牙石是黏附于牙齿或义齿表面的钙化团块。它是由菌斑逐渐矿化形成的。根据附着的部位不同，可以分为龈上牙石和龈下牙石。龈上牙石位于龈缘的牙冠一方，在牙面上可以直接看到，通常为黄白色，但它容易被烟草（吸烟）、饮料、食物、药物染色而变为黄褐色，它有一定的硬度，形成较快，也容易被器械从牙面上去除。口腔卫生不良者牙石较多。龈下牙石位于龈缘下的龈沟或牙周袋内，肉眼不能直接看到，必须使用口腔检查用的探针深入龈缘下，才能确定其位置和大小。龈下牙石质地坚硬致密，牢固地附着于牙面，较难去除。由于龈沟和牙周袋内常有血渍渗出，龈下牙石颜色多为棕色或黑色，它形成的速度较慢。
牙石是菌斑逐渐矿化的结果。由于矿盐的沉积，柔软的菌斑逐渐变硬。菌斑形成4～8小时，矿化即已开始，到12小时时菌斑已矿化60%～90%，在菌斑矿化的表面又逐渐形成新的菌斑，新的矿化再度开始，如此一来，菌斑的形成与矿化持续不断进行下去，牙石的体积就不断增加。不过，由于唾液的冲洗，咀嚼活动及各种因素的影响，牙石的体积不会无限制的增大。
牙石的表面总是覆盖着一层菌斑，故很难将牙石与菌斑在引起炎症方面的作用区分开来。龈上牙石的直接机械刺激作用可能造成龈炎，但牙石的表面总是覆盖着菌斑，菌斑也会使牙龈发生炎症，并使炎症持续加重。由于牙面是菌斑停留的最好部位，故要去除菌斑，必须去除牙石。龈下牙石是牙周袋内的产物，它继发于牙周袋形成之后，同时也是牙周袋持续存在的原因之一。龈下牙石的机械刺激会使牙周袋内壁发生溃疡，并使其不易愈合，使牙龈出血和牙周感染加重。
无论是龈上牙石还是龈下牙石，它们都是牙周病持续和发展的重要原因。由此可见，在牙周病的治疗中去除牙石是多么重要。
软垢又称为白色软垢，是附着于牙面的柔软垢状物，其颜色为黄白或灰白，黏着力弱，易被去除，用水流冲洗或用力漱口即可去除。对于软垢，过去人们认为是食物残屑堆积所致，但近来研究发现在清洗过的牙齿上，数小时后即出现软垢，而在此期间受试者并未进食任何食物。对软垢进行的系列研究表明，这是一种无结构的疏松混合物，其组成与菌斑相似，但不同于食物残屑，不具有菌斑的构造，细菌杂乱生长在其中，软垢中还混有脱落的上皮细胞、红细胞、白细胞、唾液蛋白和脂类物质，而食物残屑非常少。
软垢中有大量的细菌生长以及脱落坏死细胞所形成的有害物质，它长期停留于牙颈部，对牙周组织的健康是不利的。