根据《关于推进军工企业股份制改造的指导意见》（科工法［2007］546号）的有关规定，军工企业股份制改造的指导思想是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻落实党的十六大、十六届三中、四中、五中和六中全会精神，牢固树立科学发展观，坚持军民结合、寓军于民的方针，以完善公司法人治理结构、转换经营机制和提高经济效益为重点，积极稳妥和规范有序地推进军工企业股份制改造，建立适应社会主义市场经济和武器装备建设要求的新体制新机制，切实提高国防科技工业的自主发展能力和整体素质，更好地满足国防建设和国民经济发展需要。
军工企业股份制改造的主要目标是：力争用几年的时间，使符合条件的军工企业基本完成股份制改造，实现投资主体多元化，推动军工企业建立现代企业制度和现代产权制度，形成规范的法人治理结构，打造管理高效、机制灵活、决策科学的新型军工企业，建立起有效的激励机制和风险制约机制，使其成为真正的市场主体。
军工企业股份制改造的基本原则是：坚持正确处理改革、发展和稳定的关系，改革方案要同武器装备发展和国民经济发展需要相适应；坚持分类指导，循序渐进，稳步推进股份制改造，确保国家对武器装备科研生产能力的控制力；坚持严格审批、规范操作、有效监控，保证军工设备设施的安全、完整和有效；坚持保护各类投资主体的合法权利和维护职工的合法权益，防止军工国有资产流失和职工利益受到损害。