2002年，在3721和CNNIC打得热火朝天的时候，为争夺IE地址栏，百度加入了。当时的百度，无论是市场份额还是流量均不及3721.为了提高流量，百度专门推出了一个客户端——百度搜霸，加入抢夺地址栏的阵营。
后来，周鸿祎公开声称：“我是唯一和百度打过仗的有经验的人，在3Q大战爆发之前，马化腾还因此联系过我。”其所指的就是这次交锋。
据周鸿祎透露，百度在加入3721与CNNIC战团之前，曾与3721谈过合并事宜。李彦宏坚持六四分，周鸿祎坚持五五分，最终谈崩了。
当时百度正在谋求商业模式转型，而此时3721的销售额达到2亿元，毛利有6000万元。百度此前的商业模式是向门户网站兜售搜索引擎服务。2000年，硅谷动力买下百度第一套搜索引擎，百度每年向硅谷动力提供价值8万元的服务费；2001年，搜狐、ChinaRen、新浪等中国主流门户网站先后采买了百度的搜索引擎。但是单靠这种商业模式，百度无法取得良好的经济收益，毕竟时值中国互联网冬天，各大网站只想要“最便宜的技术”，而不是“最好的技术”。
3721的盈利模式启发了李彦宏，他决定舍门户改向企业客户收费，并且作出了差异化。3721有统一的收费标准，而百度则采用灵活收费的模式，让客户通过竞价的方式来争取TOP1的搜索位置。谁出价高，谁的排名就靠前，这种模式后来一度成为百度营销利器的竞价收费模式，但在当时并没有收到理想的效果。尽管李彦宏为了推广新的商业模式，不惜重金返利以养新客户，但看不到实惠的企业客户始终不肯投资。归根结底，在于当时百度的流量和人气，让他们觉得不值得掏高价去竞标。
对于百度的流量输于3721，李彦宏分析的结果是，3721的大流量源自其庞大的客户端。只有最大化占领用户端，才能吸引到企业客户的广告投资。看清楚了这一点，李彦宏才决定联合CNNIC，合力对付共同的劲敌——3721，于是，争夺客户端的三国杀局面就这样产生了。为此，百度推出专门抢占客户端的百度搜霸。周鸿祎对此的回应是，将卸载程序更加复杂化。那些背弃3721而选择百度搜霸的用户，他们在卸载3721客户端的时候，是无法卸干净的。这些卸不掉的程序，专门用来干扰百度搜霸的正常使用。
周鸿祎的这一反击狠招，为他击退敌人的同时，也为他背负上了很长一段时间都摆脱不了的骂名——“流氓软件之父”。强迫用户安装，安装之后又难以卸载，这种行为深深得罪了用户。多年以后，周鸿祎对此做过反省，他这样忏悔：“千不该万不该，为了竞争而眼里已经看不到用户！”
三方恶战到2003年一度闹上法庭。CNNIC的上级单位中科院计算机网络信息中心以3721公司总裁周鸿祎在多种场合发表“CNNIC私刻公章是非法机构”的言论，侵害自己的名誉权为由，将3721告上法庭。2003年10月20日，3721公司被判败诉。一直败给3721的CNNIC终于借此出了一口气。
3721的反击，把百度的客户端杀得差不多。百度也将3721告上法庭，2003年12月23日，百度获得胜诉。北京朝阳法院作出一审判决，3721妨碍“百度IE搜索伴侣”软件正常安装属于不正当竞争。
据说，如果按照律师的建议，不至于败诉，而锋芒外露、个性直爽的周鸿祎，在法庭上突然“忘了”律师的提醒，直接承认：“是的，我的插件就是删除百度的，谁让他们的插件先删除我们的！”这等于直接给百度提供了证据。
接连败诉导致3721消耗极大，过多的场外因素，加上几乎所有同行抵制3721，3721客户逐渐流失，代理商转投对手旗下，这些都使周鸿祎疲惫不堪，让3721从IE地址栏搜索的创造者与商业化的先驱者，一时间成为了面临强大竞争压力的“无赖公司”。
3721的失利，直接导致百度的如日中天。“3百大战”后，百度羽翼丰满，流量骤增七倍，取代3721登上中国搜索引擎公司的头把交椅。从没做过广告的百度很快高调全面铺开品牌推广计划，“有问题百度一下”的口号自此打响，由3721盈利模式演变而来的竞价排名模式也逐步赢得了企业的赞同。
后起之秀百度的挑战，让周鸿祎犯下了两个后悔一生的错误：其一，就是他后来反复强调的，“只盯住对手不放，而忽略了用户的真正需求，让大家装上3721就卸载不下来，所以有了‘流氓软件’之称”。其二，是仓促之下做了一个更大的错误决策。眼看着昔日的“小弟”在自己眼皮底下快速上位，周鸿祎冲动之下，做出了后悔一生的决定：通过套现来换取3721的发展。2003年年底，中国互联网低迷之际，雅虎中国向3721伸出橄榄枝。周鸿祎相中雅虎“有搜索、有品牌、又有钱”的豪门背景，当下投入雅虎中国的怀抱，不成想因此而彻底断送了3721的未来。
“在一个人或者一个企业的成长过程中，最可怕的不是面对一个强大的压力，或者突然遇到一个竞争者的挑战，或者突然遭到了灭顶之灾，我觉得这种概率很小。在有压力的情况下，我们每个人都会爆发出一些潜能来应付这种情况。但是，在面对突然而来的机会时，并不是每个中小企业所能把握的。绝大多数机会会变成企业的陷阱和滑铁卢，这却不是每一个人所能意识到的。3721本来是最有机会在中国跟百度逐鹿搜索市场的，但是由于决策失误，错把雅虎抛来的诱惑当做机会，亲手葬送掉了3721.对我而言，这是个至少10亿美金的失败。”周鸿祎后来如是说。
2005年8月，百度成功在美国纳斯达克上市，创下中国互联网境外上市神话，其IPO股价在短时间内暴涨五倍。而与之形成对比的是，3721却因为仓促间移手他主，而最终淡出互联网舞台。
多年以后，周鸿祎才明白这样一个道理：创业如果要做出一番伟业，就绝不能凭借资本套现结束。可惜为时已晚。说到自己当初的潦草决定，周鸿祎也坦承，李彦宏远比自己沉得住气。怪只怪当时他根本没有清醒地认识到3721的巨大价值，也没有给3721制定出一个远景规划。当时3721的流量遥遥领先，其所带来的巨额广告效益，周鸿祎虽有所闻，却终因为“没啥意思”而错过。当时，很多企业为了寻求上市，纷纷瞄准3721的流量，以求短时间内拉升销售业绩，但是周鸿祎不屑于赚取广告收入，他宁愿以服务换取收入。如果当时他意识到3721的流量价值和行业地位，抛弃自己的理想化成分，更加务实地坚持下去，可能就不会有百度的今天了。
人们总是对强敌认赌服输，对败于旗鼓相当者略有遗憾，而输于比自己弱势的人则耿耿于怀。因为败给了曾经的“小弟”，周鸿祎一气就是十年。十年后再度创业成功的他，高调“约架”百度，一点也不出人意料。
美国商界流传着这样一句话：“一个人如果从未破产过，那他只是个小人物；如果破产过一次，他很可能是个失败者；如果破产过三次，那他就完全有可能无往而不胜。为什么？因为失败可以让我们更清晰地认识到自身的不足，能更深刻地体会到竞争对手的优势和竞争技巧，这将成为个人和企业发展过程中一笔不小的财富。”从这个角度来说，创立3721的失利，对周鸿祎而言，未尝不是一笔无形的财富。输给百度，让他反思过很多，既看到自己当时的轻率与不足，也看到了百度和李彦宏的长处，这为他之后的东山再起积聚了不少正能量。