皇帝名号制度以及五德终始学说，赋予皇帝以“天下之事大小皆决于上”的生杀予夺大权。然而，皇帝为行使这一权力，还有赖于一整套从中央到地方的严密政权机构和官僚制度，有赖于上下有序的承传制度。
大秦帝国的国家最高权力机关是“朝廷”，“朝”是指宫内皇帝朝见百官、商议并决定国家大事的朝堂，廷是指宫外国家各职能部门的办事机关，亦称外廷。朝廷的首脑是皇帝，他凌驾于法律之上，享有至高无上的权力，对国家一切事务拥有最后决定权，此之谓“天下之事大小皆决于上”。
直接隶属于皇帝之下的中央政府（即所谓“外廷”），是国家最高的行政机关，其最高长官有丞相、太尉、御史大夫。
丞相：秦设置左右二丞相，“掌丞天子，助理万机”，为文官之长，是中央政府中的最高行政长官，在皇帝的直接领导下，负责处理国家日常的一切行政事务。丞相为“金印紫绶”。秦统一六国后，原廷尉李斯被任命为帝国丞相。
太尉：“掌武事”、“主五兵”，为武官之长，是中央政府中的最高军事长官，在皇帝的直接领导下，负责处理国家日常的一切军事事务，战时拥有领兵作战的权力，但没有调兵权；军队的调动权由皇帝一人拥有。太尉为“金印紫绶”。
御史大夫：主管监察百官，“掌副丞相”，又“掌图籍秘书”，相当于秘书长的职务，又负责监察百官，往往比丞相、太尉拥有更大的实权。御史大夫为“银印青绶”。
丞相、太尉、御史大夫作为皇帝在处理国家行政、军事、监察及文秘三方面事务的助手，以中央政府中上述三方面事务的最高长官的身份，直接对皇帝负责，位在皇帝一人之下，居百官之上，合称“三公”。
“三公”之下设有“九卿”（其数目不止于九），掌管中央政府中的不同职能部门，分管全国的不同行政事务，分别受丞相、太尉、御史大夫的领导，并直接听命于皇帝。秦帝国中央政府的各职能部门有：
奉常：“掌宗庙礼仪”，主管宗庙、陵墓以及思想、文化方面的事务和活动。其属官有丞。
郎中令：“掌宫殿掖门户”，负责保卫皇帝和上传下达，“主管内诸官”，其属官有大夫（“大夫掌论议”）、郎（“郎掌门户，出充车骑”）、谒者（“谒者掌宾赞受事”）。郎中令以皇帝警卫和机要秘书的身份，与皇帝关系亲近。在九卿之中，郎中令拥有较重的实权。
卫尉：“掌宫门卫屯兵”，即掌管皇宫的警卫部队，其属官有丞。
太仆：掌管皇室车马，其属官有丞。
廷尉：“掌刑辟”，是国家司法机关的长官，其属官有正、左右监。
典客：“掌诸义蛮夷”，主管秦王朝管辖下的少数民族事务，其属官有丞。
宗正：“掌亲属”，主管皇帝宗室亲属事务，其属官有丞。
治粟内史：“掌谷货”，主管全国经济和财政收入，其属官有两丞。
少府：“掌山海池泽之税”，以供皇室之用，其属官有六丞。
中尉：“掌徼循京师”，负责保卫国都，其属官有两丞、侯、司马、千人。
主爵中尉：“掌列侯”，掌管授予爵位事宜。
将作少府：“掌治宫室”，主管国家宫室等大型土木工程建筑，其属官有两丞。
詹事：“掌皇后太子家”，主管皇后及太子宫中事务，其属官有丞。
典属国：“掌蛮夷降者”，主管服属于秦王朝的少数民族政权。
秦帝国中央政府各职能部门的设置、官员的职掌以及与皇帝的隶属关系，基本上是秦统一六国前秦国中央政府的继续。秦始皇在这一问题上的贡献是：
第一，秦帝国中央政府各职能部门的设置，考虑到了国家事务的各个主要方面，各职能部门之间彼此分管的事务界线清楚，每个职能部门长官的职掌明确，从而使中央政府在组织上比从前更加完善，既有继承，又有发展。从更加有效地行使国家职能的角度来看，秦帝国的中央政府在中国政治制度发展史上乃至对世界其他某些国家政治制度发展史上，都是有所贡献的，堪称是一个里程碑。
第二，秦帝国中央政府的组织法对于中国政治制度发展史乃至对于世界其他某些国家君主专制制度发展史的特殊贡献是，它更加有利于进一步加强皇帝至高无上的权力，从组织上使皇帝成为集国家军政大权于一身的专制君主，使中央集权的君主专制制度从此得以确立，开创了中国封建时代的君主专制制度。例如：
丞相、太尉、御史大夫分管国家的行政、军事和监察大权，并使之相互制约，这就从组织上防止了丞相集行政权与军政权于一身。
主管军事的太尉只有统兵权，无调兵权，有军事行动时又往往是由皇帝临时指派统兵大将，这就使军权牢牢地掌握在皇帝一人手中。
御史大夫的监察百官，参与机要，对丞相、太尉的权力起制约作用。
由于“三公”互不统领，皆直接对皇帝负责，国家大事的最后决断权便归于皇帝一人，三公中的任何一个人都无法从组织上成为战国时代于山东六国中屡见不鲜的专断国家大权的“重臣”。
“九卿”虽在“三公”领导之下处理国家日常政务，但皇帝有时却超越三公直接向九卿中的某某下达某项指令、交办某项事务；九卿也有权超越三公直接向皇帝奏事，这就使秦帝国的中央政府更加有效的置于皇帝的直接控制之下，加强皇帝的权力。
皇帝至高无上的权力，它的行使必须通过一定的机构和官员，并按照一定的程序和方式来进行。为此，皇帝必须自下而上地及时掌握全国的情况，同时及时地下达政令，因此必须建立一套上下有序的承传制度来保证皇帝政令的畅通无阻。秦始皇虽然未能像汉代以后皇帝那样，建立起一套有利于加强皇帝权力的完密的承传制度，但秦始皇赋予御史大夫参与机要的大权、完善并加强郎中令的职权，则为后世承传制度的建立与完善准备了条件。