继维新变法失败之后，在中国又出现了“山雨欲来风满楼”的局面，不久就产生了震撼世界的义和团运动。
对义和团是抚还是剿，慈禧犹豫不定，群臣也众说纷纭，莫衷一是。而荣禄善观颜色，并作了周密的思考，他表面上反对招抚义和团，而暗中却支持纵容义和团来对付洋人。
恰在慈禧犹豫不决时，载漪抓住了西太后内心活动的症结，唆使人伪造了一个“清太后归政，废大阿哥”等为内容的“外交团照会”。这个照会是通过荣禄传到西太后手中的。而荣禄收到这一密（禀）后，没有经过一番研究和推敲，也没有与当时熟悉外情的许景澄、袁昶等人详密商量，确定其消息来源是否可靠，就火速禀报了太后。这样，西太后大发雷霆，决意向洋人宣战。
这次战争除天津方面的战斗外，在北京，主要是清军与义和团共同包围攻打使馆。攻打使馆的主要是两支部队，一支是荣禄统辖下的董福祥的甘军，另一支是荣禄直接指挥的武卫中军。这两支很有战斗力的部队猛烈地进攻了使馆，但是进攻的对象也是有所选择的。
义和团和荣禄、董福祥的军队攻了十几天后，并无进展，于是又把武卫军的炮队调去助攻，大炮架设在城墙上，距使馆咫尺之地。只要大炮一发，使馆将夷为平地。但炮队的统领张怀芝却想到了后果，立即找荣禄说：“现在不怕使馆攻不下，就怕攻下后引起麻烦。到时候，我将成为罪魁祸首了。请中堂大人发一道手令，我好遵照办事。”荣禄稳坐在他的虎皮交椅上，半闭着眼睛，一言不发。张怀芝又说：“中堂大人不说话，我是不会走的。”荣禄无奈，才慢吞吞地说：“横竖大炮一响，宫里总是听得见的。”张怀芝恍然大悟，就命令炮队向使馆后的空地上射击。一天一夜，炮声不绝，耗费了弹药无数，使馆却未损分毫。
慈禧等人在大敌当前、困难深重之际仍然致力于清算戊戌变法，孤立乃至废掉光绪，接连下令杀害曾支持戊戌变法和光绪帝的官员。荣禄对慈禧的举动有点担心，在杀五大臣时，荣禄曾对慈禧委婉地说：“祖宗时不轻易杀戮大臣，臣诚请太后三思而行。”但荣禄的委婉规劝丝毫无效，反遭到慈禧的一顿怒斥。只是在杀大学士王文韶时，荣禄又出面劝解，以“文韶忠谨，历事多，人言不足信”为由，王文韶方才获免。
听说八国联军打到北京了，慈禧惊惶失措，同荣禄策划，准备西逃。荣禄建议道：“应当首先给使馆一封书信，请求停战、议和，我想，他们是会同意的。”慈禧听后似感到绝处逢生，连连点头，但又担心光绪会落到洋人手中，所以还是决定西逃。
慈禧西逃后，荣禄充任留京办事大臣。不久，慈禧又命荣禄为全权大臣，与洋人议和，但洋人不允。荣禄在义和团运动期间，曾以武卫中军攻打使馆，而董福祥又是荣禄的部下。洋人杀祸首，荣禄自然在名单之中。荣禄于是求救于李鸿章。李鸿章与荣禄交情甚笃，又经常与洋人打交道，经他出面求情，荣禄才得以脱身事外。
慈禧逃到西安后，成立了督办政务处。不久，荣禄赴西安，成了督办政务处的要员，管理户部事务。荣禄在西安呆不久，又得到准备回京的上谕，之后又被封太子太保的头衔。几个月后，荣禄又被授予文华殿大学士的称号。此时荣禄以老病为由，诚请解除各项重要差使职务，让其它官员顶替，但没有得到应允。
光绪二十八年（公元1902年）二月，河南沁阳县教案发生，荣禄上疏民、教相安的策略，大致内容为：教案的发生，层出不穷，大多因为中国人人心涣散。地方官对于案情的曲折，不能详细分析辨明，致使平民被抑制，难免会引起民愤。加上教堂赔款，无非是向地方摊派，地方又向老百姓收敛。教会的惩罚愈重，仇视教会的怨愤愈深，所以一波未平，一波又起，星星之火，可以燎原，这一事非同小可。所以应当马上惩前毖后，正本清源。应当妥善订立规条，通行各教士，一律照办。对于民教交涉之案，也应公平审理。只有民教相安，国家才能安定稳固。这一建议立即得到了慈禧太后的应允。
公元1901年屈辱的《辛丑条约》签订后，慈禧集团开始搜刮金钱。主持朝廷大政的荣禄也热衷于卖官得钱。天下无耻贪婪之徒，投机钻营之辈，都聚集在荣禄门下，他本人所得到的金钱以亿万计。荣禄利用其重权要职，大肆受贿，甚至军国大事，只要有金钱，他也可以“通融”。曾有一个叫陈泽霖的军官大发国难财，侵吞了大批军饷。开始，荣禄严令催逼，并要治他的罪。陈泽霖就赶紧托人送给荣禄4万两白银，20斤白燕窝，4箱绸缎。于是，荣禄马上同意陈泽霖以“行军遗失”的名目予以报销。这个时候，政以贿成，天下大事大抵都由荣禄来决定了。
光绪二十九年（公元1903年），荣禄病死，赠太傅，谥“文忠”，晋一等男爵。
从出道任职到死谥文忠，荣禄走过了一条风雨坎坷而又显赫、扶摇直上的人生之路。他能言善变、察言观色，博取了曾控制清王朝近半个世纪的西太后的欢心与宠信，从而成为大权在握的重臣。他虽不能称为保国之忠臣，却有忠太后之赤心，为西太后的统治付出了大半生的精力。
荣禄曾镇压维新变法运动，帮助太后册立“大阿哥”，在义和团运动期间，对义和团又表现出似剿实抚的态度，以此来对付洋人。后人评价荣禄，或是或非，莫衷一是，但他在清末历史舞台上对当时的时局产生过一定的影响是毋庸置疑的。