此时正在北上的刘秀很快意识到，屠刀马上就要向自己砍来了。在如此危急的情况下，怎么办？是束手就擒，还是起兵反抗？都不行！因为刘秀是一个很稳重的人，他很清楚现在的形势，刘玄势力太强，目前他还没有报仇的机会。除了忍，刘秀没有第二条路可走。
刘秀忍受着巨大的悲痛，克制着感情，表现出惊人的忍耐力。刘秀经过一夜的痛苦思考，终于想好该怎么做了。在刘縯被杀的第二天，刘秀从汝南父城出发，快马加鞭，急驰四五百里，专程赶回宛城向刘玄谢罪。刚进宛城，刘秀没有去大司徒府给刘縯发丧，而是来到刘玄的殿前，请求拜见刘玄。一见到刘玄，刘秀立即叩头谢罪，连称自己有过，没有开导哥哥，以致他犯下死罪。刘玄见刘秀亲自来谢罪，反而动了恻隐之心，下不了杀刘秀的狠心了。刘玄安慰了一番刘秀，让他回去休息。刘秀于是回到了大司徒刘縯的府中。
刘玄虽然杀了刘縯，但并没有株连刘縯家属，所以刘縯该得到的死后待遇一样也没有少。刘縯的属下见刘秀来了，都来安慰刘秀，可刘秀丝毫没有难过的意思，该做什么就做什么，甚至也不给刘縯穿丧服、行丧礼，并且还口口声声说自己有罪，只是把刘縯草草安葬了事。许多人没想到刘秀居然会这样，实在无法理解：自己的亲哥哥被人杀了，刘秀非但不思报仇，反而向仇人谢罪，世界上哪有这种道理？刘秀怎么会是一个如此冷血的人？
其实，这些人不知道，这一切都是刘秀故意做给刘玄看的。他绝口不谈自己在昆阳大战中的功劳，处处表现得非常自卑。在公共场合，刘秀的谈笑和往常一样。
这些情况，都被刘玄的心腹探知并汇报给了刘玄。刘玄果然被刘秀给骗了，以为刘秀和他死去的大哥刘縯划清了界限，也就对刘秀放松了警惕，并渐渐地对他放心了，以为他不会造反，还可以重用。刘玄杀了刘縯，心里总有些过意不去，为了安抚刘秀，几天后，刘玄下诏升刘秀为破虏大将军，封武信侯，不过没放他回汝南前线，而是让他留在了宛城。
刘玄以为这样就可以拉拢刘秀，实际上，他这次杀刘縯对起义军内部的团结是个致命的打击。所有人都知道刘玄之所以杀刘縯，是因为刘縯对刘玄的皇位构成了威胁。刘縯是这次起义的主要领导，仅仅因为权力斗争而被杀，伤了很多豪杰志士的心，他们看清了刘玄的本质，虽然表面上没敢和刘玄翻脸，但他们和刘玄的距离却越来越远。
对于刘玄来说，只要能保住皇位，比什么都重要。他杀刘縯也是给那些不太服自己的人一个严厉的警告：谁敢威胁朕的皇位，刘縯就是你们的下场！刘玄相信杀了刘縯以后，不会有人再敢挑战他的皇位了。
自己的亲哥哥被害，刘秀难道不想给刘縯报仇吗？他当然想，但是他现在还不能这样做，他现在能做的只有忍气吞声，克制悲痛。
刘玄当皇帝，刘縯生前也是同意的，尽管他有些不太情愿。如果刘秀现在起兵造反，虽然在道义上能得到很多人的同情，但在法理上却处于下风。这样，他就会落一个反贼的名声，在政治上不划算。
刘秀的亲属数百人都在宛城，处在刘玄的控制之下，如果刘秀造反，自己的亲人将一个都活不了，这是刘秀最为顾忌的一点，所以刘秀暂时不敢轻举妄动。
现在的更始朝廷，真正掌握实权的并不是刘玄，而是绿林军将领。起义军也多半由绿林军组成，刘秀自己的军事实力还很弱小。所以，如果现在起兵的话，无异于以卵击石，根本就没有取胜的可能性。
刘秀最大的敌人其实并不是刘玄这些人，而是篡汉的王莽，至少在消灭王莽之前，刘秀还是要与刘玄以及绿林军合作的。因此，如果现在起兵为刘縯报仇，只能便宜王莽，最终的结果是自己和刘玄两败俱伤，被王莽各个击破，这显然不是刘秀的理想，也不是自己舂陵起兵的目的。
刘秀是继刘縯之后舂陵刘氏宗室中最有能力之人，而且刘玄自己也出身于舂陵刘氏宗室，如果在他杀了刘縯之后，再把刘秀杀了，无异于自掘坟墓。亲骨肉都被他杀光了，他以后还能依靠什么人？依靠绿林军？这是行不通的！因为绿林军和他从来都不是一条心的，这一点刘玄很明白。
虽然绿林军将领嫉恨刘縯，但是却不嫉恨刘秀，而且绿林军几位将领和刘秀的交情还不错，更何况刘秀这次在昆阳大战中几乎以一己之力挽救了整个起义军，可以说刘秀对他们有救命之恩，这一点他们也清楚。所以说，刘玄要杀刘秀，恐怕过不了绿林军将领这一关。
在刘玄看来，对他的皇位产生威胁的是刘縯，而不是刘秀。无论从哪方面来看，刘秀都不像是个有霸气的人。而且自刘縯被杀后，刘秀对刘玄异常谦卑，这也让刘玄非常放心。
刘玄也不是傻子，他不是没有注意过刘秀，只是暂时还没有抓住刘秀的把柄，不好下手。而且刘秀在舂陵刘氏中的威望非常高，刘玄的根在舂陵，这也是刘玄不便对刘秀下手的重要原因。这次刘玄升刘秀的官，也有他的道理。此举向外界宣示了刘玄“有功必赏、有罪必诛”的明君形象，杀刘縯是因为刘縯要谋反，赏刘秀是因为刘秀救昆阳有功，同时不追究刘縯家属的责任，还提拔他的弟弟，以此弥补杀刘縯在政治上的负面影响，挽回舆论上的不利局面。
刘玄要通过提拔刘秀来安抚春陵刘氏宗室，通过树立刘秀为舂陵刘氏的新领袖，来对抗绿林军将领，让这两派互相争斗、互相内耗，自己好坐山观虎斗，从中渔利。这一点，刘秀是再清楚不过了。刘玄提拔自己也是给自己释放了一个暗号：我们都是舂陵刘氏出身，互相之间还有很大的合作空间，我们现在最大的敌人一是王莽，二是绿林军，刘秀你是个聪明人，是明白我的用意的。
刘秀暂时“忘却”了杀兄之痛，俯首帖耳地给刘玄做起了忠臣，反正大家都在演戏，只不过面上不说罢了。
为了掩盖内心的悲痛，刘秀操办起了自己的婚事。
“仕宦当作执金吾，娶妻当得阴丽华”，这是刘秀游学长安、新野踏青时发出的感慨和志愿。这些年，东奔西走，南征北战，年近30的刘秀仍然是孤身一人。现在已是破虏大将军、武信侯的刘秀比以前尊贵了很多，以这样的身份迎娶阴丽华，也不致辱没自己所爱之人。
于是，刘秀派护军朱祐前往偏将军府，向阴识打听阴丽华的消息。
阴识，字次伯，南阳新野人，阴丽华的长兄。刘縯起兵的时候，他正在长安游学，听到这个消息后，弃业而归，率子弟、宗族、宾客千余人往诣刘縯。刘縯以阴识为校尉，后迁偏将军，从刘縯攻宛城。
朱祐与阴识早就认识，又同为刘縯的部下，因此很熟悉，关系也很好，几乎无话不谈。朱祐占到了阴识的家里后，开门见山地说明了来意。阴识表示同意，并讲述了这几年妹妹阴丽华的一些事情。
这几年，前来阴家求亲的贵族子弟、商人文士，络绎不绝，几乎踏烂了门槛，但是都被阴家婉言拒绝了。有的求亲者以为“精诚所至，金石为开”，三番两次地登门，即使求亲不成，见到阴丽华一面也不枉此行。在这种情况下，阴老夫人只好亲自出面，端坐大厅，正告那些求亲之人：“我家小女早已心许他人，非汉室宗亲，非将军侯爵，绝不出嫁。”
更始帝元年（公元23年）七月，在宛城的大将军府里，刘秀和阴丽华举行了盛大的婚礼。这一年，刘秀29岁，阴丽华20岁。
此后，刘秀凭借着自己的聪明智慧，在复杂残酷而且对自己极为不利的政治格局中，韬光养晦，逐渐站稳了脚跟，成为舂陵宗室集团扛大旗的人物。
刘秀相信，刘縯的死不会白死的，他所受的苦也不会白受的，他一定会成功的。从此，刘秀开始了在更始朝廷中韬光养晦的日子，这种日子一直延续到王莽败亡的那一天！
起义军在昆阳取得胜利后，四方为之震动，不久，各地纷纷起兵反抗王莽新朝，杀掉新朝官员。起义军即将兵临武关城下之时，析城人邓晔、于匡在南乡起兵响应，率众攻击王莽新朝武关守将、都尉朱萌。朱萌杀了右队大夫宋纲，归降起义军。
不久，王莽面临的局势越来越恶化了。后来起义军得到武关后，打通了进入关中的通道。李松和邓晔两军会合在一起，穿越秦岭北上，意图攻击渭河口的京师仓库，起义军在不同方向对王莽新朝的首都长安形成了四面合围之势。
更始帝元年九月，起义军直逼长安。此时的王莽已是四面楚歌，京都已经无兵可派，于是王莽下诏赦免京城中的所有囚徒，分发给他们武器。王莽把他们召集起来，杀了几头猪取血，亲自与他们歃血为盟，令史谌带领他们出城迎击起义军。没想到，刚刚过了渭河桥，这些囚徒就纷纷扔掉武器，一哄而散，不见了踪影。史谌无奈，孤身一人，无法御敌，只得转回后宫。
城外的起义军把王莽的妻子、儿子以及他的父亲、祖父的坟墓都给扒了，开坟掘墓，抢夺财宝。他们抢够了，就把坟墓边的九庙、明堂等一把火烧了。一时间，火光冲天，浓烟弥漫。
九月一日，起义军向长安发起总攻，打破了长安的外城。城破之后，起义军如同潮水一般涌进宣平门。绿林军将领张邯率先带领本部人马进入宣平门，见人就杀，逢人就砍，昔日繁华的长安城瞬间血流成河！无数百姓被杀，尸骨遍地，惨不忍睹。
九月二日，王莽在宣室前殿度过了惊恐的一夜。第二天早晨，起义军离后宫越来越近，群臣急忙扶着王莽仓皇躲到渐台。不久，大司马王邑等人因打不过起义军，死伤惨重，也逃到渐台。
九月三日，起义军士兵进入渐台内室，捉住了唐尊、王盛等人，并把他们全部处死。走投无路的王莽也被起义军捉住了，随后被商人杜吴杀掉。校尉东海人公宾砍下了王莽的首级，并把王莽的首级献给了起义军将领王宪。
随着王莽的被杀，新莽政权也寿终正寝了。王莽新朝自始建国元年（公元9年）开始，到地皇四年（更始帝元年，公元23年）结束，共计15年。