而起。初到北大，蔡元培就对教师整体素质极为不满，就凭这些人，哪怕费尽九牛二虎之力，也难以改变学校风貌，更别说建成一流的学术教研机构了。他决定整顿教师队伍。
他首先以“学术造诣”为标准，对现有教员进行考核，德才兼备的教授给予保留原职，没有真实才学，甚至道德沦丧的败类，不论对方什么背景，都坚决解聘。在这过程中，他不仅必须得罪那些身为达官贵人的教授，而且还要解雇两名因历史遗留问题而在北大混饭吃的外国教授。
这两名外籍教授是京师同文馆时期的教员，均由英国驻华使馆的公使介绍得以进入同文馆。同文馆是清政府1862年开办的专门培育翻译人才的机构，先后开设了英、法、俄、德等语种课程。由于运营同文馆的官员对外国人不了解，觉得只要是外国人就一定能授课，况且还是公使介绍来的，碍于这层关系，他们也为了保住乌纱帽，长期持着“不求有功只求无过”的态度，一门心思用在接待上面的检查和应付公文往来，以致同文馆的学生成绩非常糟糕，有的学生学了13年俄语，竟然只是能把字母念出来而已。
后来，同文馆被并入京师大学堂，再一同变更成北京大学。不论怎么变，那些外籍教授仗着自己的老资历和特殊的身份，始终我行我素，优哉快乐，带学生逛花街柳巷是常有的事。
经过考核，蔡元培决定解聘这两名教授。这下就有好心人奉劝他了，这些外籍教授是通过外国驻中国大使馆介绍来的，中国国势一向弱，没什么外交，就算是政府都不敢得罪这些洋人。所以，该如何处置这两名外籍教授应当三思而行，不能如此武断地辞退了事。可蔡元培还是不愿收回决定，不管他们是何来历，决定不再纵容这些人继续毒害校风。
外籍教授听说蔡元培要辞退他们，非常生气。他们为了挽回颜面，想方设法留下来，一方面通过北洋政府向教育部施加压力，然后又借北京某英文日报对其进行诽谤，同时还向英国驻北京公使朱尔典告状。为此，朱尔典亲自拜访蔡元培，希望他能通融些，就算学校请不起那么多外籍教员，但也不要辞掉其中一名英籍教员，也算是给大英帝国一个面子。蔡元培却不答应，坚决认为那名英籍教员学术平平，根本不符合北大教授的标准，倘若他包容这样的人，就等于留下了一个毒瘤。这让朱尔典恼羞成怒，政府可是一贯忍让他三分的，蔡元培竟把话说得毫不留情。朱尔典气哼哼地走了，走出办公室之后，在外面扬言：“蔡元培不要再做校长了！”
没过两天，蔡元培就收到了教育部的训令，通文指责他“处置失当”，不久又有北洋政府的调查电话打来。上级的压力已让人有些喘不过气来，而那两名外籍教授又以“无理解聘教授”为由将北京大学告上法庭。事情闹大了，北京的媒体时刻关注此事件，相关评论文章刊登在报纸头版上。北京大学倍感压力，学校评议会召开紧急会议，讨论如何处理这场危机，不少评议员表示出妥协的态度，认为留下一个英国教授也无妨，教不好书就给他安排一份闲职算了。可蔡元培毫不示弱，坚决与这两名教授斗争到底，他请来著名的法律专家王宠惠作为学校的法律代理人，举出了北京大学解聘这两名外籍教授的种种原因和证据，最后法庭判决是校方胜诉，那两名外籍教授只好灰溜溜而去。
剔除了教师队伍中的腐败分子，势必要将健康血液带进来。蔡元培吸取西方的办学精髓，结合儒家经典《中庸》里的“万物并育而不相害，道并行而不相悖”的理念，提出了“兼容并包，学术自由”的思想，抛弃门户之见，不拘一格招揽天下人才，只要是具有真才实学，热心教学，具有研究学问的兴趣的学者，不论他的国籍、年龄、资格还是思想倾向，都想方设法请他来，为此留下了不少佳话。
第八节 走进北大校园的新文化领袖
北大改制之后，文科学长（相当于现在的文学院院长）的位置一直空缺着。当时正逢新文化运动在全国悄然兴起，蔡元培也认为，传统的老学究很难打开文化的新局面，势必要找一个中西贯通的学者来领导北大文科。
医专校长汤尔和就向蔡元培推荐陈独秀，陈是晚清秀才，又通晓英、法、日语，懂拉丁文及德语等多国语言，如今正在上海办《新青年》杂志，在新文化界很有影响力，而且他这几天就在北京出差。
蔡元培找来十几本《新青年》来读，对陈独秀的新锐思想十分欣赏，决定聘请他到北大来。其实，他们算是老相识了，当年在上海余庆里实验室里曾有过一面之缘，蔡元培还隐约记得他的样子。问清陈独秀的地址后，蔡元培第二天一大早亲自去旅馆拜访。与之寒暄几句后，蔡元培直接表明来意，想邀请他担任北大文科学长。
陈独秀有些吃惊，最终还是婉言拒绝了，他说要回上海办《新青年》。蔡元培并没有放弃，此后的几天，他天天光临陈独秀住的旅馆，有时去得早，碰上陈独秀他们还没起床，他就坐在门口的一张小板凳上耐心地等，还嘱咐茶房不要去叫唤，从不介意自己为此等了多久。陈独秀起床后见此，都不好意思了，要论年龄，蔡元培整整大陈独秀12岁，更别说他身为北大校长了。可这时的蔡元培早忘了老少尊卑的问题，脸上始终是和颜悦色的样子，言辞中毫无责怪之意。
经过多次磋商，蔡元培的诚意感动了陈独秀，他终于答应来北大就职。可是，学校里的周功成、梁启超等教授强烈反对聘请陈独秀进北大，他们认为陈独秀虽有才，但思想太过张扬，这种激进的人不适合在北京大学任教。他们还向蔡元培这样表达不满：“陈独秀只不过能写几篇文章而已，怎么有资格做文科学长呢？”
蔡元培却反驳道：“陈独秀出版了《字义类例》等书，他在训诂音韵方面造诣极深，怎么没有资格担任文科学长？”
蔡元培坚信自己的眼光，当即于1917年1月11日向教育部递交聘请陈独秀的申请，有几分一意孤行的态度。他心中非常清楚，中国文学应该摆脱学术领域单一的局面，与世界文化接轨，如今新文化风生水起，注定是未来中国文学的发展趋势，因此北大就应由陈独秀这样中西贯通的人来做带头人。在提交申请的过程中，问题又来了。陈独秀没有大学文凭，也没有执教经历，从未在教育部门担任过任何职位。按理来说，他连当教授的资格都不符合，何况是文科学长。于是蔡元培虚构了陈独秀的简历——“日本东京大学毕业，曾任芜湖安徽公学教务长、安徽高校等学校校长”，以免照实汇报简历得不到批准。
就这样，陈独秀和他的《新青年》杂志来到了北京，进驻北大。此消息一传开，当时的学术界、教育界为之震惊，当然也鼓舞了广大学生，一下子就拔高了北大的知名度和影响力。从此，陈独秀在蔡元培的支持下，将北京大学和《新青年》建设成了新文化运动的大本营，轰轰烈烈地发起了新文化运动，成就了“中国的文化复兴”。
陈独秀进北大不久，就向蔡元培引荐了胡适。当时的胡适还在美国哥伦比亚大学读书，频繁在《新青年》杂志上发表文章。看过胡适写的倡导白话文学的论文后，蔡元培决定让陈独秀给远在美国的胡适写信，转达他的意思，请胡适回北大任教。