和国有资本经营预算收入及管理相对应，国有资本经营预算中另一个关注重点是国有资本经营预算支出及管理。对此，首先要充分考虑国有资本经营预算履行政府宏观调控职能的需要，明确国有资本经营支出预算的构成要包括支付国企改制成本、国有资本经营性再投资、弥补公共财政预算和社会保障预算缺口等重点内容。对于国有资本经营性再投资，要严格控制规模，选准投资领域，并且应当积极探索市场化运作的新方式，避免产生新的政资不分、政企不分。此外，对于国有资本经营预算支出，要分别加强编制、执行、批准环节上的科学管理，要充分反映政府预算体系的完整性要求，反映政府资金统一管理的基本要求。同时，国有资本经营预算支出应当包括在国有资本经营预算之中，统一经由各级人大机构的讨论、审议和修改。对于批准的预算，必须严格执行。
在定位国有资本经营预算支出的构成时，应当并重考虑国有资本预算的宏观调控职能和促进国有资产保值增值的需要。因此，国有资本经营预算支出既要配合公共财政，支付一部分改革成本，弥补公共财政预算缺口和社会保障基金预算缺口；同时要直接服务于国有资产保值增值，把一部分国有资本经营预算支出用于国有资本的经营性再投资，服务和服从于国有经济结构调整、重点行业或领域的产业技术升级、保障国家经济综合安全等一系列重大目标的实现。
一、改革成本的支付
对于转型经济国家，一个不可回避的事实是存在大量的改革成本。在我国计划经济几十年的形成和运行过程中，已经具备了一定的路径依赖特征，如果退出这一路径转向新的市场经济路径，必然涉及一系列可能发生的成本，如产权制度转换、市场经济主体的培育、市场环境的建设等等。而这些成本很难由市场迅速消化，往往最可行和最便捷的买单者就是政府公共财政。国有资本经营预算实施后，其收益应主要用于协助公共财政预算来支付改革成本。
1.国有资本经营预算支出应首先用于支付国企改革改制成本
应该说，多数改革成本都与培育和打造新的市场经济主体有着直接或间接的关系，也就是说都和支持国有企业改制重组有着密切关系。所以，国有资本经营预算收入来自于国有资本经营收入，也应主要用于国有企业的改革改制，如用于职工安置、身份转换、政府担保性支出（贷款担保）、其他政府决策因素导致的企业历史遗留问题的解决等。需要强调的是，必须以发展的、全局的眼光来看待国有企业改制及其重组成本支出，而不能把其简单地理解为扶弱帮弱、填窟窿。社会主义市场经济的发展及公平竞争秩序的维护，要求用股份制这样一种新的企业组织形式来替代国有企业。随着计划经济向市场经济的根本性转变，国有企业的历史使命已经完成，绝大多数国有企业要改制为规范的股份制公司。西方国家市场经济体制的经验以及我国改革开放以来国企改革的经验表明，对国有企业自身来说，只有改组改制才是激发活力、提升市场竞争能力的必由之路。因此，设置改制和重组成本支出实际上是在以较小的成本支出换来可持续发展的更大空间。在支出对象的安排上，也不一定局限于经营困难企业，同样可以用于扶持运营较好的国有企业的改制重组成本支付。
2.国有资本经营预算要和公共财政共同完成改革成本的支付
经济体制改革需要支付成本，其他的改革如社会体制改革也需要支付成本。在实施国有资本经营预算之前，公共财政是改革成本支付的主要载体，公共财政一直在为各项改革支付成本。仅以经济体制改革中的国有商业银行市场化为例，国有商业银行的每一步改革都伴随着公共财政的巨额成本支付，金融不良资产剥离，公共财政支付了成本，国有商业银行上市，公共财政还要再支付成本。公共财政为支持改革而支付的成本，有的是地方财政支出，有的是中央财政支出的。随着以经济体制为主导的单向改革转变为经济政治社会体制的全面改革，中国的改革进入了一个新的阶段，也进入一个攻坚阶段。在全面改革的攻坚阶段，需要支付的改革成本更大，公共财政需要继续为经济体制改革的深化支付成本，还要为政治体制改革、社会体制改革支付成本。与经济体制改革循序渐进分阶段支付成本相比，在全面改革的攻坚阶段，改革成本要求在几年内集中式的大额支付，公共财政面临更大的支付压力。所以，需要通过国有资本经营预算减轻公共财政支付改革成本的压力。
二、国有资本用于经营性的再投资
按照中共十六大和中共十六届三中全会精神，经济改革的方向是要毫不动摇地巩固和发展公有制经济，发展壮大国有经济。为了保证国有经济对国民经济命脉的控制，增强我国的经济实力、国防实力和民族凝聚力，必须充分发挥国有资产保值增值的作用。同时，国有资本作为宏观调控衍生手段的职能也需要以国有资产保值增值为依托。因此，国有资本经营预算支出应当把国有资本经营性再投资放在首位，即通过资本的扩张属性，实现对重点行业、重点企业的支持，获得更多的经济收入和战略利益回报。
1.经营性投资的统筹调配
国有资本经营预算的设立，使出资人可以集中国有资本经营收入，并依法统筹安排相关支出。在国有资本经营预算支出统一调配经营性投资的过程中，首先可以通过支出方向和规模的倾斜，集中体现国有经济结构调整和产业技术升级政策，对关系国民经济命脉的重要行业和关键领域加大资金投入，保证国有经济的支配地位，在创利能力弱的公共设施与公共服务领域、在市场机制不能或尚不能完全发挥作用的行业和领域加强国有资本的作为，保证人民群众的基本生活需求；其次，扶持壮大一批国有大企业、大集团，帮助这些企业提升国际竞争力，壮大国有经济实力；再次，体现国家区域政策，支持“老少边”等经济落后地区的经济建设等等。类似作用的发挥都需要集中的、大规模的资金，国有资本经营性再投资的统筹调配可以实现相关的资金调度安排。
2.经营性投资要以国有经济结构和布局调整为主要战略目标
在国有经济结构和布局调整中常常提到国有资本的“有进有退”，其中的“进”是国有资本进行经营性投资的形象说法。国有资本经营性投资应当“进而有为”，切实服从国有经济结构和布局调整的总体目标。具体而言，这种服从表现在经营性投资的方向和规模上。在方向上，经营性投资要谨慎选择投资产业和行业，要巩固国有经济收缩战线的已有成果，避免出现新的分布过宽的局面，避免国有资本增量投入的失衡而加重存量结构上的畸形，保证国有资本对战略性产业和行业的倾斜。在规模上，经营性投资既要合理分配，有所侧重，确定优先企业和优先项目；同时还要严格控制在不同经济领域和行业的规模总量，积极探索以增量投入促进存量激活的新路子。
3.国有资本经营性再投资的使用方向
国有资本经营性再投资本质上是一种调高国有资本存量的行为。从国资部门的角度出发，国有资本经营性投资的使用大致可以包括如下形式：①新投资项目、对项目追加投资以及回购产权，这主要是针对国有独资企业或独资公司来说，其性质属于直接新增或追加国有资本金；②作为发起股新设股份公司或增购、回购股权，这主要是对国有资产运营机构、国有控股或参股公司而言，是一种增加国有股权份额的行为。在具体使用中，除了一些资金数目庞大的、项目意义重大的发展项目由国资部门直接规划处理外，其他一些中小规模的项目资金应该把主动权给相关国有资产运营机构和企业，国资部门主要行使审核监督的管理权能。
三、弥补公共财政预算和社会保障基金预算缺口
国有资本经营预算支出构成的第三类重点是弥补公共财政预算缺口和社会保障基金预算缺口，满足社会公共需要、防范公共风险。同时实现国有资本管理的宏观目标，促进国有资本预算、公共财政预算和社保基金预算三种预算的统一和平衡。
1.弥补公共财政预算缺口
当国有资本经营预算支出用于弥补公共财政预算缺口时，国有资本的形态由资金转化为固定资产或其他消费性支出，不再形成国有资本增量，实现的是国有资本的“退”。这部分支出的具体项目应当由公共财政预算统筹安排。可以考虑在公共财政预算中设立国有资本经营预算支持基金账户，账户资金由国有资本经营预算逐年划拨，在国有资本经营预算中体现为支出，并规划5年度或10年度的支出数额以及分解的年度数额；而在公共财政预算中体现为收入，由每年的政府预算统一用于公共财政预算缺口弥补，结余部分可以滚动积累，用于下年或应对突发公共事件。在公共财政预算中，国有资本经营预算支持基金的支出方向以形成公共公益类国有资产、提高公民福利水平以及防范公共风险为主。
2.弥补社保基金预算缺口
国有资本经营预算支出应当体现对社保基金预算缺口的弥补，这项支出和对公共财政预算缺口的弥补一样，国有资本的形态发生变化，不再追求利润回报，也属于国有资本的“退”。改革开放以来，我国社会保障制度模式经历了由企业保险向社会统筹的转化，并作为核心举措之一在2000年9月建立了全国社会保障基金。但是，基金一直存在巨大缺口，而且其中一部分缺口是由于经济转型所造成，或者称为制度转型性隐含债务。对于这部分制度转型性资金缺口，可以通过减持国有资本的方式进行弥补。国有资本经营预算支出对于社保基金预算缺口的弥补同样属于减少国有资本存量的行为，届时国有资本以资金形态转由社保基金运营。对于国有资本经营预算支出来说，应当提前规划出未来5年度或10年度用于弥补社保基金缺口的资金，并相应落实到年度预算，按年度划拨给社保基金预算。