农民起义之初利用宗教进行宣传与组织工作，这样的事，历代有之。太平天国始终奉行上帝教，竟然建立了一个政教合一的政权。随着形势的发展，太平天国不仅不对宗教加以淡化，而且更加强化，一直以教代政，直至覆亡。政府的政策需要根据客观情况，随时加以修改；宗教的教义一旦形成，就基本上不变了。太平天国以不变的教义去代替必须随时修改的政策，这就容易产生矛盾，造成冲突，影响社会安定。政府管理老百姓，对政治上的规定可以强制执行，对宗教就只能是自愿信奉，不能加以强迫。太平天国就做了不少强迫群众信教的蠢事，自惹麻烦，造成了人为的“不太平”。例如在安庆就发生过强迫群众进教堂而引起集体反抗的事件。
太平军从广西进入湘南进行大扩军的时候，就应该强调民族大义，而淡化宗教。在顺江而下，占领南京的时候，又是一次淡化宗教的好机会，不应该把产生于广西腹地的巫术（“天父下凡”、“天兄下凡”实际上是一称为“降童”的巫术）强加于文化相对发达的江南地区。应该根据新的环境，新的形势，迅速布告安民，让“士农工商，各安生业”，这是使得社会稳定的当务之急。对社会的种种改革，必须有良好的社会秩序才能进行。但是他们不此之图，而是立刻打乱原有的社会秩序，要全城的老百姓男归男馆，女归女馆，一律吃大锅饭，使得士农工商，统统不能“各安生业”。他们还把江南老百姓完全陌生的上帝教强加给他们。老百姓的反应如何？请看杨秀清自己所说的话：
在尔民人，以为荡我家资，离我骨肉，财物为之一空，妻孥忽然尽散，嗟怨之声，至今未息。
作为太平天国首都的南京，当时是江南第一大城市，人口有好几十万。但是在做了首都11年之后，到了太平天国覆亡之时，城里的老百姓只剩下一万多人。（《李鸿裔手录李秀成答词》：“城破时，城中不过三万人，除居民之外，贼兵不过万余人，能守城者不过三四千人。”）那么多的老百姓哪里去了？一言以蔽之，非死即逃。也就是说，他们的生活从来没有安定过。
在天京内讧的半年前，传教士丁韪良（W。A。P。M artin）对太平天国政教合一的情况发表评论说：
基督教（应为上帝教）在此党之组织中根深蒂固，支配其整个机构，如其一旦废弃之，全局必将瓦解。其领袖号称天王为全国君主，实基于天父亲命，兼对人民公布其最伟大的胜利，皆由耶稣（指天兄）之援助而得。而且东王亦僭称因得圣灵之灵感而主持国是。是故他们断不能中道取消这些称号，而不致丧失全军对他们像半偶像的尊敬。他们断不能放弃基督教而不至于尽反起义以来所有的文告及废除其整个的政治系统也。
洪秀全、杨秀清等人从信奉上帝教得到了实惠，自然不愿放弃。但是半年之后，天京内讧爆发，天父天兄的神话破产，在太平天国军民中掀起了一场对上帝教的信仰危机（“天父杀天兄，江山打不通”这样的民谣就足够说明问题）。这时候又是一个淡化宗教的好机会，既然大家已经不相信了，何必还死抱住不放呢！但是洪秀全从欺人发展到自欺，迷信更深，完全以教代政，国政由他一个人主持，遇到疑难问题又由他在梦中向天父请示（真是做梦），在请示之后向臣下发指示的时候，又说些不明不白的“天话”，要人家半听半猜，这真是以国事为儿戏。太平天国晚期，洪秀全迷信宗教到了神志不清的程度。正如罗尔纲先生在《太平天国史·上帝教志》中所说：
他这一个宗教，一旦脱离群众，为个人争夺服务，尤其是把从前宣传的“上帝天下凡间大共之父”变成为保佑他一家父子江山万年之神的时候，那就不仅是成为荒诞的东西，而且变成为一条在脖子上的绳子，把自己越缚越紧，以至于身死国亡。
太平天国这样情况，可以说是农民起义利用宗教作为斗争武器必然导致的恶果的最明确最生动的说明。
洪秀全这个落第秀才知识有限，他不了解作为一个民族，必须包含两个条件，一曰有共同的血缘关系，二曰有共同的文化传统。就汉族而言，恐怕共同的文化传统比共同的血缘关系更为重要。洪秀全的反抗清廷，自以为抓住“民族大义”这一条理由就足够了，完全忽略了文化传统这个条件。为了强迫群众信奉上帝教，太平天国依靠政治力量极力排斥异教。太平军所到之处，不仅尽量铲除佛、道两教，连儒家学说也在铲除之列。正如罗尔纲先生在《太平天国史·上帝教志》中所说：
孔子重人道，远鬼神，持无神论的观点，对上帝教崇拜独一真神上帝的信仰是抵触的，所以天王洪秀全极力反孔，当癸好三年（1853）建都天京之初，就掀起一场群众性的反孔大运动，捣毁孔庙，焚烧儒家书，出布告凡读孔、孟及诸子百家书者立斩。
这就引起了老百姓极大的反感。后来杨秀清假托天父下凡，加以纠正，说是“孔、孟之书不必废，其中有合于天情道理者亦多”，做了一点补救工作。但是太平天国极力反孔的印象已经深入人心，要想扭转这种印象实在太难。从元末农民起义开始，直到辛亥革命之初，500多年来，一切志士仁人，正直的知识分子，农民起义军都喊出了“驱除鞑虏、恢复中华”这样的政治口号。也就是说，要把蒙古贵族与满洲贵族的统治者赶出去，恢复中华文化。太平天国在《奉天讨胡檄》中所说的“我天王肃将天威，创建义旗，扫除妖孽，廓清华夏“与“驱除鞑虏”的精神”是一致的。但是如何“恢复中华（文化）”呢？太平天国不仅没有为此作出努力，甚至反其道而行之，（禁）毁孔、孟与诸子百家之书，阅者立斩。这些行动与秦始皇如出一辙。这不仅没有恢复中华（文化），而是要铲除中华文化了。孔子作为“大成至圣先师”，连元朝统治者和清朝统治者都是接受了的（姑无论接受的程度如何），太平天国却要加以否定，那还谈什么民族大义。秦始皇是在吞并六国之后才开始焚书坑儒的，洪秀全却在“鞑虏”尚未“驱除”之前就先动手焚书坑儒，这不是给自己制造障碍又是什么！6 00年前朱元璋时代的起义军就已经提出了“驱除鞑虏，恢复中华”的口号，百余年前的洪秀全不去全力驱除鞑虏，却出大力气去铲除中华文化，这不是开历史的倒车么！他这种打倒一切的做法是出于一种狂妄自大的变态心理。孔子所推崇的周文王（姬昌）、周武王（姬发），洪秀全下诏改称为周文狂、周武狂，把“王”加上狗旁，不许古人称帝称王，实在可笑。文王、武王并不“狂”，洪秀全确实太“狂”。结果给自己的对立面（曾国藩等人）提供了炮弹，湘军是打了“保卫中华文化”的招牌而起兵的。曾国藩在《讨粤匪檄》中说：
士不能诵孔子之经，而别有所谓耶稣之说、新约之书。举中国数千年礼义、人伦、诗书、典则，一旦扫地荡尽。此岂独我大清之变，乃开辟以来名教之奇变。我孔子、孟子之所痛哭于九泉。凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思一为之所也？
洪秀全既以“民族大义”相号召，又时时刻刻与这个民族的灵魂——历史悠久的中华文化——过不去，这怎么能做到长保“太平”？