处置企业不良资产的实质是将流动性弱的生产经营类资产转化为流动性强的金融资产，这就需要完成资产法律关系认定、相关企业信用评级、资产价值评估、处置方式选择和风险管理等一系列的金融转型。国有企业不良资产的固有顽疾常常造成转型困难，降低了资产保全率。
1.1 资产相关责任人的法律关系模糊
企业不良资产主要包括减值的实物资产、债权资产和股权资产。实物资产法律关系较为清晰，但是目前各省的国有企业需要将其无偿划转给专业处置机构，而实物资产处置一般遵循就地处置原则，在处置之前，资产依然在企业存放，此时企业常常私自出售侵犯管理人所有者权利，造成法律关系错位。债权类资产中包括一部分坏账损失和长期债权，坏账损失是指账实不符的应收账款，它主要产生于产品销售环节，在中国现有商业和法律环境下，企业和客户间交易往往依靠人情约束而非法律约束，债权债务法律证据不全，法律关系模糊，因此信用风险很高。长期债权类资产和股权类资产一般法律文书健全，但是近年来企业合资、重组、购并、出售、破产等产权变更大量出现，原有投资企业的名称和领导层大量更换，加上操作过程欠规范，股权和债权关系在重组中没有充分明晰的认定，造成法律关系不清，部分出现投资企业的赖账现象，国企不良资产运作的法律风险加大。
1.2 资产的流动性天然不足
股票、债券等标准的金融资产可以在规范的证券交易所交易，市场交易规模大，市场的流动性强，具有完善的定价机制，为运营机构提供了充分的资产评估手段和风险管理工具。银行金融不良债权的流动性虽然低于股票和债券，但是银行业有国际统一的标准管理工具（如巴塞尔协议），而且金融创新已经逐渐将债权资产证券化，再加上公司债券和银行债权较为相似，银行债权的流动性大为增加，而我国的国有企业不良资产产生于生产经营环节，严格来讲不属于金融资产范围（尤其是实物资产），其变现不是通过规范的市场交易模式，而是通过清收和追缴，并通过企业会计准则进行损失和收益的认定，因此，此类资产市场认可度低，交易范围小，流动性偏低，进而提高了国企不良资产的处置成本和风险。
1.3 不良资产处置中的相关利益主体博弈关系复杂
金融资产管理公司接受银行剥离的不良资产时，前者必须照价付款，是银行不良资产的初次售卖过程，而专业处置机构接受国有企业不良资产时，后者必须无偿划拨给前者，当然这是由两种资产的产权关系不同所致，但由于国有企业未受任何补偿，会造成心理上的“虚幻损失”，而消极配合专业处置机构的证据查证和资产追索，提高了资产处置风险。
1.4 资产保全度低
银行债权大部分是抵押资产或担保资产，具有一定的资产保全能力，银行的不良债权虽然包括一些不良信用贷款，但还有部分抵押或担保资产，使得资产损失相对较低；国有企业不良资产除实物资产外，大部分债权都是不良应收账款，都是无抵押和担保的信用债权，资产保全率低，不利于资产回收。
银行与债务人之间签订规范的贷款合同，具有明确的贷款利息、到期时间、违约惩罚条款，因此，银行债权受到更强的法律保障；国有企业不良应收款只有销售合同保障，并无明确的债权债务的关系规定，有的甚至只是口头的人情信用，而且应收账款的账期延长常常是企业的一种营销策略，使合同中的债务偿还细则更为粗略，这些合同要件的非规范性进一步降低了国企不良资产的价值保全度。