马士英像历史上所有的奸佞一样，不但有强烈的权力欲，而且还有强烈的金钱欲。他通过种种卑劣手段聚敛钱财，中饱私囊。
江南地区自三国以来，经过历代劳动人民的开发，到了明代已发展成为土地肥沃、物产富庶的经济中心，成为明朝的主要赋税供给区。早在宋代，大词家柳永就极口称赞江南的繁华和富庶。他描绘道：“烟柳亘桥，风帘翠幕，参差十万人家”、“市列珠玑，户盈罗绮，竞豪奢”。他还写到了江南如画的风景，升平的生活：“有三秋桂子，十里荷花，羌管弄晴，菱歌泛夜，嬉嬉钓叟莲娃……千骑拥高牙，乘醉听箫鼓。”升平安乐、美丽如画的江南到了晚明则被马士英一伙的搜刮聚敛弄成了一座萧条凄凉的人间地狱。
江南的水陆交通很发达。马士英就把贪婪的目光投向了江南的水上航运业。他在长江各处遍设关卡，并由太监亲自坐镇，对过往船只课以重税，每只船所征税额高达200至300两银子。
当时，江南人民盼望朝廷能够厉兵秣马，重振旗鼓，收复京师。马士英便利用人们的这种普遍心情，打着“兴复”、“助饷”旗号，到各地去搜括钱财。他不但巧立名目进行搜括，还大幅度提高盐、酒等日常生活必需品的税额，以致卖一斤老酒就得征一文钱。这些钱财丝毫未用做军饷，反而源源不断流入马士英私囊。
饱受战乱及水旱灾害蹂躏的江南经济经过反复折腾，更加凋弊不堪。老百姓为了活命，不得不背井离乡，流落四方，出现了“万井悲风，千里赤地；蒿莱极目，鸡犬无声”的凄凉景象。但权奸马士英所想到的只是自己的私利，哪里会顾及老百姓死活？不久，马士英别出心裁地想出了一个生财绝招。他上疏给皇帝，说现在国库空虚，财源枯竭，为筹措经费计，请求免除府州县的童生应试，改为以交纳钱银多少确定童生名次。皇帝听说国库空虚，感到很紧张，因为这意味着自己玩乐享受的物质基础受到威胁。因此当即糊里糊涂地同意了马士英的主意。马士英遂作出详细规定：交纳银钱多的，可以不经过考试，便可稳稳当当地获得生员资格。并同时规定，上等户人家必须交纳六两银子，中等户四两，下等户三两，直接送到学院查收。一时间，各地一哄而起，生员人数剧增。当时溧阳知县李思谟对这种现象很是不满，下令停止溧阳童生纳钱的做法，但马上被马士英连降了五级。
这种纳钱代考的风气很快蔓延开来，使得卖官鬻爵的勾当愈演愈烈，甚至连朝官也可用钱买。马士英规定了许多官职的价格。如，武英殿中书纳银九百两，文华中书纳银1500两，内阁中书纳银2000两，待诏纳银3000两。于是，许多豪强缙绅趋之若鹜，一时间搞得乌烟瘴气，朝政极为腐败黑暗。正如一首民谣所讽刺的那样：
中书随地有，都督满街走；
监纪多如羊，职方贱如狗；
阴起千年尘，拔贡一呈首；
扫尽江南钱，填塞马家口。