王阳明先生先派遣探子打听到南昌伏兵千余，并得知其准确位置，然后派遣刘守绪，领精兵四百，从小路逆袭，出其不意攻击。伏兵一时全线溃散，一齐逃遁到南昌城来。城中骤闻王阳明的队伍来了，而且杀退伏兵，人人无不惊骇，争相传告，一时间人心惶惶。
六月二十日早上，各哨都按照计划一起进发。王阳明先生再次申明约定的军律，说道：“一鼓伏城，再鼓登城，三鼓不攻克的话，诛其伍长，四鼓不进城的话，就诛其副将。”
各哨统兵官，都知道王阳明先生军令严肃，一闻鼓声，呼噪并进。伍文定的兵士，率先挂梯先登。守贼军士见军势浩大，纷纷倒戈逃跑。城中喊声此起彼伏，各路官兵也纷纷破城门而入。于是擒宜春王栱樤，及宁王之子三哥、四哥，还有太监万锐等，总共千余人。宫眷情急都匆忙纵火自焚。可怜宁王后宫眷属百数人，顷刻间灰飞烟灭，世事轮回此般无常着实令人慨叹。
火势猛烈，延烧居民房屋。王阳明先生统大队军兵入城，传令各官分道救火，抚慰居民。火熄后，伍文定等都来参见，将期间投降的将士押解到王阳明堂下。王阳明先生命部下封南昌府库，捜获原收大小衙门印信九十六枚。
府中人心开始平稳下来。这期间曾经私通朱宸濠的胡濂、刘斐等人及南昌知府郑瓛、知县何继周等，皆前来向王阳明投首。王阳明先生都一一对他们进行安抚。
有诗为证。
皖城方逞螳螂臂，
谁料洪都巢已倾。
赫赫大功成一鼓，
令人千载羡文成。
王阳明先生又打探得宁王已解安庆之围，移兵于沅子港，先分兵二万遣凌十一、闵廿四分别率领残部，疾速向南昌靠近。王阳明亲自帅大军随后进攻。此时已经是这个月的二十二日，王阳明先生闻此报于是召集众将咨询大家的看法。
众将皆说道：“贼势强盛。我们既可以在省城南昌镇守，此时而且也适宜敛兵入城。坚壁观衅，待四方援兵到来后，然后再作打算。”
王阳明先生笑说道：“不然。贼势虽强，未逢大敌。只有以爵赏为诱饵诱他们易弦更张，故无义勇之心。今进不得逞，退无所归。其气已开始出现沮丧的迹象。若出奇兵击其惰归，一挫其锐，将不战自溃。这就是所谓的先发制人。”
就在这个时候，抚州知府陈槐、进贤知县刘源清，分别引兵来助战。王阳明先生于是派遣伍文定、邢珣、徐琏、戴德孺各领五百人马，分作四路一起发起进攻，又派遣余恩以兵四百往来于鄱阳湖上，诱致贼兵。同时派遣陈槐、王轼、刘守绪、刘源清等，各引兵百余，四面张疑设伏。等待伍文定与贼兵交锋的时候，合力制敌。分布既已约定好，于是官兵们便打开粮仓，大赈城中军民人等，此举真是大快人心。
王阳明先生又考虑到宗室郡王将军有可能成为内应而导致生变，于是亲自前往慰谕，以安其心。且出告示云：
督府示谕南昌城七门内外军民杂役人等。除真正造逆者不赦外，其原役宁府被胁伪授指挥、较尉等官者，及为乱贼出苦力杂役、家属在省城者，尽可安居乐业，勿得逃窜。父兄子弟有能寄信本犯、迁善改过者，擒获恶徒、诣军门报捷者，一体论功给赏。从贼处逃回投首者，免其本罪。其有收藏军器，许尽数送于官府。各宜悔过，勿徒取灭亡。特示。
这封告示誊抄了二十余通，传布于城门内外各处，以解散军民之党。
二十三日，朱宸濠先锋凌十一、闵廿四，已至樵舍。风帆蔽江，前后绵延数里。王阳明的部队奉照军令，乘夜趋进。伍文定以主力军当其正前方，余恩尾随其后。邢珣则引兵绕出贼背。徐琏、戴德孺，分左右翼，各自攻击，以分其势。
二十四日早，北风大起，贼兵皷噪。乘风而前，直逼黄家渡，离南昌仅三十里。伍文定的部队刚一交战，便佯败而撤走。余恩接下来迎战，未几也佯作退兵。贼得志各船争前趋利，前后不相连。邢珣兵从后而进，直捣贼人后背。贼船一时间大乱。
伍文定、余恩督兵乘之。徐琏、戴德孺合势夹攻。四面伏兵纷纷扰扰，呼噪而至。鄱阳湖上满湖都是官军，几乎没有一块空闲的地方。贼军先锋凌十一、闵廿四一干人等不过江湖行劫之流，何曾见过这等战阵，一时间心胆倶裂，连忙回船打算逃命。
贼兵很快就全线崩盘，朝廷官军在其后面紧跟着追赶数里，一共擒斩二千余人首级。贼匪凌十一中箭落水而死，贼徒死于水者万数。贼匪闵廿四引领着残卒败兵数千人，一路退守到八字脑的寨中。手下兵士渐渐逃散无几。
朱宸濠获悉失败的讯息后十分惊恐，于是将之前投放镇守九江、南康二府的守城之兵招募起来，以壮大军势。
王阳明先生探听到朱宸濠的实况，说道：“贼兵已经撤退，九江、南康二府也已经彻底空虚。如果我们不收复九江府，则南康府的兵马始终不敢跨越九江来支援我们。倘若不收复南康府，则我的兵马也不能逾越南康来威慑贼寇。”
于是王阳明派遣抚州知府陈槐，领兵四百，配合饶州知府林瑊的部队，往攻九江。此时正好建昌知府曾玙的部队也赶到。王阳明立即派遣曾玙率兵四百，配合广信知府周朝佐之兵，一起前往攻打南康。
二十五日，朱宸濠立赏格以激励将士：当先冲锋者，赏银千两；对阵受伤者，赏银百两，传令并力大战。其日北风甚大，贼船乘风奋击。
伍文定率兵打头阵，因风势不顺，被杀者数十人。王阳明望见官军将有退却之意，急取令牌，将剑交给中军官，令斩下领兵官伍文定的人头示众，且暗嘱云：“如果你还能作战的话，请一定要坚持下去。”
伍文定见牌，大惊，亲握军器立于船头，督率军士，施放铳炮。因风势相反，迎面折返回来，火燎到他的须髯他也没时间顾及。麾下的军士们更舍身奋战。邢珣等兵此时也赶到前线，一齐放炮进攻。炮声连连，如雷震天，将朱宸濠所乘坐的指挥船击破。在这场战役中，贼匪闵廿四中炮而死。朱宸濠见状惊骇万分，便将船移至他处。
贼于是溃败，被擒斩复二千余人，溺死的人更是不计其数。
朱宸濠便聚兵屯于樵舍，连舟结为方阵，四面应敌，尽出金银赏犒将士，约来日决一死战。
王阳明先生见状于是私下做火攻的准备，命令邢珣攻打朱宸濠的左面，徐琏、戴德孺攻打朱宸濠的右面。余恩等各官则分兵四面暗伏，只望见火光出现，届时一齐作战。
二十六日早，朱宸濠刚朝见群臣，斥责因为诸将不能力战而导致战事连败，然后召见三司各官杨璋、潘鹏等十余人，打算将其斩首以明军法，杨璋等立辩求免。正在争论之际，忽然听闻四下里喊声大作。伍文定引着官军，用小船载着荻草乘风纵火。一时间火烈风猛，延烧至贼战船。其情景恰似赤壁古战的情景，蔚为大观。
各路伏兵望见火光，于是一起发动向战场中心杀来。朱宸濠的战船四面都着了火，其得力属下栱、栟二人被火焚烧，奔出船舱的过程中被官军所杀。其他贼匪例如王春、吴十三也被悉数擒获。王阳明先生使人持大牌，晓谕各军。牌上写道：
逆濠已擒。诸军勿得纵杀，愿降者听。
上述字面意思很简单，也充分体现了王阳明先生对于朱宸濠余孽的态度。讨伐逆贼的各军听闻此讯，一时间勇气百倍、士气陡增，而另一方的朱宸濠的军士们则莫不垂头丧气，哪有心思继续卖命，个个寻找小舟四散自顾逃命。