八月十日上午，毛人凤心慌意乱地拿着刚从南京街头墙壁上撕下来的四幅题为《穿连裆裤》的石印漫画、两幅题为《在青天白日下》的木刻漫画去见蒋介石，要求蒋介石批准国防部保密局进行侦破，逮捕漫画的制作者和张贴者。蒋介石沉默不语，铁青着脸先拿起一幅石印漫画看了看，见上面画着他的右路膊挽着冈村的左胳膊，两人笑逐颜开地共穿一条连裆裤。木刻漫画上，画着冈村跪着匍匐在地上，身上覆盖着国民党的青天白日党旗，只露出个破裤裆裹着的半个屁股和两只光脚板。使毛人凤感到意外的是，蒋介石既没有习惯地骂“娘希匹”，也不同意他的意见。他冷冷地说：“你们不必大惊小怪，唵！这个这个，派人把这些漫画撕掉就行了，唵！”
舆论是可怕的。毛人凤走后，他给新任国防部长何应钦打电话：“是敬之兄吗，唵？你们还是让冈村宁次住到江湾战犯监狱去。这个这个，应该向他说明，唵，这样做，可以说是保护性拘留。另外啦，唵，在适当的时候，对他进行必要的审讯，希望他能够理解，唵！”
冈村在八月十一日的日记里写道：
国防部派吴永明先生来上海通知我入狱，并转告蒋委员长与何学长对我的关怀。我完全理解，深深感谢他们。
为了入狱方便，冈村剃了光头。他在八月十四日的日记里又写道：
想到社会舆论对中国政府的压力，今日入狱，于心始安。
在监狱里，冈村住着一卧室一卫生间的小套间，不仅可以会客，而且可以在院内自由走动；监狱还派一个名叫邬志文的中年人为他做饭菜、送茶水、扫地和洗衣服，中山博士仍与过去一样，每天为他检查一次身体。上午十点以后，房间里的气温比较高，邬志文就将藤睡椅搬到树阴下，让他躺在上面看书报。冈村对前去看望他的汤恩伯说：“一切都与我住在自己家里一样，丝毫没有蹲监狱的感觉。”
南京审判战犯军事法庭决定八月二十三日对冈村进行公审。先天晚上，典狱长孙介君遵照何应钦的意见，将有关情况告诉冈村：“本来，蒋总统无意使冈村先生受审，但考虑国内外舆论，不得已而为之。让先生受审仅仅是一种形式而已，不要存在任何畏惧心理。蒋总统与何部长、汤总司令都说过，希望先生在受审时，对中国人民在八年抗战中遭受的痛苦要表示痛心，以求得谅解。”
“好，好！”冈村很感动，“我遵嘱照办。”
临时法庭设在塘沽路上海市参政会礼堂。审判台上用麻绳挂着四个大字：“公审大会”，既含糊又不含糊；既说明问题，又不使冈村受刺激，恰到好处。
台下坐着一千二百余人，他们是各省市的代表，军队代表，各国驻华使馆代表和新闻记者。八点四十五分，军事法庭庭长石美瑜，法官叶在增、葛召荣、李之庆、宋书同，检察官陈光虞、书记官张体坤，在台上前排座位上就坐，指定辩护律师江一平、杨鹏、钱尤生坐在第二排座位上。
五分钟之后，身穿灰色西服，头戴灰色礼帽的冈村，由四名法警押入法庭。他摘下礼帽向台上深深一鞠躬，又向台下深深一鞠躬，然后提着礼帽面对台上立正站着。
九点整，石美瑜宣布开庭：“公审大会开始！下面，由被告说明自己的姓名、性别、年龄、籍贯和身份。”“是！”冈村沉沉地点了下头，“本人是冈村宁次，男，六十六岁，日本东京人，前日本驻华派遣军总司令，陆军大将。”
石美瑜说：“现在，由陈光虞检察官宣读起诉书。”
起诉书说远不说近，说轻不说重，而且非常抽象：“被告在华时间长达十六年之久，较之其他战犯的犯罪事实要多。民国十四（一九二五）年至十六（一九二七）年任皖系军阀孙传芳的军事顾问，为孙传芳割据浙、闽、赣、皖、苏五省出谋划策，破坏中国的统一。翌年，他任日军步兵联队长，参与由大仓利通师团长指挥的攻打济南的战争，屠杀中国军民五千余人。中国政府派交涉员蔡公时等十七名外交官前往济南与日军交涉，结果蔡被日军割掉耳朵和鼻子，几天后蔡与十七名外交官惨遭日军杀害。”
陈光虞念到这里，冈村按照蒋介石等人“要表示痛心”的吩咐，呜呜咽咽哭将起来，又向台上台下各鞠一躬。他抹着眼泪说：“我有罪，我有罪！虽然攻打济南由大仓指挥，在那里实行大屠杀和割掉蔡公时先生的耳鼻是他的主张，但我应该劝阻。可是，我没有这样做。有罪，我有罪！”他连捶两下胸脯，把罪责推得干干净净。
石美瑜一击惊堂木：“等起诉书念完了你再说！”
陈光虞继续念道：“民国二十一（一九三二）年，被告作为上海派遣军副参谋长，参加了侵占上海的战争，使四千多个无辜市民死于非命。翌年五月，被告与中国代表熊斌签订了《塘沽协定》，使日军进一步控制了整个华北。被告出任关东军副参谋长兼驻伪满洲国大使时，为伪满的所谓独立出谋划策，又一次破坏中国的统一。”关于冈村在华北、华中实行残酷的“三光政策”，起诉书一字不提。陈光虞最后说：“被告率部驻华北期间，以及后来任驻华派遣军总司令期间，多次发动侵占中国领土的战争，使中国造成不可估量的损失。”
石美瑜说：“下面由辩护人江一平律师为被告辩护。”
“庭长先生！不用辩护人为我辩护。”冈村显得很沉痛，“起诉书说的全是事实，我一概认罪！我深深感到对不起中国人民。”他又哭将起来，“不论法庭怎样对我量刑，我都甘领甘受！即使判我死刑，我也是死有余辜！”
历时四十分钟的公审，谁也不直呼冈村宁次的名字，颇有点礼貌相待。石美瑜宣布退庭后，冈村哭哭啼啼离开法庭。
当天晚上，冈村怀着复杂的心情，给在日本大东亚省任课长的长子冈村忠正写信：
今天，我第一次受审，开始不免有些紧张，但听完检察官念完起诉书之后，紧张的心情就消失了。按起诉书的陈述，无论如何定不了我的罪。不过，我还是按照中国政府有关领袖的叮嘱，在法庭上显得十分沉痛，居然三次流了泪，连我自己也不知道这泪是怎么出来的。但我注意到了，我的流泪并没有打动多少与会者的心。关于我的问题，最大矛盾是中国最高当局与老百姓的看法不一致。然而，我相信，只要中国的现政权不被共产党所取代，我就有生还故土的希望。遗憾的是，中国正在进行的这场内战，国军累战累败。因此，我仍然忧心忡忡。
正因为如此，当一九四九年一月蒋介石下野时，冈村如丧考妣似的痛哭了一场，而且伤心得一连两天只吃了两个馒头。何应钦知道后，派秘书王顺民去监狱安慰他。王顺民对冈村说：“何部长说，蒋总统名义上引退，但中国的实权还掌握在他手里，请冈村先生放心。本来，政府早就想宣布先生无罪回国，但考虑国际法庭对一批定为甲级战犯的人尚未做出最后的判决，让先生回国十分不利，所以仍让你暂时留在中国。”
“依王先生判断，我什么时候能够回国？”冈村问。王顺民说：“估计快了。”辽沈、淮海、平津三大战役结束后，解放军兵临长江北岸，严重威胁着南京。一月二十二日晚上，代理总统李宗仁与刚回到老家溪口的蒋介石通了电话，决定国民政府迁往广州。第二天，何应钦偕同曹士澂飞抵溪口，为在押战犯的处理向蒋介石请示。
曹士澂向蒋介石报告说：“我们先后从东京引渡来中国接受审判的乙、丙级战犯两千二百五十六人，已被判处死刑的一百四十五人，病死监狱的四十七人，被判有期徒刑的二百五十一人，无期徒刑一百四十九人。业经调查不能定罪的一千六百六十四人，外加冈村宁次。”
“我们来见总统，就是请示这些战犯如何处理，冈村是否可以在最近宣布无罪释放？”何应钦说。“我已经引退回家当老百姓了，唵，不要叫我总统。”蒋介石煞有介事地说。“不！”何应钦显得很深情，“你现在是，将来仍然是党国唯一的领袖！那就请允许我叫领袖吧。”
“你们向德邻（李宗仁）兄请示过没有，唵？”蒋介石问。
何应钦说：“请示过。是他吩咐我们来见领袖的。”
“我看啦，唵，不能定罪的就释放，判有期徒刑的也释放，冈村宁次同样释放，唵！”蒋介石说，“这个这个，请敬之兄转告冈村，以后我还要聘请他当顾问，唵！”他很气愤，“我们之所以败到这步田地，这个这个，原因很多，唵！但其中有一条，就是我们高级将领违背了冈村的战略战术，唵！”
一月二十四日下午十时，仍在上海市参政会礼堂，由石美瑜主持对冈村进行第二次，也是最后一次审判。审判是在小范围内进行的，只有二十一名中国记者在场。
十点过五分，石美瑜宣布判决书：
本案被告于民国三十三（一九四四）年十一月二十六日接任中国派遣军总司令。所有长沙、徐州各会战日军之暴行，以及酒井隆在广东之犯罪，松井石根和谷寿夫在南京之大屠杀，均系被告到任之前发生的事，与被告无关。被告在任期间，中国军队作战大有发展，日军陷于孤立，战争意志丧失。虽然驻湖南、江西、浙江等地之日军曾发生过零星罪行，已由该驻军直接上级落合甚九郎、菱田元四郎等承担罪责，本庭已分别判刑，现在服刑中。以上零星罪行无以证明与被告有联系，因而不应负共犯罪责。日本投降后，被告立即停战，率百万大军奉命投降。综合以上各项，依法判被告无罪。
冈村两眼噙着泪水听完宣判，向台上台下各一鞠躬：“衷心感谢中国政府的宽大为怀，衷心感谢中国政府的宽大为怀！”一月二十八日，中共发言人关于命令国民党政府重新逮捕冈村宁次的谈话发布时，冈村已由十名中国便衣武装保护乘船到了日本福冈。这些，都是半年以后的事了。现在，再回到一九四八年十一月。这天，冈村在监狱里看报，当他看到远东国际军事法庭于十一月二十三日将东条英机、土肥原贤二、松井石根等七名甲级战犯处以绞刑的消息时，既有兔死狐悲的凄怆，也有为自己仍活在人间而庆幸的喜悦。冈村想到自己的逍遥法外，就想到一个人。他从一份杂志上撕下他的一帧彩色照片，恭恭敬敬地将它贴在墙上，然后深情地对着照片三鞠躬，又泪流满面地喃喃自语，“蒋总统！如果没有你，肯定我会与东条诸君一道被绞死！我的救命恩人，愿你寿比南山！”