在很多媒体看来，周鸿祎“暗算”金山杀毒，“拳挑”腾讯，“脚踢”百度，经过几年的征战，周鸿祎已经仇人遍布天下了，所以当他和雷军在一起聊天的照片被网络曝光后，迅速震动了网络。很多网友纷纷猜测两个人都说了些什么，还有好事者将图片进行了PS，做了惟妙惟肖的处理，称“又一次相信爱情了”。
对于周鸿祎来说，这并不是什么了不起的大事，反倒是网友们想得太多了。在互联网这个江湖里，门派间的斗争是门派间的事情，但这并不意味着掌门人在私下里就要老死不相往来，公是公，私是私，不需要混淆。换句话说就是在商言商，市场之上刀兵相见、拼产品是再正常不过的事情，但是过去了就是过去了，不需要耿耿于怀。
中国互联网历史上的第一场口水战不是周鸿祎和雷军打的“小3之战”，更不是周鸿祎和马化腾打的“3Q大战”，它还要追溯到2006年，不幸的是主角依然有周鸿祎，骂战的对手是另一位互联网大佬马云。
2005年，在中国雅虎百般不如意的周鸿祎不顾签订的两年协议，毅然选择了离开。与此同时阿里巴巴却开始加快了收购中国雅虎的脚步，原本没有交集的周鸿祎和马云就是在这个时候认识彼此的。
周鸿祎曾经有过一段短暂的中国雅虎职业生涯，可是即便在那非常短的时间里，周鸿祎也以自己雷厉风行的做事方式为雅虎带来了十分可观的收益。当时雅虎中国的一搜搜索引擎实现了4000万美元的营业收入，利润高达1000万美元，市场占有率也超过谷歌在中国大陆排名第二。
在形势大好的情况下，雅虎公司给雅虎中国提出了更加苛刻的业绩要求，同时却不注入更多资金，周鸿祎对雅虎这种又想马儿跑、又想马儿不吃草的做法十分厌恶。更让周鸿祎绝望的是，雅虎中国在业务发展上一毛不拔，却投入大笔资金与阿里巴巴互换股权，完成并购，这是周鸿祎无论如何都不能接受的。在阿里巴巴完成雅虎并购之后20天，周鸿祎愤而离职，原本没有任何人生交集的周鸿祎和马云就这样纠缠到了一起。
离开中国雅虎后，周鸿祎自立门户成立了奇虎公司。所谓的奇虎不过是“骑虎”的谐音罢了，从字面意思可以看出，周鸿祎是想骑着雅虎上位。更让人瞠目结舌的是，奇虎公司甚至绑定了“fuckyahoo。com”，由此不难看出周鸿祎对雅虎的恨有多深。
奇虎公司成立后，很多在3721时期就追随周鸿祎的老员工纷纷离开雅虎公司，这让刚刚入主雅虎的阿里巴巴十分不满，他们认为这一切都是周鸿祎策划好的，率先攻击周鸿祎没有职业道德。
周鸿祎向来是天不怕、地不怕的主儿，性格一向火爆的他从来都是主动去找人家，很少有人送上门。如今雅虎中国自己送上门来周鸿祎岂肯善罢甘休，他马上愤怒地回应阿里巴巴的指责，称他们是在往自己的身上泼脏水。骂完之后，周鸿祎还不解气，马上用360安全卫士来剿灭3721、一搜等IE工具条，这直接触动了雅虎中国的经济利益，以至于马云都有点坐不住了。
2006年左右，腾讯开始做大做强，百度也已经成为互联网领域的大佬，但是对于阿里巴巴来说，他们终究还只是后起之秀，当时掌控阿里系的马云是众多互联网行业的精神领袖。周鸿祎接二连三地挑衅，让马云十分不爽，两人就此掀开了一场口水战。马云发誓一定会和周鸿祎绝交，而周鸿祎则打赌马云和雅虎合作得并不愉快，两人的争吵一度让网友产生错觉——这哪里像两个大佬在吵架，更像是小孩子间的嬉闹。
周鸿祎和马云的关系迅速降低到了冰点，但是周鸿祎终究不是爱耍性子的小朋友，马云也同样不是让人看笑话的孩童，当两人重新归于平静的时候，阿里巴巴和360便不再针锋相对，相反还展开了一系列的合作。2008年，阿里巴巴高层与360高层频繁接触，双方开始就合作的相关事宜展开讨论，没多久阿里巴巴就成为360最重要的客户。阿里巴巴尽释前嫌，360的姿态自然也很高，经过一段时间的磨合，360为阿里巴巴旗下的淘宝商城提供了巨量的流量。
阿里巴巴与360的合作远远不只流量和资金上的来往，在业务上他们也积极地开展合作。周鸿祎曾在多个不同的场合表示，自己对做电子商务完全没有感觉，可是他却出乎意料地收购了淘宝下属的郑州红泥巴村，迈出了360进军电子商务领域的第一步。淘宝虽然百般不舍，但是却也有成人之美的意愿。阿里巴巴为360提供进军电子商务的渠道和路径，而360自然也是“投之以桃，报之以李”，他们与淘宝达成了PC与手机端全面合作的意向，为淘宝购物提供必需的网络安全服务。
除了在业务上的全面合作，坊间还一度传出360与阿里巴巴的一些战略合作，比如联手封杀、围剿腾讯QQ，过去那对彼此叫嚷着“死了都不交往”的冤家对头，短短几年后就成了彼此最可靠的盟友，可以说是造化弄人了。
2010年左右，淘宝的两大业务伙伴一个是马云掌管的阿里巴巴，另一个则是李彦宏旗下的百度，这两个人在媒体看来都是周鸿祎的仇人，可是在业务上他们却合作得乐此不疲。事实上，周鸿祎的仇家远不止马云、李彦宏、雷军、马化腾，但是不管有多少人，周鸿祎在见到他们后都不会刻意躲避，因为他从来都是就事论事，不把仇恨放在心里，或许这也是360公司能够获得如此巨大成就的重要原因。