李世民即位后，长孙王妃也随即被立为母仪天下的长孙皇后，作了至高无上的皇后，长孙氏并不因之而骄矜自傲，她一如既往地保持着贤良恭俭的美德。对于年老赋闲的太上皇李渊，她十分恭敬而细致地侍奉，每日早晚必去请安，时时提醒太上皇身旁的宫女怎样调节他的生活起居，像一个普通的儿媳那样力尽孝道。对后宫的妃嫔，长孙皇后也非常宽容和顺，她并不一心争得专宠，反而常规劝李世民要公平地对待每一位妃嫔，正因如此，李世民的后宫很少出现争风吃醋的事，这在历代都是极少有的。
长孙皇后只凭着自己的端庄品性，就无言地影响和感化了整个后宫的气氛，使李世民不受后宫是非的干扰，能专心致志料理军国大事，难怪李世民对她十分敬服。虽然长孙皇后出身显贵之家，如今又富拥天下，但她却一直遵奉节俭简朴的生活方式，衣服用品都不讲求豪奢华美，饮食宴庆也从不铺张，因而也带动了后宫之中的朴实风尚，恰好为李世民励精图治的治国政策的施行做出了榜样。
因为长孙皇后的所作所为端直有道，李世民也就对她十分器重，回到后宫，常与她谈起一些军国大事及赏罚细节。长孙皇后虽然是一个很有见地的女人，但她不愿以自己特殊的身份干预国家大事，她有自己的一套处事原则，认为男女有别，应各司其职，因而她说：“母鸡司晨，终非正道，妇人预闻政事，亦为不祥。”李世民却坚持要听她的看法，长孙皇后拗不过，说出了自己经过深思熟虑而得出的见解：“居安思危，任贤纳谏而已，其他妾就不了解了。”她提出的是原则，而不愿用细枝末节的建议来束缚丈夫，她十分相信李世民手下那批谋臣贤士的能力。
长孙皇后不但气度宽宏，而且还有过人的机智。一次，李世民回宫见到了长孙皇后，犹自义愤填膺地说：“一定要杀掉魏征这个老顽固，才能泄我心头之恨！”长孙皇后柔声问明了原由，也不说什么，只悄悄地回到内室穿戴上礼服，然后面容庄重地来到李世民面前，叩首即拜，口中直称：“恭祝陛下！”她这一举措弄得李世民满头雾水，不知她葫芦里卖的什么药，因而吃惊地问：“什么事这样慎重？”长孙皇后一本正经地回答：“臣妾听说只有明主才会有直臣，魏征是个典型的直臣，由此可见陛下是个明君，故臣妾要来恭祝陛下。”李世民听了心中一怔，觉得皇后说的甚是在理，于是满天阴云随之而消，魏征也就得以保住了他的地位和性命。
长孙皇后的政治见解和才干，对李世民产生了很重要的影响。长孙皇后在世时，李世民经常与她讨论国家大事，听取她对一些大问题的意见。贞观初年，李世民能够虚怀纳谏，与长孙皇后的协助是分不开的。每当李世民任情使性不能虚心听谏时，长孙皇后便通过各种方式进行规劝，使李世民能够继续保持虚怀纳谏的好作风。由于长孙皇后知书善文，熟读经史，因此她也常常引用一些历史典故来对李世民进行劝谏。
长孙皇后最突出的政治见解是防范外戚专权。她的哥哥长孙无忌是李世民的佐命元勋，李世民对他信任备至，委以宰相之职。对此，长孙皇后一再以汉朝诸吕与霍氏等外戚专权乱政的历史事实提醒李世民，要求降低长孙无忌的官位。她还让哥哥亲自向李世民要求降职，一直到临终前，长孙皇后还告诫李世民注意防止出现外戚专权的现象。
在中国古代历史上，后妃得宠时，依凭裙带之风加重本家族父兄的权势是不乏其例的，而长孙皇后则力避裙带之嫌，把外戚专权乱政导致身败名裂的历史教训作为切骨之诫，是不失为远见卓识的。贞观时期没有出现外戚干政的局面，与长孙皇后有着很重要的关系。
公元634年，长孙皇后随李世民巡幸九成宫，回来路上受了风寒，又引动了旧日痼疾，病情日渐加重。太子李承乾请求以大赦囚徒并将他们送入道观来为母后祈福祛疾，群臣感念皇后盛德都随声附和，就连耿直的魏征也没有提出异议；但长孙皇后自己坚决反对，她说：“死生有命，富贵在天，非人力所能左右。若修福可以延寿，吾向来不做恶事；若行善无效，那么求福何用？赦免囚徒是国家大事，道观也是清静之地，不必因为我而搅扰，何必因我一妇人，而乱天下之法度！”她深明大义，终生不为自己而影响国事，众人听了都感动得落下了眼泪。李世民也只好依照她的意思而作罢。
长孙皇后的病拖了两年时间，终于在公元636年夏天逝于立政殿，享年仅36岁。弥留之际尚殷殷嘱咐李世民善待贤臣，不要让外戚位居显要；并请求死后薄葬，一切从简。
李世民并没有完全遵照长孙皇后的意思办理后事，他下令建筑了昭陵，气势十分雄伟宏大，并在墓园中特意修了一座楼台，以便皇后的英魂随时凭高远眺，这位圣明的皇帝想以这种方式来表达自己对贤妻的敬慕和怀念。
长孙皇后以她的贤淑的品性和无私的行为，不仅赢得了李世民及宫内外知情人士的敬仰，而且为后世树立了贤妻良后的典范，到了高宗时，尊称她为“文心顺圣皇后。”
在李世民的晚年，对他影响较大的是贤妃徐惠。徐惠十分聪明，博览群书，能诗会画，是当时着名的才女，还未成年就有了很大的名气。
徐惠入宫以后，虽然位列妃嫔，但对国家大事也是十分关心，经常和李世民谈论国家大事，议论朝政，并提出自己的一些见解和看法。李世民喜欢她知书善文，纵论古今的才华，把她看作是长孙皇后一样的人物，对她的见解也颇多接受。贞观后期，由于李世民频繁的发动战争，徭役和兵役的征发空前严重，造成了社会矛盾的激化。因此公元648年，徐惠向李世民上疏，进行劝谏。这篇奏章结构严谨，声情并茂，论据充实，真切感人，深受李世民的赞赏。
李世民死后，徐惠十分忧伤，不吃不喝，24岁就死了。由于她写过桂花颂歌，并为老百姓做过好事，人们尊她为桂花神。
承乾谋反改易太子
李世民是唐初一代名君，具有“洞察秋毫，审时度势”的超凡能力，但他“聪明一世，懵懂一时”，在立皇储的问题上出现了失误。
李世民即位后，立八岁的长子李承乾为皇太子。李承乾年轻时非常聪敏，很受李世民喜爱，李世民每次外出巡视，也让他留守长安，代行处理国政。不料，随着时光的流逝，李承乾逐渐变坏了，他习性散慢，生活奢侈，嬉戏无度。李世民对他越来越不满。
当时东宫太子府中有个14岁的女乐手，名叫尹伊，弹得一手好琵琶，长得也十分美丽，还能歌善舞。李承乾对她十分宠爱，给她起个绰号叫“称心”，每天都和她厮混在一起，简直寸步不离。李世民知道这件事后非常生气，派人把尹伊杀了，和尹伊有牵连的几个人也都被处死。李承乾对尹伊痛悼不已，便把尹伊埋在宫中，立坟头，树石碑，命宫人每天早晚祭奠，他自己也常来到这里祭唁，太子为了尹伊之死而对父亲心生怨恨，所以长时间不上朝参拜李世民。
李承乾从此也无心学习朝政，整天沉浸在歌舞酒宴中。对于李承乾的日渐堕落，李世民很着急，为了加强对太子的教育，他选派了许多有学问的人做太子的老师。右庶子李百药是太子比较早的老师，他针对李承乾留心典籍和爱好嬉戏的特点，写了一篇《赞道赋》的文章，以古来储君成败的事迹对李承乾进行讽谏。由于李承乾毫不觉悟，两年后李百药不得不辞职。
李世民又选中书郎杜正伦当太子的老师。当时李承乾正犯脚病，不能上朝。李世民特意嘱咐杜正伦说：“太子有病不来上朝不算大事，可他不爱惜贤才却令人担忧。如果太子不听教导，可来告我。”李承乾果然不听杜正伦教诲。为了给太子施加压力，杜正伦便用李世民的话吓唬他。谁知李承乾上表李世民，反告了杜正伦一状，词语中还连带了李世民本人。一天，李世民责备杜正伦说：“你怎么能在太子面前泄露我的话呢？”就这样，杜正伦也没有成功。
此后，光禄大夫张玄素又当了太子的老师。鉴于李承乾久居皇宫，荒废学业，张玄素便引古人“勿以小恶而不去，勿以小善而不为”的话规劝他。不料李承乾极为反感，甚至派遣自己的胡奴，在更深人静的时候去打张玄素，使张玄素险些丧命。于是，张玄素也不得不辞职而去。
在这以后，李世民又以散骑常侍于志宁为太子老师。一个夏天农民大忙的时节，李承乾不顾农时，征调大批工匠官奴在东宫营造亭台，数月不停。于志宁对此劝谏说：“东宫是隋朝修建的，当时的人就以为很奢侈华丽的，怎么你还在里面营造亭台呢？费那么多财帛，用那么多人力，这会败坏皇家的道德，引来人们的非议。”李承乾对这些话根本听不进去，还秘密地派遣刺客张师政、纥干承基偷偷来到于志宁的住处。他们看见于志宁住在茅草房中，生活很清苦，和李承乾居住的东宫相比，简直有天地之别，就没有忍心动手。于志宁对太子的教育也失败了。
李承乾沿着邪路越走越远，他不仅亲小人，远贤才，喜嬉戏，爱美色，求奢侈，厌政务，而且，对严厉管教他的李世民也逐渐产生了忌恨。李承乾制定了暗杀和政变的两套计划，想除掉李世民。他先派遣刺客纥干承基前往谋杀，没有成功，于是，决定发动宫廷政变，逼迫李世民退位。参加李承乾政变密谋的心腹人物，主要是汉王李元昌（即李世民的弟弟）、吏部尚书侯君集、左屯卫中郎将李安俨、洋州（今陕西西乡）刺使赵节、驸马都尉杜荷。李元昌、侯君集受过李世民的指责，心怀怨恨，所以，与李承乾一拍即合，极力主张谋反。其他几个人也都参与了阴谋勾当。
一天，这些人来到东宫李承乾寝室，用刀子割破手臂，再用帛蘸上血，然后把血帛烧成灰，放到酒中喝下去。他们立誓同生死，准备发兵冲入西宫李世民的住处。但是，他们的阴谋还没有来得及实现，贞观十七年二月，齐王李示右就在齐州（今山东济南）发动了叛乱。李承乾得到了这个消息，曾喜形于色地对纥干承基说：“我的住处西墙外，二十几步就是大内，我们谋反，不是比齐王更容易吗？”不料，齐王的叛乱很快被平定，太子李承乾的阴谋也彻底暴露了。李世民把李承乾及党羽一网打尽，并命长孙无忌、房玄龄、萧禹、李绩、孙伏加、岑文本、马周、褚遂良等大臣共同审理。李承乾一一招供。于是，太宗决定废除李承乾的太子，发配到黔州（今贵州彭水），李元昌赐令自尽，侯君集等人全部斩首。
李承乾被废了，谁继位东宫当太子呢？李世民想到了魏王李泰。李泰是李世民的第四子、李承乾的胞弟。年幼时也非常聪明，特别喜欢诗文，长大以后，对经籍、地理之学尤有兴趣。李世民对李承乾逐渐疏远时，就开始有意识培养李泰。公元636年2月，李世民借口李泰喜欢文学，对士大夫非常讲究礼节，便命在魏王府建置文学馆，听任李泰自由地选择学士。李世民这样做，显然是为李泰当太子创造条件。李泰手下的人心领神会，他们出谋划策，让李泰奏请撰着《括地志》一书。李世民大力支持，拨了许多经费，给撰写的人优厚的待遇。《括地志》一书最后编成，李泰在朝廷中获得了好名。不仅如此，李世民对李泰的赏赐也越来越多，到公元642年2月，对李泰每月的赏赐已经超过了当时还是太子的李承乾。