代表不满选举结果，国民党“二大”一结束，张国焘无心在广州久留，匆匆离开广州，回到上海。
一回到上海，张国焘急忙去环龙路铭德里二号，准备向陈独秀汇报大会情况，结果发现陈家大门上了锁。连问了几个邻居，都说已有几日没有看到陈先生了。张国焘去中央秘书处碰到了秘书任作民。任作民说，陈先生说要有几天不来办公。
过了几天，还是不见陈独秀。“老头子如果要做官，可以做很大的官，想不到今天落得这样下场。”张国焘的声音有些呜咽了。张作霖与吴佩孚打败冯玉祥部后，准备直接向广东革命根据地发动进攻，并挑拨国共两党关系。上海反动势力也十分嚣张，12月中旬杀害上海总工会代委员长刘华，并全力搜索中共中央机关。国际来电主张中央迁移。张国焘怀疑他们将老头子秘密处死了。
任作民去亚东图书馆问汪孟邹，汪孟邹说：朱蕴山、薛卓汉从广州来，仲甫还来坐了一会。这一段仲甫情绪不好。前一阵子，仲甫和太太闹得很凶，已提出离婚，我劝了几回，才答应不离，陈太太已和两个孩子回南京过去了。
任作民问陈独秀是不是和高君曼一同去了南京？汪孟邹说，我看不会，他们闹得很凶，上次汇二百五十元到南京，都叫我帮他汇。高君曼拿报上别人骂他的话骂陈独秀，仲甫很生气，两人感情怕真是没有了。
从亚东图书馆回来，任作民和蔡和森、瞿秋白、彭述之等人商量，此事非同小可，也有可能是国民党右派分子陷害。大家决定，请任作民在《民国日报》刊出“寻人启示”。
因为陈独秀失踪，中央决定2月21日在北京召开特别会议。李大钊、陈延年、任弼时、瞿秋白、谭平山、任弼时等人出席。任弼时当时已买好船票，准备离沪回家过年，这时接到要他去北京开会的通知。陈延年在广州也感到蹊跷：怎么近来不见老头子写文章了？
1926年2月21日至24日，中共中央在北京召开特别会议。陈延年、任弼时、瞿秋白、谭平山、李大钊等十二位代表出席会议。因为陈独秀没有参加，所以叫“特别”会议。
周恩来没有出席北京的会议，他仍留在广州工作。1943年春，周恩来写文章，谈到陈延年去北京开紧急会议的事：“正在这时，陈独秀因病躺起来，总书记“失踪”，中央无主，陈延年同志又到上海去开紧急会议。”
北京特别会议议事十一项，确定了党下一步的主要任务是从各方面准备和推动广东国民政府出师北伐。会议决定成立中央军委，以便加强党的军事工作，特别强调加强北方的军事工作，帮助国民军使之成为民众抵抗帝国主义与反动军阀的武装力量。对此，延年十分赞同。不久前，在陈延年、周恩来努力下，经邓演达支持，蒋介石已同意在黄埔军官学校设立政治科。关于农民问题，会议认为只有发展农民运动和巩固工农联盟，才能使国民革命达到最后的胜利。
这次到北京开会，延年特别高兴的是又见到了弟弟乔年，兄弟两人有半年没有见面了。乔年到北京后，任北京地委组织部长，直接协助李大钊、赵世炎工作。在中共北京地委领导人之中，乔年是最年轻的一个。赵世炎仅比乔年长一岁，任北京地委书记。
陈延年回广东路经上海时，照例住到郑超麟家。晚上闲谈时，郑超麟问到乔年。谈起弟弟，延年说：“乔年在恋爱问题上做得不对，影响不好。”原来，湖北人史静仪和彭述之夫人陈碧兰是最先到苏俄学习的女共产党员。到苏联前，史静仪和刘仁静建立了恋爱关系。去年史静仪从苏联回国后，被党组织分配到北方区委工作。这正符合史静仪的意愿，因为她爱上了陈乔年，不愿意到上海和刘仁静在一起工作。当时，刘仁静在上海共青团中央负责编辑《中国青年》杂志。郑超麟听了，笑着说：“你们兄弟两人在恋爱问题上，完全是两种人。”那意思是，陈乔年太超前，陈延年太古板，到现在还不谈恋爱。
本来，北京特别会议要讨论陈独秀突然失踪问题，好在会议开始后，即收到陈独秀由上海来电，说：“已经能扶病视事。”陈独秀失踪之谜才算解开，大家松了一口气。
原来，高君曼去南京后，陈独秀得了伤寒住进医院。这次生病，精神低沉的陈独秀因祸得福，与一个安徽籍贯的女医生日日见面，产生了感情，度过了一段愉快的时光。女医生叫施芝英，生于1901年，这年二十六岁，比陈独秀小二十岁，安徽泗州双沟下草湾人，但没有什么文化。陈独秀不愿意将此事公开出来，便告诉任作民一句含含糊糊的话，说是近几天不到办公处来。好日子过得快，他不知道张国焘已经回到上海，并到处找他。因为有一个自己喜欢的年轻女人成天陪伴着，陈独秀把别的事忘了。
任作民在《民国日报》刊登“寻人启示”后，陈独秀知道不妙，赶紧露面。任作民见陈独秀来了，大大松了一口气，陈独秀拿了几样文件和书信，用纸包起来夹在胳膊下面，临走将自己的新地址告诉了任作民。当时奉系与吴佩孚联合攻打冯玉祥，冯拟电下野，以张之江代冯。肖淑宇等人在报纸上发表文章，造谣说陈独秀去武汉勾结吴佩孚。陈独秀一见大为恼火，赶紧写了文章辟谣。
施芝英和陈独秀的关系短暂，但陈独秀给施芝英的印象很深刻。施芝英晚年仍常常情不自禁地同别人提起她的“老陈”，说那时她和陈独秀一起生活，躲躲藏藏，做地下工作，并说老陈待她最好。
瞿秋白等人2月底从北京回到上海，向陈独秀汇报北京特别会议情况。2月会议还提出将党中央迁出上海，但往哪里迁，意见不一致，多数人主张迁往北京，也有人主张移往广州。最后决定议而不决，请陈独秀最后确定。陈独秀听了汇报，不同意迁，因为上海是无产阶级集中的地区，通信联络设备也占优势。
不久，北京发生了三一八惨案，广州发生了三·二〇事件，证明了陈独秀将中央局留在上海是对的。