为了实现今后十几年中国粮食安全的目标，粮食综合生产能力和粮食安全领域不仅面临耕地、水资源短缺以及现代粮食物流设施不足等诸多客观约束，而且同样存在一些主观层面的已被各方关注的重要政策问题，主要集中在耕地和水资源的保护和利用、农业基础设施建设、农业科技研究和推广、农业补贴、粮食流通体制改革及粮食市场宏观调控、粮食加工转化等领域。此外，还要高度重视以下环节影响粮食综合生产能力和粮食安全的具体政策问题。
（一）土地承包经营制和建设用地征用及管理制度仍有漏洞
1.承包地产权权能不完整，缺少规范的流转平台
尽管中国“农村土地承包法”已明确了农民拥有承包地的使用权、收益权、流转权、补偿权、继承权等权利，“物权法”也从另一角度赋予承包地用益物权，但两部法律均未赋予承包地备受争议的抵押权。主流观点认为，承包地拥有重要的农村社会保障功能。如果允许承包地抵押，一旦“大批”农民因经营失败而被迫失去抵押土地，又没有健全的农村社会保障制度作后盾，农村社会稳定可能会受到冲击。这种观点从全国总体来看是合理的，但是，中国发达地区特别是城郊农民的职业大多数已稳定转入非农产业，家庭收入主要来源已不再依赖土地，部分最终因经营失败而不得不将土地抵押流转的农户毕竟是极少数，并且当地就业、养老和失地农民的社会保障体系比较成熟，有能力解决极少数失去抵押土地农户的社会保障问题。因此，在这些地区为了避免想象中的极少数失去抵押土地农户对社会稳定的影响，而执行“一刀切”的法律，切断大量稀缺土地的资产融资功能，显然是一种扭曲土地资源配置的高成本、低效率制度安排，已严重束缚了此类地区土地向专业大户的稳定流转和土地极其重要的融资功能的发挥。此外，中国承包耕地的产权证不如具有抵押权的林权证权能完善，更不如城市居民可自由流转并能抵押的房产证权能充分。与房地产市场相比，中国农村土地流转过户的登记机构、交易场所和中介组织尚未发育成熟，限制了承包地向种田大户的彻底、规范流转，导致土地兼业化和副业化经营趋势增强，妨碍了粮食综合生产能力提升。
2.土地征占用标准模糊不清，建设用地征占用和管理办法有缺陷
据国务院发展中心的调查显示，目前85.7%的耕地被征后用于商业性目的，纯公益性用地比例仅为7.2%，土地价值提升中农民获得的补偿仅占很小的比例。之所以大量出现以公益性用地名义征占用商业用地，关键在于国家有关公益性用地和商业用地的标准只是一个原则性的笼统规定，没有详细具体的执行标准，极易被一些地方政府“打擦边球”。为了降低招商引资中的企业用地成本，满足地方政府以土地增值收益为基础的“第二财政”收入最大化，地方政府的有关部门和企业大多想方设法减少农民补偿所得。于是，往往采用接近下限的补偿标准和压低土地价值的计算办法，“合法”而巧妙地剥夺农民应得的土地收益。一些地方未能节约和集约使用建设用地，容积率偏低，部分建设用地闲置。
（二）农田基础设施投入不足，粮食综合生产能力提高缓慢
中国农田基础设施年久失修，损毁严重，已成为老大难问题。尽管国家每年都加大农田基础设施投入，但弥补农田基础设施折旧后的新增资金不足，亩均基础设施投入相当有限。随着中国农业劳动力老龄化和妇女化趋势不断增强，采用机械化替代田间壮劳力，减轻种粮劳动强度，已成为提高粮食综合生产能力的重要方向。目前中国农田基础设施建设的投入重点主要集中在大江大河治理、农田排灌设施等领域，对田间机耕道建设投入尚未引起足够重视，已成为制约农田机械化的瓶颈。相反，一些地方高度重视田间机耕道建设，打破农田机械化瓶颈约束，粮食生产能力就能明显提升。例如，福建省在土地整理中搞好田间机耕道建设，耕地通过机械化作业，可节省劳动力1/3以上；整理一亩耕地增产粮食100公斤左右，降低生产成本20%。但是，全国多数地方特别是南方产粮区的农民，即使购买了大量的田间作业机械，因无田间机耕道，农田机械无法深入到田间地头，老人和妇女受体力所限只好粗放经营，从而降低了粮食单产，削弱了粮食综合生产能力。
（三）粮食科技体制机制不健全，粮食安全的科技支撑不足
粮食科研体制改革不充分，分类改革推进不顺利，作物栽培种植、病虫害测报及防治、极端气象灾害预报等外部效益显著的公益性涉粮科技活动日渐衰退，不少科研机构热衷于经济效益好的良种选育和推广等经营性科技研究和推广活动。政府科研资金分配缺乏成果导向激励，资金投入多少与成果大小挂钩不紧密，研发与推广分离，难以产生重大科技创新及其推广成果。国内外对转基因技术的后果长期存在分歧，影响了转基因技术在中国粮食作物品种选育中的应用，限制了粮食品种取得重大突破的技术路径。从粮食收获、运输、储藏、加工、零售到消费的各环节浪费粮食现象严重，超过了国际社会平均浪费水平，表明中国节粮型技术研发和推广不足，科技节粮的潜力还有待挖掘。
（四）粮食期货市场功能弱，最低收购价不尽合理
1.粮食期货功能未充分发挥
中国粮食期货市场交易品种少、规模小，对交易主体限制较多；市场交易主体发育滞后，结构不合理；期货市场立法滞后，监管模式不能适应发展需要；期货市场的基础即现货市场不发达，这些因素限制了中国粮食期货市场功能的发挥。农民售粮、企业购粮和政府决策都很少关注粮食期货市场及价格，期货市场最重要的价格发现功能未起到应有的作用。中国是世界最大的稻谷生产国和贸易国，稻谷又是中国第一大粮食作物。目前美国、印度、泰国等国家开展了稻谷类期货交易。中国曾在1993～1998年开展过稻谷期货交易，1998年国家整顿规范期货市场时取消了稻谷和玉米期货品种，2004年玉米期货恢复交易，但稻谷期货迄今仍未获批上市。稻谷具备良好的现货基础；价格波动较大，农民和企业急需规避市场风险工具；稻谷现货市场比较发达，商品化率较高，市场主体多元化趋势明显，已具备期货交易条件。大连商品交易所和郑州商品交易所在交易制度、技术系统等方面，为开展稻谷期货交易作了多年的充分准备。据有关人士分析，国内上市大米期货的呼声一直没有停过，之所以未设置稻谷期货的原因可能在于大米可存储时间不长，交割不便。除此之外，恐怕更深层的原因在于，有关方面对稻谷期货的准备不太放心，担心稻谷期货重蹈1998年前的覆辙，被追究过失责任，不得不过度谨慎。
2.最低收购价政策有待完善
2007年已出现通货膨胀的背景下，随着化肥等农资价格、机械作业费和人工费等快速上涨，粮食生产成本明显增加，但最低收购价依然保持2005-2006年的低水平，东北等不少地方的农民按最低收购价售粮后比较收益大幅下降，售粮积极性受挫。同时，国际粮价不断上涨，国家为控制通货膨胀，确保国内粮食供给，限制粮食出口，刻意压低了国内粮价，导致不少农民惜售粮食。尽管2008年提高了粮食最低收购价，但幅度很小，远不能弥补生产成本上升，不少农民种粮意愿下降，为今后粮食生产的大起大落埋下了隐患。可见，中国粮食最低收购价虽然制定时也考虑了生产成本和国际粮价等因素，但在实际运行中受宏观调控等因素影响，还未形成良好的联动机制。此外，世界最大的玉米出口国—美国2007年加工燃料乙醇的玉米达8500万吨，是同期美国玉米出口量的1.3倍左右；按照美国的有关规划，燃料乙醇消耗的玉米仍将逐年增加，这意味着今后中国寄希望于进口玉米满足国内饲料粮的战略将受到严重挑战。因此，适当保护和提高国内玉米生产能力的紧迫性和重要性日益凸现。然而，长期以来，政府有关部门和学术界大多认为只要手中有外汇，不愁进口不到饲料粮，玉米生产应该完全由市场调节，不太重视市场价格过度波动对玉米生产能力的破坏作用，也就未出台保护玉米生产能力的最低收购价政策。
（五）涉粮补贴政策不完善，难以调动农户保护和提高土地肥力的积极性
1.粮食直补目标定位不清
粮食直补政策制定的初衷，应该兼有粮食增产和农民增收双重目标。但不少地区粮食直补只与固定的计税面积挂钩，与种植面积和产量无关；只发给承包户，实际种粮户得不到。于是，许多地区粮食直补实际蜕变为按耕地发放的收入补贴，却带着刺激粮食生产的补贴“帽子”。究竟粮食直补的目标是增产、增收还是两者兼而有之，各级政府操作中模糊不清，导致地方政府和农民对此反应强烈。
2.涉粮补贴运行成本过高
目前粮食直补、农资综合直补和一些地区的良种补贴均直接划入农民存折或储蓄卡中，不少地区要求这些补贴与实际种植面积挂钩。这就需要填表、公示、检查、上报等程序来核实面积，操作环节多，涉及对象广，发放工作量大。许多地方相关补贴分次发放，重复操作，徒增工作量，乡村干部和农民很烦，挤占村级组织大量办公经费。
3.补贴支持的标的物缺失
一是秸秆还田设备缺乏补贴支持。秸秆还田对提高土壤肥力有重要作用，但搞秸秆还田的农户少。据2006年本课题600多农户的问卷调查显示，75%的农户未搞秸秆还田，20.6%的农户在田间焚烧秸秆，只有9.3%的农户采用机械化秸秆还田。农户之所以焚烧秸秆，除了人工还田太费力、家中不需要作饲料燃料之外，主要是没有机械化秸秆还田服务，还有“秸秆还田设备太贵”、“买不到还田设备”、“机械化还田费用太高”等原因。目前各地虽然有一些不同类型的秸秆还田设备，但技术尚有待提高，需要在简便、实用和价格等方面继续改进。国家近几年的农机补贴政策，有力地推动了大中型农业机械的推广应用，但秸秆还田设备不在其中，高价格和高服务费抑制了农户对秸秆实施机械化还田的动力。
二是尚未设立有机肥补贴政策。
随着农户收入水平逐渐提高，若缺乏适当的政府干预，在市场作用下，农户施用有机肥的比例会不断下降，土地肥力日益减弱。据2006年问卷调查显示，2005年种粮时，虽然72.6%的农户施过有机肥，但其中超过一半的农户施用量每亩不足1立方。农户不施有机肥除了无有机肥的最主要原因之外，还包括缺乏有机肥市场供应、性价比低于化肥、休闲成本上升、体面劳动要求增加、追求短期效益等因素。一方面，中国养殖小区畜禽粪便无法处理，环境污染日趋严重；另一方面，越来越多不兼搞养殖业的农户因缺肥源而不施有机肥。有机肥的集中分布与农户分散种植形成矛盾，有机肥长距离运输再施到田间地头的性价比高于化肥，制约了有机肥市场的发育。随着有机肥施用量的不断减少，耕地质量日益下降，国家却未出台鼓励施有机肥的补贴政策来矫正有机肥市场失灵现象。主要原因可能在于按照目前的补贴手段，其监督和操作成本过高而无法实施。
（六）化肥市场不健全，农资市场管理不到位
1.化肥期货市场尚属空白
目前中国已成为世界上第一大化肥生产国和消费国，化肥在粮食的生产资料成本中占到36.4%，对粮食综合生产能力有很大影响。但是，中国化肥市场发育迟缓，只有化肥现货市场，没有期货交易。化肥市场依然存在限价这类计划经济干预方式；流通主体分散，流通企业规模较小，缺乏全国性知名化肥品牌和大型化肥企业；市场环境较差，存在地方保护主义；市场流通效率低，资源配置难以优化。
2.农资市场监管秩序混乱
目前不少地方为了打击假冒伪劣化肥、农药、种子等农资的“坑农害农”行为，存在工商、质检、农业执法大队等部门重复检查、乱收费和乱罚款等问题，并且屡禁不止。症结可能在于，有关部门将检验费和罚款或明或暗地用来弥补办公经费的不足，甚至做为单位奖金和福利资金的来源。2008年国内外原油价格倒挂严重，国家补贴石油加工企业，限制柴油价格。因补贴机制不顺，市场监管乏力，导致农机户凭优惠加油卡只能限时、限量、排长队加油，不少农户被迫在黑市加高价柴油。
（七）国家对粮食平衡区和主销区激励和约束不足，削弱两地提高粮食综合生产能力的动力
中国中央财政的涉粮投入和补贴主要用于13个粮食主产区及其484个粮食主产县，对平衡区和主销区缺乏实质性的支持行动。国家主要采取粮食“省长负责制”的行政强制安排和“提倡、鼓励”等一般号召性措施，要求平衡区和主销区政府提高粮食综合生产能力。然而，粮食“省长负责制”及其向下级政府衍生的各级政府首长负责制，对粮食综合生产能力过度下降，并没有具体配套的硬性处罚规定。实践证明，种粮比较效益低，生产粮食越多的地区越吃亏，各地方政府缺少发展粮食生产的内驱力。虽然粮食安全责任被层层分解到各级政府承担，但粮食安全本质上是国家级的公共产品，最终由中央政府承担。各级地方政府除了有些政治压力外，没有动力帮助中央政府提供粮食安全类公共产品，都想将稀缺资源配置到比较效益高的非粮生产领域，以追求财政收入和地区增加值最大化。因此，平衡区、主销区的粮食综合生产能力呈下降趋势，将“吃粮”压力逐步推向主产区，以最大限度地分享中央政府提供的粮食安全公共产品。
（八）粮食物流关键环节支持不够，降低粮食安全保障能力
1.国家运输政策“重铁路、轻海运”
目前海运价格业已市场化，随着能源价格不断上涨，海运价格也水涨船高。但铁路运费享受国家补贴，运价明显低于海运价格。于是，东北粮食外运时，铁路超负荷运转，航运船舶大量闲置，运输资源配置严重扭曲。
2.“四散”作业缺乏足够的政府投入支持
一定区域要实现“四散”作业，从仓储设施、码头车站到运载工具的前期设施和设备投入高昂，一般企业难以承受；即使资金实力雄厚的企业能够做到，其中涉及部分公共运输设施，企业又难以涉足。“四散”作业是传统粮食物流向现代粮食物流转型的准公共产品，将提高全社会的粮食流通效率，节约粮食资源，利于保障粮食安全。由于国家主要在东北地区投入了“四散”设施和设备，其它地区基本靠市场化推进“四散”作业，进程非常缓慢，甚至不可能彻底实现“四散”作业。
3.支持销区扩大粮食储备的力度不足
主销区往往是引发粮食安全风波的先导性和敏感性地区，但该地区的粮食储备量和人均粮食储备却很低，应对粮食安全风险的能力令人担忧。不少人士呼吁将部分主产区粮食储备转向主销区，但现实情况不尽人意。其中一项主要原因可能在于有关方面尚未找到国家粮食储备在各产销区低成本、高保障度的布局方案。
（九）出口国随意限制粮食出口，严重威胁未来粮食安全
从历史经验看，一旦国际粮食市场趋紧，或者出口国自身粮食状况偏紧，便以各种借口变相干扰粮食出口的情形司空见惯。特别是2007～2008年国际市场出现“粮荒”后，越南、印度、乌克兰等许多国家为了确保本国粮食安全，纷纷采取提高出口关税、设置出口配额甚至禁止出口等各种限制粮食出口措施，表明WTO规则对其成员的粮食出口行为没有约束力。即使日本和瑞士等粮食进口成员国向世贸组织提出规范和约束各成员限制粮食出口行为的主张，也未得到各方积极回应。缺乏国际规则约束的世界粮食出口市场，出现了粮食出口国之间的“囚徒困境”博弈，不限制出口的国家短期利益损失更严重，迫使中国也加入限制粮食出口国行列。据预测，中长期中国可能要进口一定数量的玉米等谷物，以满足饲料粮甚至部分口粮的需求。随意限制粮食出口，破坏粮食进口国稳定进口的预期，迫使各国不惜资源代价追求粮食自给自足，引发粮食贸易保护风潮，扭曲全球粮食资源配置，加大中国未来耕地和水资源压力。因此，未来威胁中国粮食安全的主要隐患在于，如果玉米等饲料粮自给率降低到必须长期依赖进口时，一旦遭遇多国出口限制风潮，即使外汇储备充裕，也难以进口到足够的饲料粮，从而由饲料粮安全引发肉蛋奶等食品安全。
（十）沿用过时的粮食统计口径，将不断干扰国家粮食安全决策
从传统粮食口径中剔除大豆和薯类的习惯性阻力大。1998年进入新阶段后，大豆长期掩盖中国谷物类粮食自给率超过100%的现实，正在误导国家领导和有关部门对中国粮食安全水平的判断和粮食生产决策。因大豆自给率严重偏低（不足50%），大幅度拉低了粮食的自给率水平，导致国家有关部门不断刺激粮食生产。中国调控粮食产量变动的政策基本影响谷物产量，对大豆和薯类生产影响很小。中国粮食进出口贸易统计已与国际口径接轨，大豆不在粮食统计之列。如果我们因循守旧，继续沿用过时的粮食统计口径，就很难准确判断粮食安全状况，无法做出科学的政策选择，粮食安全很容易陷入要么过度安全，要么不安全的摇摆困境中。