公元1894年～1895年的中日甲午战争的惨败，唤醒了越来越多的中国人，他们开始寻求救国救民的真理，一些爱国志士认识到：要救国，只有维新；要维新，只有学外国。以康有为等人创办的强学会为标志，爱国救亡运动在全国范围内轰轰烈烈开展起来。于是，亲政以后的光绪帝准备召见康有为，商量变法事宜。而荣禄等人说康有为根本不够资格直接拜见皇上，请求皇上让他们自己来处理就行了。荣禄对康有为一向甚为痛恨，他曾公开对人说：“康有为设立保国会，现在许多大臣还没有死，就是亡国也不劳他来保。他如此狂妄，非杀不可！”
光绪二十四年（公元1898年）正月初三下午，总署大臣李鸿章、翁同龠禾、荣禄等在总理各国事务衙门召见了康有为。这实际上是一次大论战。当谈到变法问题时，荣禄先发制人，态度冷傲地说：“祖宗之法不可变！”康有为早有准备，面色从容地反驳道：“任何事都得因此变通。就拿总署这个衙门来说吧，祖宗当年就没有设过，现在则增设了。形势不同，这种变化是免不了的。”荣禄被康有为驳斥得哑口无言。这次召见，从午后三时直到黄昏，荣禄对康有为抱有极大的政治偏见，没等接见完毕，便先行告退了。
同年四月，康有为在北京成立“保国会”，宣传保国、保种、保教，荣禄大加诋毁，攻击康有为“僭越妄为，非杀不可”，要康有为“小心脑袋”。
同年六月，“百日维新”开始，荣禄等人与慈禧密谋策划扼杀维新运动，先由慈禧逼迫光绪帝罢免其老师及亲信翁同龠禾。慈禧罢免翁同龠禾后，很想让荣禄入军机处，而荣禄很会察言观色，并懂得兵权的重要性。所以荣禄极力推辞，他冠冕堂皇地说：“去一汉员，仍宜补一汉员。”他推荐王文韶入总署，他自己则乘机代替王文韶为直隶总督北洋大臣，把持军事大权。这样，荣禄轻而易举地节制了北洋三军（袁世凯的新建陆军、聂士成的武毅军、董福祥的甘军），并被授予大学士衔，成了权倾内外的重臣。
就在这个时候，荣禄等人已经开始策划废黜光绪的问题。荣禄再三恳请慈禧再一次出来“垂帘听政”。慈禧一方面跃跃欲试，另一方面又不无顾忌地说：“我不是想躲在颐和园里享受，只是怕人家又要嘲笑我好揽大权了。”荣禄则谄媚讨好地说：“所谓‘揽权’，是对臣下讲的，怎么能指太后呢？明白事理的人不会说这种话，说这种话的人无足轻重。”
荣禄曾遍邀王公大臣联衔恳请慈禧垂帘训政，其目的是造成一个声势煊赫的吁请慈禧垂帘的运动，以便上下勾结，夺取光绪帝的皇权。虽没有达到目的，但他这些邀宠的举动，使慈禧更加宠信他了。
戊戌年六月，顽固派诸大臣见光绪废科举、兴学校，又听说要裁撤衙门，都感到非常恐惧，纷纷劝荣禄设法阻止。而荣禄却笑着说：“等到他们闹到剪辫子的时候，自然有办法，这个时候你们就这么着急干什么！”荣禄的一席话表明慈禧一党早已打定主意，只等一有时机，就立即扑灭新政，取代光绪。
当时盛传慈禧准备于九月带光绪去天津阅兵。而实际上到天津阅兵只是荣禄为了迎合慈禧喜欢游玩的心理而上的奏折。但维新派认为，顽固派可能用阅兵之机逮捕并废黜光绪帝，推翻新政。此时此刻，维新派才感到有抓住军权的必要。经过仔细筛选，他们将目光移向了袁世凯。他们打算鼓励袁世凯举兵勤王，杀荣禄，兵围颐和园，逼慈禧交出政权。于是维新派志士谭嗣同密访袁世凯，在谈话过程中，袁世凯假惺惺慷慨激昂地表示：“杀荣禄如杀一狗耳！”谭嗣同听后，甚为满意，放心地走了。
同年七月二十六日这一天，发生了两件非同寻常的事。一是光绪帝明发上谕召见袁世凯，二是日本首相伊藤博文抵达天津。这两件事荣禄都是当事者。在前一件事中，荣禄负责转达谕令，而在后一件事中，荣禄曾亲自宴请伊藤。身为慈禧亲信的荣禄马上将所掌握的有关情况全部电告了慈禧。同时荣禄还采取了一些具体的步骤。他见袁世凯被召，马上调兵遣将预为防备。首先调聂士成守天津，以断袁军入京之路，接着调董福祥军密入京师，做好发动政变、废黜光绪帝的准备，然后又唆使御史李盛铎奏请光绪帝侍奉慈禧同往天津阅兵，借以乘机下手。
而西太后得到了光绪帝在八月初五接见伊藤博文的消息后，大生怀疑，认为光绪要“勾外国谋我”，于是便于八月初四返回清官，以监视皇上见伊藤的举动。西太后回到清官时，荣禄也尾随而至。伴随荣禄的是十营聂士成的武毅军开进京城，于是京城轰动，人心惶惶，政变的乌云已经覆盖了北京城。
此时，袁世凯既看透了新的势力斗争的结局，又摸到了维新派的底细，这在他看来似乎又到了“立功”的绝好时机。正好此时荣禄向袁世凯传去消息，诡称英、俄在威海卫开战，各国调集兵船于大沽，命他回天津防堵。于是袁世凯速回天津。回到天津后，他匆忙拜见荣禄，把维新派的计划和盘托出。荣禄闻讯，大吃一惊，急忙趁着茫茫夜色，奔回北京，连夜向慈禧作了汇报。
第二天清晨，慈禧大怒之下，宣布“今日始”重新由西太后“训政”，从而结束了光绪帝的“新政”时期。慈禧还不甘心，甚至想将光绪废掉。于是荣禄忙说：“这件事关系重大，请皇太后三思而行，等捉到康有为之后，是非自然清楚。”荣禄这样说并不是想保全光绪，也不是因为“是非不清”，他是怕引起天下的动乱，尤其摸不清外国人的态度。第二天，荣禄带领一队兵士，传太后命令，将光绪囚禁于南海的瀛台。