与农业部毫无根据地宣称火蚁会毁坏庄稼攻击牲畜相比，对这种昆虫有着最亲密经历的阿拉巴马州的农业实验站则对此说法进行了细致的研究。阿拉巴马的科学家称：“总体上看，很少见到其对植物产生危害。”阿拉巴马工业学院的昆虫学者F.S.艾伦特博士（其于1961年任美国昆虫学协会主席）称他的部门“在过去五年中并未收到任何一份火蚁对植物造成危害的报告……也没有观察到对于牲畜的危害”。那些真正在田野和实验室里观察火蚁的人说火蚁主要以其他各种昆虫为食，而这些昆虫大部分都被认为有损于人类利益。火蚁被观察到从棉花上捕食象鼻虫幼虫。它们堆筑土堆的行为可以给土壤充气和排水，起着有益的作用。阿拉巴马州的研究得到了密西西比州立大学调查的支持，而且比农业部的证据令人印象更为深刻，显然农业部的结论主要以其与农民的谈话以及以前的研究为基础，而农民很容易就将火蚁和另外一种蚁弄混。一些昆虫学者相信随着火蚁数量的增加，它们的饮食习性已经发生了改变，因此那些几十年前做出的研究现在已经没什么价值了。
而火蚁会危害健康及生命的说法也需要大量修正。农业部赞助了一部宣传电影（以获取对于该项目的支持），该电影围绕火蚁的刺建造了一些恐怖场景。确实被刺到会很痛，而且应该建议人们防止被刺，就像人们平常避免被黄蜂和蜜蜂刺一样。敏感的个人偶尔可能会出现严重的反应，而医学史上或许记录了一则死亡案例，但也并不确定其死因确实是火蚁的毒液。与之相反，死亡统计办公室1959年就记载了33人死于蜜蜂或马蜂的刺。然而似乎没有人曾提议要“消灭”这些昆虫。同样的，当地的证据更可信。虽然火蚁已经在阿拉巴马生活了40年，而且在当地极为密集，该州健康部门官员称“在阿拉巴马，从未出现过由于外来火蚁咬人导致人类死亡的事件”，并且认为因为火蚁咬人而引发的医学事件是“偶然的”。火蚁在草坪和操场上垒的土堆可能会让孩子们容易被刺，但这很难为在几百万公顷的土地上洒上农药的行为开脱。而通过对土堆进行单独处理很容易就能解决上述问题。
而所谓的对于鸟类的危害，也缺乏证据支持。一个在此问题上很有发言权的人是阿拉巴马州奥伯恩野生动物研究单位的领导人，莫里斯·F·贝克博士，他在这一领域有多年经验。但是贝克博士的观点与农业部的说法截然相反。他说：“在阿拉巴马南部和佛罗里达西北部，我们有大量的猎鸟和美州鹑和外来火蚁共存……在阿拉巴马南部有火蚁存在的40多年里，猎鸟的数量一直保持稳定而大量的增长。显然，如果外来火蚁会对野生生物产生严重危险，这种情况就不可能存在。”
而为了消灭火蚁而使用的杀虫剂对野生生物产生的影响则是另外一回事了。要使用的化学剂包括狄氏剂和七氯，都是较为新型的杀虫剂。对于二者的使用都没什么实地经验，没人知道大规模使用时，它们会对鸟类、鱼类以及哺乳动物产生何种影响。但是知道这两种药物的毒性比DDT都要强好多倍，而DDT在那时已经有约十年的使用经验，每公顷一磅的DDT就能杀死一些鸟和许多鱼。而狄氏剂和七氯的用量更高——大多数情况下为每公顷2磅，或者如果同时要治理白边甲虫的话，则每公顷使用3磅狄氏剂。在此剂量下，七氯对于鸟儿的影响相当于每公顷20磅的DDT，狄氏剂则相当于120磅DDT！
州内各环保机构、全国环保机构、生态学家乃至昆虫学者发起了紧急抗议，要求农业部秘书长以斯拉·班森将该项目延期，至少等做出研究，了解了七氯和狄氏剂对野生和家养动物的影响，确定能够治理火蚁的最小剂量。这些抗议遭到了无视，该项目于1958年开始。第一年对100万公顷土地进行了治理。这个时候，很明显任何研究都只能称为尸检了。
随着项目的继续，州内和联邦野生动物机构及几家大学的生物学家进行了相关研究，事实逐渐累积起来。各项研究表明在一些受到处理的地区，野生动物遭到了破坏，甚至全军覆没。家禽、牲畜还有宠物也被杀死了。农业部无视了所有相关损失的证据，认为它们太过夸张，会误导公众。
然而事实在不断堆积。在得克萨斯哈丁郡，负鼠、犰狳以及大量浣熊在喷洒了化学药物之后几乎消失。即使在喷药后的第二年秋天，仍然少见这些动物的踪迹。在该地区仅有的几只浣熊体内也包含化学物质残留。
在对喷药地区发现的死鸟进行化学检测后发现，它们吸收或者吞咽了用于治理火蚁的毒药。（唯一存活的鸟类就是家雀，其他的确也有一些证据显示它们的抵抗力相对较高。）阿拉巴马一大块于1959年喷了药的土地上，一半的鸟都被杀死了。那些生活在地面上或多年生低植被中的鸟儿死亡率为100%。即使在喷药一年后的春天，仍然没有任何鸣禽的踪影，许多优良筑巢区都非常安静，没有鸟类来过。在得克萨斯，鸟儿的巢穴中发现了死去的燕八哥、斯皮扎雀和草地鹨。得克萨斯、路易斯安那、阿拉巴马、乔治亚和佛罗里达的死鸟样本被送往鱼类和野生动物管理局进行检测，发现超过90%的样本中都含有狄氏剂或七氯的某种形式的残留，浓度高达百万分之三十八。
鸟鹬在路易斯安那过冬但在北方繁殖，现在体内含有火蚁毒药的污染物。这种污染的来源非常明显。鸟鹬主要以蚯蚓为食，用它们长长的嘴在土中啄食蚯蚓。在喷药6到10个月之后，路易斯安那州幸存的蚯蚓体内仍含有百万分之二十的七氯。一年之后，这一数字仍高达百万分之十。鸟鹬体内的毒药虽不致死，但也有其他后果，在火蚁项目进行后的当年就能看到幼鸟体内的毒药相较于成鸟显著降低。
对于南部的打猎者而言，最担忧的就是美洲鹑的遭遇了。这种在地上筑巢觅食的鸟，在受过处理的地区已经被消灭了。所有送去鱼类和野生动物管理局进行分析的样本中都含有足以导致其死亡的杀虫剂。阿拉巴马州是得克萨斯州情况的复制版，2500公顷喷洒过七氯的土地上，所有的美洲鹑都被消灭了。还有九成的鸣禽和这种鹑一起消失了。同样的，分析表明在这些死鸟的组织内含有七氯。
除了美洲鹑，野火鸡的数量也因为火蚁项目严重减少了。使用七氯之前，阿拉巴马州威尔科特斯县的一个地方能看到80只野生火鸡，但在喷完农药后的那个夏天，一只都找不到了——除了一窝没有孵化的蛋和一只已经死去的幼鸟。野火鸡和它们的家养兄弟们命运一样，当地农场的火鸡在喷了农药之后也很少能生出小鸡。很少有蛋能孵出小鸡，生出来的也几乎没有能活下来的。附近没有喷药的地方却不是这副光景。火鸡的命运绝非独一无二的。本国最负盛名也最为人所尊敬的生物学家之一，克劳伦斯·寇唐博士拜访了一些农民，他们的土地都喷了农药。除了注意到喷药之后好像“树上的所有小鸟”都消失了，大多数人都说牲畜、家禽和宠物受到了损害。其中一个人“对控制作业的工人非常生气”，寇唐博士在报告中写道：“因为他埋了或处理掉了19头因为喷药死掉的牛的尸体，他还知道其他三四头牛也会因为同样的原因死去。从出生起就只吃牛奶的小牛也死了。”
寇唐博士采访的人都为喷药之后几个月里发生的一切大惑不解。一位女士告诉她，在周围的土地都被毒药覆盖之后，她让几只母鸡坐窝，“却发现很少有小鸡能孵化并存活，她为此很不理解。另外一位农人“养猪，在洒药之后整整九个月里，他都无法养活小猪。猪仔在出生时或出生后就死了”。还有一位农民也有同样的报告，他说在35个猪窝里大概有250只小猪，却只有31只存活下来。这个人从喷药之后也几乎没办法养鸡。
农业部一直否认牲畜的死亡与火蚁项目有关。然而乔治亚州班布里奇的一位兽医奥蒂斯·L·波特维特博士却在治疗了许多受影响的动物之后，总结了为什么要把死因归咎于杀虫剂。火蚁项目实施后两周到数月之内，牛、羊、马、鸡、鸟和其他野生生物开始患上和神经系统有关的不治之症。只有能够接触被污染的食物和水的动物会受到影响。圈养的动物尚不在其列。只有在进行了火蚁项目的地区有这种情况。对于这种疾病的实验室测试结果为阴性。描述狄氏剂和七氯中毒症状的官方文本中就包含波特维特博士和其他兽医观察到的症状。
波特维特博士还描述了一个引人注意的案例，一个两个月大的小牛表现出七氯中毒的症状。人们对这头小牛做了详尽的实验室分析。只有一个发现引人注意，它的脂肪内含有百万分之七十九的七氯。但此时已经是喷药五个月之后。这头小牛从食物中直接摄入了毒药还是从母乳甚至在出生前就间接摄入了呢？“如果毒药来源于母乳”，波特维特博士问道，“为什么没有采取特别的预防措施防止我们的孩子饮用当地的乳制品呢？”
波特维特博士的报告提出了有关于牛奶污染的一项重大议题。火蚁项目包含的地区主要为牧场和耕地。在这些地方觅食的奶牛会怎么样呢？喷药地区的牧草不可避免地会以各种形式含有七氯的残留，如果这些残留物被奶牛吞食，毒素就会出现在牛奶中。远在该项目尚未开始之前的1955年，就有实验表明七氯可以直接传输至牛奶中，后来关于狄氏剂也有相同的报告，而这种物质也被用于火蚁项目中。
现在农业部的年刊中称七氯和狄氏剂会使饲料植物不适宜供应给产奶和产肉动物，然而农业部的控制部门发起的项目却计划将七氯和狄氏剂洒在南部大片牧草地。谁能保障消费者在牛奶中看不到狄氏剂或七氯的残留物呢？美国农业部必然会回答称自己已建议农民让奶牛远离喷药区30至90天。鉴于许多农场面积之小而该项目面积之广——大部分药物都由飞机喷洒——让人非常怀疑人们是否遵守了这一建议抑或能否遵守。而根据残留物持久的特性来看，其规定的时间也不够长。
食品和药物管理局虽然对于牛奶中含有残留物的情况非常不满，却没什么发言权。火蚁项目涉及的大部分州立乳制品工厂规模较小，产品没有穿越州际界线。要想维护因为该联邦项目而出现危机的牛奶供应，只能靠各州自己。1959年对阿拉巴马、路易斯安那和得克萨斯卫生官员和相关机构的问询表明，没有进行任何测试，人们并不知道牛奶中是否含有杀虫剂污染物。
同时，在该项目开启之后而非之前，人们对于七氯的特别属性进行了研究。或许更准确的说法应该是，有人查阅了已经发表的研究成果，联邦政府这一迟来的行动起因于这一简单的事实：七氯在动植物组织或在土壤中存在一段时间后，会以毒性更强的环氧七氯的形式出现。而一些研究在几年前就发现了这一事实，该项目一开始的处理方式本应受到这些研究发现的影响。环氧化物通常被称为风干作用产生的“氧化产物”。1952年就知道了这种转化的存在，当时食品和药物管理局发现母鼠摄入百万分之三十的七氯仅仅两周后，体内贮存了百万分之一百六十五的毒性更强的环氧化物。
上述事实于1959年才遮遮掩掩地出现在生物学文献中，当时食品和药物管理局采取了措施，禁止食物中含有七氯及其氧化物的任何残留。这一规定至少暂时阻止了该项目；虽然农业部仍然为其每年向火蚁项目的拨款做宣传，当地农业部门却逐渐不愿意建议农民使用那些会让其作物无法合法售卖的化学物质。
简而言之，农业部在开启该项目时甚至为就即将使用的化学物质的已知信息进行了基本调研——或者就算它调查了，它也无视了种种发现。它一定也没有进行初步研究，判断最少使用多少化学物质就能完成其目标。在大剂量喷药三年后，它突然于1959年将七氯从每公顷2磅减少至1/4磅；之后又改为每公顷1/2磅，分两次喷洒，每次1/4磅，中间间隔3到6个月。该部的一名官员解释称，“一个积极的方法改进项目”表明较低的浓度会更有效。如果在项目启动之前就能获取这些信息，就能避免大量危害，纳税人也可以节省一大笔开支。
1959年，或许是为了消除对于该项目逐渐增多的不满，农业部提出向得克萨斯的土地所有者免费提供农药，只要他们能够签署一项声明，称联邦、州及当地政府所造成的危害不负责任。同年，阿拉巴马州对这些农药所产生的危害感到担忧及愤怒，因而拒绝再为该项目提供任何资金。该州一位官员将整个项目描述为“草草调研、匆匆上马、计划不周，是一个倚强凌弱、将责任归咎于其他公共和私人机构的典型例子”。尽管缺乏州政府的资金，联邦政府仍不断将资金注入阿拉巴马州，1961年当地立法部门再次被说服为该项目进行小规模拨款。同时，路易斯安那州的农民越来越不愿意签署该项目的协议，因为很明显，为消灭火蚁而使用的化学药物造成那些对甘蔗有害的昆虫大行其道。此外，这个项目显然一事无成。路易斯安那州州立大学昆虫学研究的主任于1962年春天对该项目的凄凉处境进行了精练总结：“截至目前，由联邦机构和州立机构共同发起的 ‘消灭’外来火蚁的项目全盘失败。现在路易斯安那州受到火蚁侵袭的地方比项目开始时还要多。”
人们似乎开始向更加理智、保守的方法倾斜。佛罗里达州称“现在佛罗里达的火蚁比项目开始时还多”，宣布当地将摒弃任何进行大范围清理项目的想法，而将注意力转向本土的治理方法。
当地的治理方法有效而便宜，已经有多年历史。火蚁有堆积巢丘的习性，针对单独巢丘进行化学处理是非常简单的。这种处理方法的花费大约为每公顷一美元。如果巢丘数量众多，需要机械化的方法，密西西比农业实验站发明了一种耕田机，能够先将巢丘铲平，再向其中直接喷洒化学物质。这一方法可以实现对火蚁90%到95%的控制。而与之相对，农业部的大型控制项目每公顷费用约为3.5美元——在所有方法中最昂贵、造成最多危害却收效最小。