到上海后，陈独秀临时住在酱园彭礼合家中。不久，搬到浙江北路一个小弄里。
1927年9月下旬，瞿秋白、杨之华以及郑超麟等人乘日军舰去上海。到上海后，瞿秋白、李维汉去酱园弄礼合家中看陈独秀。中央决定重新办一个机关刊物《布尔塞维克》，请陈独秀在“寸铁”栏写短评。陈独秀隐蔽在家，闷得慌，每天翻看报纸，找些写文的话引子。他为自己取了一个笔名“撒翁”，表示撒手不做中共领导了。
深秋的一天，中央派人找陈独秀谈话，劝他和谭平山去苏联，参加讨论中国革命问题。陈独秀表示，中国人的问题是中国人了解，我是中国人，我要研究中国的问题，为什么不能在中国研究而要到莫斯科去研究？这是排挤我这个老头子，党要牺牲我们两个人，一个是我陈独秀，一个是谭平山。因为我们两人年龄大些。
见陈独秀不去莫斯科，李立三请黄玠然多找陈独秀谈谈。黄玠然问陈独秀：“你为什么不去？到苏联研究中国问题比在上海好。”陈独秀敷衍说：“有什么研究哇？又没有中国的材料。”第二天，黄玠然把陈独秀的话告诉了中央，瞿秋白回答：你告诉他，他要研究什么，我们给他送材料，要什么书，我们帮他送什么书。黄玠然把中央的话转告给陈独秀，陈仍然不同意，说：这样费事，不如在中国研究。黄玠然生气了。在台上是家长制，现在下台了，还是自以为是，于是说：一个党员要不要服从党？陈独秀很不高兴，半天没有吭声。黄玠然知道陈独秀生气了，见没有办法再谈下去，只好不谈。
隔了几日，黄玠然又提到去莫斯科的事。陈独秀怀疑有人指使黄玠然，对黄玠然的问话不理不睬，或者硬邦邦一句顶回去。黄玠然想，我们两个人一天到晚在一起，又没有其他工作好做，又没有其他问题研究，你这么严肃干什么。黄玠然不想干了，他对陈独秀说，我还是做点工作。不久，黄玠然调到党报，和郑超麟一起编辑《布尔塞维克》。
11月12日，陈独秀针对刚结束的中央政治局扩大会议，给中共中央写信，主张以经济斗争来代替以暴动夺取政权的幻想。提出农民运动应提不收租、不负粮、不纳税、不退债，“四不”口号。他写道：
国民党虽然不能长久统治巩固，而眼前尚不至崩溃，因此，我们以群众力量扫荡他们夺取政权的时机尚未到。在实际行动上若取时机过早的政策，更是错误。
此时尤不可存“以暴动取得政权”的幻想。前在汉口，我对于湘鄂运动，也把这样的意见告诉过亦农。若飞对于江苏运动，偏重在夺取城市的政权（有些似毛润之的意见），他且幻想会占得沪宁。我当时曾表示不赞成。略说了几句，他似乎还不大以我的意见为然。这如果是他自己的意见，望常委急需纠正！如是常委的意见，我提议要切实讨论估计，万万不可随便做政治的暴动，尤其是上海。我见到于革命于党有危险的，我不得不说，我不能顾忌你们说我是机会主义者。
等了很长时间，中央没有给陈独秀回信。12月中旬的一天，陈独秀收到中共中央的回信，同意他提出“四不”口号，但不同意他对形势的分析，驳斥他反对工农武装暴动以夺取政权的观点。陈独秀接到中央来信，连夜给中央回信，赞成张太雷、叶挺、叶剑英等领导广州暴动，并对如何进行广州暴动，提出五点建议。
几天后，广州暴动失败，张太雷牺牲，尽管陈独秀建议已过时，中央还是给他回了信。陈独秀反对李立三、瞿秋白盲动的错误，增加了自己和中央的矛盾。