道光十九年（1839年）龚自珍48岁时，辞官出都，南下返乡。他只身出都，于八月底到江苏昆山县，修缮拓建其父亲当年置买的“羽陵山馆”别墅。然后再北上，迎回妻子儿女，安顿下来。
龚自珍回到南方后，有一段时间来往于杭州、昆山两地，照顾父亲和家小，还到过苏州、南京、扬州等地。后因家境困难，应聘为江苏丹阳云阳书院讲席，父亲去世后，又兼任父亲原来担任的杭州紫阳书院讲席。
南归途中，南归之后，龚自珍的情绪都相当消沉，过着“颓放无似”的生活，然而仍关心国事，阅读邸报，这从他此间所写《己亥杂诗》和南归后所作《病梅馆记》都可看出。
《病梅馆记》借梅议政，以梅喻人才，控诉封建统治者扼杀人才的罪恶，一吐自己心中的不平之气，同时宣扬自己的个性解放主张。
文章开头说，浙江一地产梅，可“文人画士”欣赏的不是梅自然生长的美，而是梅的病态美。龚自珍借此赏梅趣味，隐射了封建统治者在用人问题上混淆是非、颠倒黑白的罪恶。
文章接着说那些“文人画士”因不便公开自己喜欢梅的病态美的心思，便挖掘卖梅商人求高价的心思，以钱为钓饵，指使卖梅商人体会他们的心思而施虐于梅。文中极写卖梅者摧残梅的种种做法，从而充分揭示了封建统治者肆意扼杀人们个性、摧残人才的罪行，表现了龚自珍在个性人才问题上痛心疾首的感慨。
文章最后写龚自珍的“疗梅”主张，表现了他要求打破个性束缚，解放人才的强烈愿望：
预购三百盆，皆病者，无一完者。既泣之三日，乃誓疗之：纵之顺之，毁其盆，悉埋于地，解其棕缚；以五年为期，必复之全之。予本非文人画士，甘受诟厉，辟病梅之馆以贮之。
呜呼！安得使予多暇日，又多闲田，以广贮江宁、杭州、苏州之病梅，穷予生之光阴以疗梅也哉。
文中可见龚自珍对“病梅”的无限同情，他要设法疗治病梅，态度是积极的。“疗”的方法是使梅获得解放，让梅顺从天性自然成才，即让人才顺着各自的个性自由地发展，不受种种封建条条框框的束缚。文中也显示了龚自珍作为一个改革派启蒙思想家，与封建顽固势力划清界限并与之斗争的斗士气概。
龚自珍辞官南归途中，途经扬州，便住在魏源寓所“熄园”内的秋实轩。轩旁有数株千年梧桐，枝叶繁茂。龚自珍闲暇时喜欢在此树下吟哦诗作。轩内陈设精美，正是他会客谈天的好地方。
扬州的士大夫们此间都来拜访他，有请教经义疑难的，有提问史事的，有询问京师近况的，等等。龚自珍虽然为此应接不暇，但却感到很欣慰，他为扬州城好学术的人如此之多，学风如此之盛而高兴。人们对他的仰慕和朋友对他的友情，使他自辞官以来沉郁的心情变得振奋了一些，他说今后“甄综人物、搜辑文献，仍以自任，固未老也。”
龚自珍在秋实轩接待宾客，谈得兴意浓厚时，往往言辞风发泉涌，有不可一世之意。以致有一次跳到桌子上讲话，而不知何时又把穿的魏源的一双极大的靴子抛到了帐顶上，很久以后离开时，收捡卧具才又发现。
这次在扬州，龚自珍经常出去访友，这些朋友都是学者。如他拜访过阮元，阮元官位显赫，社会地位很高，又是大学者。一般人以俗事求他总是装聋不理睬，可是龚自珍来了，与他讨论学术问题，一谈就是一整天、一晚上。
这次在扬州，龚自珍深感清王朝已趋衰败，再也无法用“太平盛世”的调头来粉饰了。他把这样的感受写了一篇游记，叫《己亥六月重过扬州说》，文中充满了盛衰变迁的感慨。
龚自珍南归之后，最初是和妻子儿女一起住在昆山的羽陵山馆。馆内有龚自珍亲手种下的梅花。时值隆冬，梅花都开了，一株株疏影横斜，暗香浮动，引得龚自珍常在树下流连欣赏。不过，它们不是病梅，而是不受拘束和戕害的生命。
南归以后，龚自珍先后在丹阳和杭州书院讲学。鸦片战争爆发后，他曾给江苏巡抚梁章钜写信，要求赴沪参加抗英斗争。尚未成行，即于1841年9月26日暴死于丹阳云阳书院。时年49岁。
龚自珍一生所著诗文甚多，其中不少已散佚。今人辑《龚自珍全集》，收诗600多首，词100多首，文章300多篇。龚自珍自称“但开风气不为师”，但他的诗文却达到了深刻的思想内涵与高超的艺术形式的统一，不仅开创了一代新风，也使他自己成为一代宗师，成为近代中国维新思想的先驱者。梁启超曾评论说：“晚清思想之解放，自珍确与有功焉；光绪间所谓新学家者，大率人人皆经过崇拜龚氏之一时期。初读定庵文集，若受电然。”