这里所说的倭寇，并非汪直等被朝廷诬为倭寇的海商，而是真正以沿海打劫为业的日本浪人，以及与倭寇沆瀣一气的汉奸匪徒。早在明朝之初，就有倭寇滋扰我国沿海，到了嘉靖年间，倭寇势力达到顶峰，气焰嚣张空前，在我国沿海地区烧杀抢掠，无恶不作。
在中华民族抗击外寇侵略的历史上，广大徽商乃至诸多徽州子民，共同留下了一道光彩辉煌的印记。
日本自1333年镰仓幕府灭亡后，很多地方豪强拥兵自重，无论天皇还是幕府将军，都难以统治这些尾大不掉的土皇帝。到了1450年前后，室町幕府各派系与地方豪强之间的诸多矛盾全面爆发，终于导致的蔓延全境并持续百余年的“战国”乱世。到了明朝嘉靖年间，饱经动荡的日本已贫穷到了极点，各方诸侯统计本地区的“国内生产总值”，不得不由长期以来的“贯高制”（以货币计算），改为“石高制”（以粮食的石数计算，一石等于十斗）。如松永久秀、织田信长之流的军阀巨酋，他们最珍贵的宝物，也不过是宝刀、茶壶之类。而天皇和公卿，常常要以卖字、卖画为生，甚至想要作诗却买不起纸张。
人穷志短，一些日本人索性背井离乡，坐船来到中国和朝鲜等地，做起了“无本生意”。自古丰饶的江南地区，在倭人看来，不啻为流淌着牛奶与蜂蜜的人间乐土。而这些地区，也正是徽商分布最广的区域。倭寇仗着出身乱世，作战经验丰富而且机动性强，在东南沿海各省到处“毁民居，劫库藏”，很多徽商也深受其害。
歙县商人许谷，早年也曾像汪直一样从事出海商贸，但他的船帮并不具备汪直那样的武力，结果遇到倭国海盗，货物被洗劫一空。许谷侥幸不死，在万般无奈之下回到了歙县老家。
汪直死后，倭寇蜂起，甚至有大股流寇闯入安徽省。安徽各地纷纷修筑工事，许谷在这时拜见歙州的地方官，力主在歙县修筑城防，以求有备无患。针对家乡的城防，许谷一共提出了13条建议，但由于他仅仅是一介商人，人微言轻，这些建议大都未被官府采纳。
不久，倭寇果然进犯歙县地界。地方官要求当地百姓一把火烧掉家园，“坚壁清野”然后撤退，许谷和众多乡党拒不执行，并自告奋勇要求坚守城门。
这时，县令丢下了抗敌战败的官军，携其老母狼狈逃到城门口，喝令守城的许谷等人放他们进城。许谷愤然道：“此刻战事凶危，虽君命亦有所不受！”县令急得捶胸顿足：“我的老娘也跟着我一起逃难到这里啊！”许谷质问道：“大人您当初不肯修建护城的工事，直到倭寇来患，长期不修武备，事到现在，有多少乡民的老娘无处逃生？如果当初修筑好防御工事，足以御敌于乡土境外，大人您的高堂老母，一定是在家中高枕无忧！”县令闻言大为惭愧，表示官府会支持许谷等人自行修筑工事，许谷这才放县令母子进城。
许谷指挥乡民奋勇守城，倭寇屡攻不下，暂时退却。县令全权委任许谷主持修建城防工事，众多乡党特别是商户，纷纷捐资相助。不久，城防修筑完毕，严阵以待倭寇的反攻。倭寇面对如此坚固的城防无可奈何，最终也没能踏进歙州县城一步。
许谷的经历，充分显示出徽商面对倭寇之害的抗志不屈，面对家乡的灾难，甚至不惜与昏聩的官员发生冲突，完全将自身的安危置之度外。
与此同时，兵防同样很薄弱的休宁，也面临着空前浩劫。当地人准备扶老携幼逃到深山避难。休宁巨商程锁坚决反对道：“躲避不是好办法，一旦倭寇占领徽州全境，我们躲到哪里能安全？”他主张坚决抵抗，众乡党纷纷支持。于是，程锁和地方乡绅根据当地地形，布置乡间的青壮年在要塞之地设立工事，进行严阵以待的防守。倭寇面对如此坚固的防守，毫无办法，只好灰溜溜地离开。
面对倭寇之患，徽州人不但保住了自己的家乡，而且还有很多人弃贾从戎，奋勇驰骋于抗倭的前线。
休宁商人程良锡曾经商有成，平日喜爱舞枪弄棒。倭患最烈期间，他毅然弃商从军。有一次，他带着一队官军，在吴淞地区的城门下与一大股倭寇相遇，程良锡临危不惧，果断指挥众军卒用弓箭向倭寇发射，力毙倭寇17人。倭寇毫不退却，眼看就冲到近前。程良锡拔出佩剑大吼一声，率领众官兵冲向倭寇，双方展开了白刃战。最终，倭寇力敌不住，在死伤多人后退却，城中之围遂解。
后来，程良锡调任到总兵俞大猷的麾下。有一次，倭寇来袭，程良锡身先士卒率领军兵迎击。战斗中，他亲手斩杀了三名倭国悍匪，自己也身受重伤，但依然奋勇抗战。这一战，程良锡将长期横行一方的倭寇全军击溃。此后，程良锡相继转战于浙江、福建等抗倭前线，他不但作战英勇，而且对手下的士兵十分关怀，在军中备受拥戴。
此外，还有成千上万的徽州商人，以各种方式参加抗倭斗争，各尽所能，甚至壮烈地为国捐躯。虽然，史册中没有留下他们的姓名……