对国家出资企业的审计包括外部审计和内部审计两部分，前者主要包括国资管理机构和政府审计机关对企业开展的审计活动，后者主要包括公司内部审计及母公司对子公司的审计。审计是为了对企业生产经营活动结果进行更好的验证和评估，对企业重大的活动进行跟踪监督，对经营性国有资产的使用状况深入了解。目前我国政府审计环节还存在一些不足，抽查形式的审计无法满足政府对企业状况全面了解的需要，因此下一阶段应该有针对性地加大政府审计力度，扩大审计范围，努力构建针对国家出资企业的完备的审计监督体系。
一、对国家出资企业经营的审计方式
根据国家相关的法律和国资管理需要，对国家出资企业的审计主要由国资管理机构审计、政府审计机关审计和企业内部审计三个部分构成。
1.国资管理机构的审计
国资管理机构对国家出资企业的审计，是出资人从维护自身利益角度出发对企业进行的外部监督，借助独立机构的专业审计，国资管理机构可以更好地了解企业真实的经营和状况，保证所有者权益不受侵害。
（1）国资管理机构审计的法律依据。《公司法》规定国资管理机构有选聘和解聘中介机构的权利。《公司法》第一百七十条规定，“公司聘用、解聘承办公司审计业务的会计师事务所，依照公司章程的规定，由股东会、股东大会或者董事会决定。”国资管理机构作为企业出资人，有权按照《公司法》的规定行使股东聘用、解聘承办财务决算审计业务的会计师事务所的权力。温家宝总理在十六届二中全会上《关于深化行政管理体制和机构改革意见的说明》中指出：“由于国资委代表国家对国有资产履行出资人职责，今后对国有企业财务的监督，主要由国资委负责，以解决目前存在的多头监督问题。国资委要充分发挥监事会的作用，也可委托资信良好的会计师事务所等社会中介机构，切实加强对企业财务的监督。”这个文件明确赋予了国资管理机构履行审计监督主体的职责。
（2）国资管理机构的审计监督内容。
首先，国资管理机构有选聘和解聘会计师事务所的权力。主要包括以下内容：一是聘请会计师事务所的数量限制；二是聘请会计师事务所的资质要求；三是会计师事务所选聘过程监督，即选聘会计师事务所必须公开透明，以招投标的方式选聘符合资质条件的会计师事务所；四是中介机构连续审计时间限制。
其次，国资管理机构对会计师事务所进行审计过程监督。审计过程监督是针对会计师事务所在审计过程中涉及的重要事项进行监督，既包括对会计师事务所的执业监督，也包括对企业配合审计情况的监督。对会计师事务所的执业监督包括：一是审计范围监督，主要是监督会计师事务所的审计范围是否包括集团所属大部分子企业及重要子企业，审计范围内取得的审计证据是否足以支持审计结论；二是审计事项监督，主要是监督会计师事务所是否按照要求将重要事项纳入审计范围；三是审计结果监督，主要是监督会计师事务所是否按照要求按时完成审计工作并出具审计报告，必要时还应当出具管理建议书和内部控制审核报告书。
最后，国资管理机构对会计师事务所进行审计质量监督。审计质量监督是指国资管理机构按照独立审计准则和相关工作要求，对会计师事务所出具的审计结论和审计意见进行复核，评估财务决算审计范围是否完整、审计结论是否恰当，对于要求出具内部控制审核报告的，还应当评估其审核报告结论和建议的合理性。对于审计质量存在问题的，按照分类管理原则，采取警告或限制准入等方式对会计师事务所予以处罚。对于因企业方面的原因导致审计结论不恰当的，还应当追究企业的责任。
2.政府审计机关进行的国家审计
《宪法》规定：“国务院设立审计机关，对国务院各部门和地方各级政府的财政收支，对国家的财政金融机构和企业事业组织的财务收支，进行审计监督”。“审计机关在国务院总理领导下，依照法律规定独立行使审计监督权，不受其他行政机关、社会团体和个人的干涉。”在对国家出资企业的审计中，政府主要依托审计机关来完成审计工作，政府审计的最大特点在于强制性。政府可以无需经过被审计单位的同意，对其进行抽查或专项审计。国家审计署对企业展开的工作主要依据《审计法》、《审计法实施条例》以及政府对企业特定的审计目标进行。
（1）审计机关对企业的审计内容。第一，审计机关按照国家有关规定，对属于审计机关审计监督对象单位的主要负责人，在任职期间本单位的财务收支以及有关经济活动应负经济责任的履行情况，进行审计监督（即经济责任审计）；第二，审计机关对国有企业的资产、负债、损益，进行审计监督；对国有资本占控股地位或者主导地位的企业进行审计监督，由国务院规定。任期经济责任审计是经济责任主体授权或受托对领导人员任期所在部门或单位的财务收支或财政收支的真实性、合法性和效益性以及对有关经济活动的审计活动。
（2）审计机关对企业的审计监督权限。依据《审计法》及相关法律规定，政府审计机关在对国家出资企业进行审计时享有以下权利：
第一，要求企业报送资料权，即有权要求被审计企业按照审计机关的规定提供预算或者财务收支计划、预算执行情况、决算、财务会计报告，运用电子计算机储存、处理的财政收支、财务收支电子数据和必要的电子计算机技术文档，在金融机构开立账户的情况，社会审计机构出具的审计报告，以及其他与财政收支或者财务收支有关的资料。
第二，依法检查材料权，即有权检查被审计企业的会计凭证、会计账簿、财务会计报告和运用电子计算机管理财政收支、财务收支电子数据的系统，以及其他与财政收支、财务收支有关的资料和资产。
第三，调查取证权，即有权就审计事项的有关问题向有关单位和个人进行调查，并取得有关证明材料；经县级以上人民政府审计机关负责人批准，有权查询被审计企业在金融机构的账户；有证据证明被审计企业以个人名义存储公款的，经县级以上人民政府审计机关主要负责人批准，有权查询被审计企业以个人名义在金融机构的存款。
第四，采取行政强制措施权，即对被审计企业正在进行的违反国家规定的财政财务收支行为，有权予以制止或通知暂停拨付款项、责令暂停使用款项；对被审计企业转移、隐匿、篡改、毁弃会计凭证、会计账簿、财务会计报告以及其他与财政收支或者财务收支有关的资料，或者转移、隐匿所持有的违反国家规定取得的资产的行为，经县级以上人民政府审计机关负责人批准，有权封存有关资料和违反国家规定取得的资产。
第五，提请相关协助权，即有权提请公安、监察、财政、税务、海关、价格、工商行政管理等机关予以协助。
第六，移送违法人员权，即需要给予有关责任人员行政处分或者纪律处分的，有权移送纪检监察机关；需要追究有关责任人员刑事责任的，有权移送司法机关；有权建议有关主管部门纠正被审计企业执行的违法规定；有权向有关立法机关、政府及有关部门提出修改完善有关法律法规、政策措施和加强与改进宏观调控的建议。
第七，处理处罚权，即对被审计企业违反国家规定的财政财务收支行为，有权依法予以处理处罚。
第八，通报结果权，即审计机关可以向政府有关部门通报或者向社会公布审计结果。
3.国家出资企业的内部审计
国家出资企业的内部审计是指公司自行或对其出资子公司的财务收支、财务预算、财务决算、资产质量、经营绩效，以及建设项目或者有关经济活动的真实性、合法性和效益性进行监督和评价工作。
为了规范国家出资企业的内部审计工作，国资管理机构于2004年公布《中央企业内部审计管理暂行办法》。
（1）内部审计机构主要职责。国家出资企业应当依据有关规定建立相对独立的内部审计机构，配备相应的专职工作人员，完善内部审计工作规章制度，有效开展内部审计工作，强化企业内部监督和风险控制。
国有控股公司和国有独资公司，在董事会下设立独立的审计委员会。企业审计委员会成员应当由熟悉企业财务、会计和审计等方面专业知识并具备相应业务能力的董事组成，其中主任委员应当由外部董事担任。未建立董事会的国有独资公司及国有独资企业，应当加强内部审计工作的组织领导，做好内部审计机构与内部监察（纪检）、财务、人事等有关部门的协调工作。
内部审计机构的职能：制定企业内部审计工作制度，编制企业年度内部审计工作计划；按企业内部分工组织或参与组织企业年度财务决算的审计工作，并对企业年度财务决算的审计质量进行监督；对国家法律法规规定不适宜或者未规定须由社会中介机构进行年度财务决算审计的有关内容组织进行内部审计；对本企业及其子企业的财务收支、财务预算、财务决算、资产质量、经营绩效以及其他有关的经济活动进行审计监督；组织对企业主要业务部门负责人和子企业的负责人进行任期或定期经济责任审计；组织对发生重大财务异常情况的子企业进行专项经济责任审计工作；对本企业及其子企业的基建工程和重大技术改造、大修等的立项、概（预）算、决算和竣工交付使用进行审计监督；对本企业及其子企业的物资（劳务）采购、产品销售、工程招标、对外投资及风险控制等经济活动和重要的经济合同等进行审计监督；对本企业及其子企业内部控制系统的健全性、合理性和有效性进行检查、评价和意见反馈，对企业有关业务的经营风险进行评估和意见反馈；对本企业及其子企业的经营绩效及有关经济活动进行监督与评价；对本企业年度工资总额来源、使用和结算情况进行检查等。
（2）公司的内部审计流程。
①计划审批：由企业内部审计机构根据国家有关规定，结合企业实际情况，制定企业年度审计工作计划，对内部审计工作做出合理安排，并报经企业主要负责人或审计委员会审核批准后实施。
②前期准备：企业内部审计机构应充分考虑审计风险和内部管理需要，制定具体项目审计计划，做好审计准备。企业内部审计机构应当在实施审计前5个工作日，向被审计单位送达审计通知书。对于需要突击执行审计的特殊业务，审计通知书可在实施审计时送达。
③审计过程：内部审计人员在出具审计报告前应当与被审计单位交换审计意见。被审计单位有异议的，应当自接到审计报告之日起规定工作日内提出书面意见，逾期不提出的，视为无异议。
④审计结果：审计报告上报企业董事会或主要负责人审定后，企业内部审计机构应当根据审计结论，向被审计单位下达审计意见（决定）。对于报请审计委员会、主要负责人协调处理的审计报告，应当根据审计委员会、主要负责人的审定意见，向被审计单位下达审计意见（决定）。
⑤后期工作：企业内部审计机构对已办结的内部审计事项，应当按照国家档案管理规定建立审计档案。企业内部审计机构应当每年向本企业董事会（或主要负责人）和审计委员会提交内部审计工作总结报告。企业内部审计机构对主要审计项目应当进行后续审计监督，督促检查被审计单位对审计意见的采纳情况和对审计决定的执行情况。
财务和资产运营信息是公司进行筹资、投资、分配等决策的基本依据，通过内部审计可以确定公司内部（包含子公司）财务和资产运营信息是否准确和可靠，减少内部各部门或子公司为夸大业绩而提供虚假财务和资产信息，或蓄意掩盖不法行为；通过内部审计可以确定母公司的决定等是否被子公司所执行，有利于强化母公司对子公司的监督。
二、进一步加大政府审计的力度
近年来，政府审计机关在监督经营性国有资产的运营中发挥了越来越重要的作用，审计署及各级审计机关将审计国有资产的工作放在突出重要的位置上，特别重视对大型中央企业的审计和国企改制过程的审计，为保障经营性国有资产的安全做出了重大贡献。在下一阶段，应进一步加强政府的审计力量，更好地发挥政府审计在整个国有资产审计监督体系中的作用。
1.将审计范围从抽查审计扩大到全面审计
目前，政府审计规模有限，审计任务却相对繁杂，审计机关还无法实现对国家出资企业进行全面审计。随着国家出资企业特别是国有独资企业和国有独资公司数量的逐步减少，政府审计机关可以尝试将审计的方式从年度抽查审计扩大到全面审计，每年对所有国有独资企业和国有独资公司进行报表审计和经营业绩审计。只有这样才可以杜绝少数企业管理者抱着侥幸的心理进行的违法行为，使得审计真正的实现公正和公平。在短期内无法实现全面监督的情况下，政府审计机关可以共享国资管理机构已经完成的审计报告，有针对性的与中介机构合作，就报告内容进行查证和分析，间接地将审计的范围扩大到全部国家出资企业。
2.政府的审计要公开透明并接受各方监督
审计机关受政府之托对国家出资企业进行审计监督，其一定程度上是为政府服务，对政府负责。但是从国家出资企业的性质上看，人民是国有资产的所有者，人民有权了解企业的经营状况和资金使用状况，这就要求审计机关必须更大程度地公开审计结果，接受各方特别是社会公众的反馈和监督。要实现这个目标，除了借助一定的媒体之外，审计机关应该积极主动地将审计结果上报人大或人大常委会。人大可以就其中不详或有疑问的部分，要求审计机关进行书面解释。同时，每年的审计结果应该由人大常委会在人民代表大会上向全部人大代表公布，并通过公共媒体对外公布，实现阳光下的监督。