十八日上午十点五十分，米切尔刚指挥机群飞离布因上空，躲在伤兵营里目睹这场空战的神田正种，带领二十多名官兵，奔赴山本座机坠毁的巴达维斯山。这里是一片次原始森林，天然橡胶树、檀香树、榕树和一些不知名字的热带灌木林长得密密麻麻，使人无插足之地。他们只好朝着仍在燃烧的方向，用刺刀边砍边走。砍到距离出事地点约一里左右时，在布因北面临时军用机场着陆的宇垣，领着渡边、黑岛、原田和佐藤等人赶来了。一切都在意料之中，只不知山本等人已被烧成什么样子！大家想到山本在偷袭珍珠港，在进攻菲律宾、新加坡、马来西亚、印度尼西亚、威克岛、新几内亚和加罗林群岛等一系列的海战中的赫赫战功，祈祷保留一个还能够辨认的完整尸体。他们知道烈火的无情，多赢得一分时间多一分希望。在宇垣和神田的督促下，士兵们砍得更快了。
劈砍了约两个小时，宇垣、神田等人终于来到了山本丧生的地方。火势借着堆积的枯枝落叶的力量，继续向四周快速蔓延。他们用树枝扑火，好容易才打开一个缺口。但烧过的地方，地面上堆积着一尺多高通红的灰烬，未烧完的树干还在燃烧着，望着一里外的飞机残骸无法开步。他们见仍有淡淡的烟雾从飞机残缺处往外冒，都心急如焚。
这对于山本五十六，也许是一而再，再而三的报应！天气酷热，又面对烈火炙烤，一个个汗流如洗，口干舌燥，而且已经饥肠辘辘，承受山本之死带给他们的活煎熬。“弟兄们！下山设法找桶挑水，浇出一条路来！”神田伸着干燥的舌头舔着干燥的嘴唇，“行动要快！”
又过了两个小时，他们才踏着水浇的小路向残缺的飞机走去。拥有二十八个座位的三菱座机被炸得千疮百孔，机顶上炸开一条近一丈长、约三尺宽的大裂缝，好像一只张开大口的死河蚌。人走到距离机体五步远时，一股难闻的肉体烧焦味扑鼻而来，一股灼人的热气扑面而来。他们对着机体浇了一阵水降温。宇垣、神田等人走近机体，在驾驶室里发现瓦田那不见衣服已被烧得面目全非的上半截尸体。舷舱里的三具被烧焦的尸体都没有脑袋，其中两具连脚也没有了，只剩下从肩膀到腹部的一段。这叫人怎样辨认哪具尸体是山本的？四个士兵带上帆布手套爬进舷舱，轻轻翻动那具还保留两条腿脚的尸体，从腿脚的长度断定那是杉浦，他是三个人中身材较高的一个。接着，四个士兵把那具背部朝上的尸体轻轻翻过来，见死者两手捂住左胸处。他们把两只烧焦的手掰开，在紧挨左胸脯的右手掌心处，发现一块三指宽、约二寸长的布片。布片四周由黑到黄，中间有蚕豆大的一个白点。又是那套白色海军制服帮了忙，确信这是山本的尸体。另一具无头无脚的尸体自然是井上三仪的了。
接着，佐藤给三具残缺的尸体各拍了照片，再用黄布将尸体包住，标上姓名，由三个士兵扛出巴达维斯山。晚上十点，由宇垣、渡边、黑岛、原田、佐藤等人护送，将三具尸体空运到特鲁克联合舰队总司令部。宇垣和渡边打开山本生前使用的书案抽屉，发现了山本那份遗书。
晚上十一点，宇垣用无线电收发报机向东条首相报告山本的死讯。山本的死，东条已于两个小时前从同盟社收到的美联社电讯中知道了。他正悲痛地与首相府书记官坂西永太郎、秘书专田英之助、助手松本立山默默地坐在首相办公室，等待联合舰队总司令部的报告。
山本的死，对日本统治者的震动极大。东条看了同盟社送来的那则电讯，已经流下了伤心的眼泪。现在，他从宇垣的报告中，知道了山本死的详细经过、死后尸体的辨别情况和他那份遗书的内容之后，竟然抱头痛哭。他右手捶着胸脯，哭喊着：“山本，山本！五十六，五十六，我的好兄弟！帝国政府需要你，帝国大本营需要你，处于艰难中的大东亚战争需要你，你却去了！国难思良将，荡板识忠臣。叫我去哪里找你啊，我的山本兄弟！”
坂西、专田和松本也都泪流满面。
东条哭罢，又与宇垣通电话，吩咐他主持山本等人的火化仪式，明天将他们的骨灰连同他们的遗物由宇垣和渡边随飞机送回东京；要渡边以纪录速度将山本死的经过和那份遗书的内容念一遍，由专田负责纪录。
第二天上午八点二十分，东条带领专田去皇宫向裕仁天皇报告山本的死讯。
裕仁听了东条的报告，听专田念了山本的遗书，也流下几滴眼泪。他心情沉重地说：“山本君是大和民族的骄傲，他无愧为帝国的一代英雄。他的不幸殉国，是帝国的巨大损失。山本君是杰出的将领，帝国应该给予他应有的荣誉，等朕考虑好了再告诉你们。”他沉思一会，“山本君殉国的消息，宜推迟到适当时候发布。朕的意见，山本君的国葬日期就定在六月五日，他的坟墓也应该与东乡君并列在一起。”
裕仁说的东乡，即东乡平八郎，日本政府认为他功勋卓著，于九年前的六月五日为他举行国葬，安葬在东京小金井多磨墓地。
裕仁又说：“尊重山本君的遗愿，将他的骨灰分成三份，一份安葬在小金井多磨墓地，一份送往他故乡长兴寺，一份送给千代子小姐；这份骨灰怎么处理，由千代子小姐自己决定好了。”
“臣遵旨。”东条的头沉沉地往下一垂。
东条与专田离开皇宫，驱车来到千代田区山本家里，将山本的死讯告诉他的妻子礼子，并表示慰问。四十六岁的礼子，尽管肤色已失去青春的光泽，但眼神明亮，眉宇间充满清爽之气，脸庞仍保持着美女的神韵。她听说丈夫死了，禁不住热泪双流，听专田念完那份遗书之后，放声大哭说：“千代子未能成为他的妾室，的确是我的责任啊！他在遗书里能够理解我，原谅我，我心中的积忧也就烟消云散了！夫君呀，我也理解你，原谅你啊！”
东条对礼子说了番安慰的话，就领着专田来到池袋街千代子家。千代子容颜似花，身材匀称而健美，举止雍容华贵而落落大方，宛如一位贵妇在沙龙接待宾客。她听专田介绍站在她面前的竟是东条首相，又惊又喜，双手操在腹前向她深深一鞠躬，怔怔地问：“首相阁下光临寒舍有何吩咐？”
“请坐，千代子小姐。”东条与专田先面对千代子坐下来，“请专田秘书将有关情况告诉你。”
千代子听专田说了山本的死讯和念了那份遗书，眼睛红红的，心中充塞着无限的悲凉。过了一会，眼泪终于夺眶而出，沿着秀丽的面颊流下来，成串成串的，如珍珠似的晶莹玉洁。“我是山本将军的忠实情妇，这没有什么说不出口的！我觉得神灵会原谅我，迷途的羔羊更加可怜和可爱。”她掏出白丝绢手帕擦了擦眼泪，“的确，山本将军很爱我，我也很爱他。我不是爱他的长相，而是爱他的杰出才华，我不是爱他的年龄，而是爱他的英雄气概。”她矢志不渝，“我不会嫁人，我守着他的骨灰盒过一辈子，因为爱是奇妙的，超意志的，超物质的一种感觉。”
“你说得很好，也很深刻，千代子小姐。”东条很受感动。
下午五点，东条首相和全体内阁成员，近卫文麿议长和全体枢密院议员，杉山元参谋总长和在东京的高级将领，以及山本的亲属，都袖戴黑纱，在追浜海军机场迎接山本的骨灰。
接着，由宇垣和渡边将山本的一份骨灰送到参谋总部，等待举行国葬，一份送到山本家里，由他的亲属送往长兴寺，东条给山本取的戒名是：“大义院殿诚忠长陇大居士”。另一份送给千代子。井上、杉浦、瓦田的家不在东京，他们的骨灰暂时放在靖国神社，再通知他们的亲属前来领取。
山本的死讯传到南京，同样引起极大的震动。十九日上午十点，赵慕儒将收到美联社的那则电讯送到汪精卫手里时，他正与徐珍、周佛海、叶蓬、鲍文樾等人研究新扩建的十个陆军师的训练问题。他们看了美联社的报道大惊失色，每个人的心都缩成一团发痛的结。虽然没有收到同盟社的报道，但他们相信美联社不会造谣惑众。受着一种特殊感情的驱使，汪精卫给日本驻南京大使重光葵打了电话。重光葵说他们也收到了美联社的报道，日本政府可能是从策略上考虑，暂时没有公布山本的死讯。“山本大将遭此不幸，实在不堪设想，不可思议！”汪精卫仿佛遭人迎头一棒，脑袋像要炸开似的。在座者都有同感，想接着说几句又感到是画蛇添足，只好用沉默表达此时此刻的悲戚心情。