目前，京九线除承担京九、沪九等长途快速旅客列车的运输外，客货运输运量仍呈不足状态。由京广线各区段运输能力现状可见，京广线运能紧张，大部分区段的能力已趋饱和，而京九线则大部分区段能力富余。由于我国南北运输车流强度大，运量增长较快，京广、京沪铁路修建时间较长，铁路沿线地区经济较发达，运输需求量不断增大，致使京广、京沪两线长期处于运能紧张状态。因此，京九铁路的建成可缓解南北通道运能紧张状态的局面，而如何合理调整京广、京九铁路的运输结构就成为一个极为迫切的问题。
2.京九铁路运输服务定价
由于平行于京广、京沪线的京九新线建成，使南北方向部分车流的最短径路发生了变化，路网车流结构也随之发生改变。为缓解南北主要通道的运输压力，提高运输效率，必须遵循平行线路车流组织优化的原则，调整京广、京九铁路运输结构。经分析，京九线车流构成如下：①距离最短径路车流；②车小时最短的车流；③特定径路车流；④移线车流。
移线车流的产生，实质上是从成本效益的角度出发，确定平行线路中新线与相邻繁忙干线的合理分工，充分利用新线运能，追求平行线路整体效益最大化的结果。
对于繁忙干线是否增开客运列车和将一些货运列车移线至相邻新线，还需从经济角度考虑。这里采用边际效益的经济理论来判断移线车流是否经济可行。根据经济学理论，在能力限制范围内，即移线车流不会引起固定资产的投资，那么判断移线车流可行性的条件是：当移线车流的边际收益等于其边际成本时，移线所产生的效益最大，这里边际成本是指每增移一列车所引发的成本增量。
移线货车边际收益与边际成本可比照客车进行分析，所不同的是构成成本要素的差异。对因移线所带来的里程的增量，因不考虑线路产生额外支出，其成本支出基本不变，可视为一个常数处理。
将客货运列车的单位边际收益与边际成本相结合，比较综合的边际收益与边际成本，从而确认移线的可行性。即MR=MC，认为移线可获得正常的利润。
(1)边际成本要素的计算
一列旅客列车的年边际成本包括如下项目：
①机车、车辆折旧费。对于一列旅客列车来说，按其占有的机车工作量来计算其所应分摊的机车折旧成本。
旅客列车的车辆分为两大部分：一是乘坐旅客的车辆，包括硬座、硬卧、软卧等；二是服务性的车辆，如行李车、邮政车、餐车、发电车和宿营车等。
机车车辆的购置成本一般应以历史成本，即实际购置的价格为准。如果是预测新购置成本，则以市场价格计算。另外，在既有线提速时，采用对既有车辆进行改造用于提速列车的方法，对于这种列车，相应的改造费用也要视同购置成本一样逐年进行分摊。计算公式如下：
F改造=f改造nη
式中，F改造：车辆总改造费用；
f改造：每组车底编组车辆改造费用。
②列车车辆内部装饰及设施配套费。对于一些低值易耗品可以直接一次性计入当年成本，如果费用数额巨大，且使用年限较长，则应分年度进行分摊。计算公式如下：
F配套=f配套×n/m
式中，F配套：设施总配套费；
f配套：每套车底的装饰及设施配套费；
n：车底套数；
m：预计使用年限。
③机车、车辆大中修费。一列车应分摊的机车车辆的大修费计算公式如下：
F大修=c机购η大修×k/k机
式中，F大修：应分摊的机车大修费；
η大修：相应的大修折旧率。
此项费用是指用于车辆日常保养、维修所发生的费用，不包括所分摊的大、中修费用。计算公式如下：
F保、维=f日常n
式中，F保、维：保养、维修费；
f日常：每套车底年日常维修费用。
⑤列车整备费。先根据历史资料估算一列次整备的费用，再结合列车开行列次数求得。计算公式如下：
F整备=f整备l
式中，F整备：整备费；
f整备：列车一列次整备费用；
l：开行列次数。
⑥发电车油耗。仅新型空调列车具有该项成本，非空调列车无需计算。计算公式如下：
F油耗=f油耗S
式中，F油耗：油耗费；
f油耗：每列车公里油耗金额；
S：列车年运行公里。
⑦列车乘务人员人力成本。计算公式如下：
C人力=n乘务p
式中，C人力：人力成本；
n乘务：开行该列列车所需乘务人员总数；
p：乘务人员的平均年薪和福利。
⑧机车动力费。计算公式如下：
F动力=c机务L
式中，F动力：动力费；
c机务：每列车公里平均机务成本；
L：列车年运行公里数。
⑨旅客列车乘降站作业费。根据旅客列车作业车站为开行该列车而增加的人员和设备金额计算。如果车站的原有能力富余，增开该列车并不增加新的投资和开支，则不增加边际成本。
⑩其他新增设备费和人工费。根据开行该列车是否进行改建或增加了新的设备计算：如有，以实际的发生额和相应的折旧率计算；没有则不予计算。
(2)边际收益要素的计算
由于新增开列车的所有收入都是新增加的，故应包括该列车所有的客票收入i客票、行包收入i行包、邮政收入i邮政以及其他收入。计算公式如下：
I客运=i客票+i行包+i邮政
式中，I客运：年客运收入；
i客票=A定αp单l；
i行包=i客票Φ；
i邮政=K实n轴γ；
A定、α、p单分别为每列列车旅客定员、客座率、客票平均单价；Φ为行包收入占客票收入平均比率；K实、n轴、γ分别为实际运送公里数、邮运车轴数、轴公里费率。
(3)平行线路分工的成本效益评价
①平行线路分工成本效益计算的理论基础。平行线路两线分流是铁道部从全局出发，充分发挥铁路运输效率，解决客货运能与运力资源的合理配置问题而提出的，客观上是解决一个如何从成本效益的角度，确定相邻平行线路的合理分工，以实现两线客货运量合理分配、运能充分利用，从而达到效益最大化。
②平行线路两线分工成本效益评价的主体。成本效益的评价因空间界定的不同，其结论也不一样。局部的最优并不能保证由各局部组成的总体的最优。在两线分工上，如何实现分流，其本质是解决局部与整体的关系问题。就某一通道看，可能是实现了运能的充分利用，并实现了效益的最大化，但是，从整体上分析，则可能是一种运力资源的浪费与紧张并存的客观反映，并未达到全局优化的目的。从铁路运输的总体效益分析，两线分工、分流的成本效益评价，其主体空间界定标准应是以铁道部作为一个路网整体，计算铁路运输方式在相邻平行线路的辐射区域所产生的整体效益，其竞争对象是与之对应的其他运输方式，而非铁道部内部的各个法人责任单位。
③平行线路两线分工成本效益评价的方法。从成本核算的角度分析，两线分工在成本效益的评价方面，其方法是建立在机会成本与边际效应的基础上。从理论上讲，就各具体单位或部门而言，其成本效益的计量是以历史成本为依据的，并对其经营效益进行评价计量。但就两线分工而言，其成本效益的计量则更多地体现于通过对两线的运力与运量的合理配置，来实现在有限运力的条件下，两线运力的充分利用，其出发点是在两线运力的约束下运能的充分发挥。两线之间成本效益的计量属个别成本效益计算问题，其性质是以铁道部作为成本效益评价主体，两个或多个内部责任单位之间的转移价格。
用机会成本作为评价两线分工的方法，在评价上则体现为两线综合总运能为约束条件，以客货运输合理调配为基础，寻求客货运输综合效益与两线客货列车开行对数的最大化，以运力与运量的均衡点为目标实现方案的优化。从而避免了以局部利益来分配运力的缺陷与运能浪费问题的出现，其理论模型可以利用多品种组合优化方案的决策模型加以表达。
从理论上计算，效益最大点应是两线分线运营，一线专营客运，一线专营货运。但是，从社会效益分析，可能导致社会福利水平的相对下降。因此，在综合企业财务效益与社会效益的基础上，两线分工可分别测定两线的盈亏平衡点，由于边际成本递增规律与边际效益递减规律的影响，采用MC=MR，即边际成本等于边际收益的方式进行分析。
(4)平行线路分工成本效益测算
按照确定的成本效益评价方法，可以对两线分工可能形成的成本与收入的变动情况进行定量分析。
①两线分工所产生的现实成本增量。从运输经济角度看，列车运行应遵循最短径路的原则。然而，两线分工首先涉及的实际上并不是最短径路的问题，而是现有运力充分利用的问题，在短缺经济条件下，调整运行计划的首要原则是充分发挥现有资源的运用效能，然后才是径路优化问题(属相对最短路径)。因此，两线分工所产生的现实成本则表现为因货物列车或旅客列车转入与划出所造成的走行距离的增加而带来的运营成本的增量部分，即单位运输成本×列车运行里程增量。
②平行线路分工所带来的收入。两线分工所增加的收入包括：因分流而增开旅客列车所产生的客运收入，因分流而产生的客货运增量收入，因分流使运力利用率提高而形成的固定成本的节约。
对于第三项收入则更多地体现于一种影子收益的概念。因为单位运量所带来的单位变动成本将随运量的增加而上升，而单位运量所分摊的单位固定成本则随运量的增加而降低。从铁路运输企业看，平行线路两线所形成的固定资产的价值是一个确定的量，其折旧所形成的成本量因折旧年限和折旧率的确定也随之固定。某一线运力的浪费是一种机会成本的增加，而运力的充分利用则是成本的节约。尤其是在运力并非过剩的前提下(如我国南北通道)，这种分流不仅产生企业的财务效益，同时也会带来国民经济效益的增加。
(5)京广、京九铁路运输结构调整后的效益分析
铁道部在京九线投入运营后制定了京九线分流运输政策，规定了若干线路段经由京九线运输的特定径路(即移线车流)，由京广线移入京九线年运量约6000~8000千吨，不仅为京广线增开客车创造了条件，而且大幅度地提高了全路南北向运量。以京九线中段(合流区段)阜阳—向塘西车流情况为例，年实际输送能力已达客车12对、货物运输上行1100千吨、下行2100千吨。
经测算，京九线中段货物运输增量吨·公里所得换算周转量收入增约5.2亿元/年，扣除成本支出4.4亿元，增长纯效益0.8亿元/年，另估计固定成本费用下降约0.7亿元/年，合计为铁道部增加效益1.5亿元/年。
3.京九、京广两线平行径路运输结构调整
京九、京广线合理运用时，应兼顾考虑以下四个因素：①最短径路运输；②优化资源配置，充分利用京九线相对空余运输能力组织繁忙干线分流；③考虑京广、京沪平行干线运量的合理负担的特定径路运输(满足径路各区段的通过能力)；④促进区域经济发展。
上述第一个因素是基于现阶段乃至今后较长一段时间内京九线本线到发的客货运量不足所致，因此在最短径路之外，慎重研究、规划京九线运用方案是一个十分重要的问题。
以全国铁路路网结构为背景，根据最短径路的原则，并兼顾满足径路各区段的通过能力的要求，确定两点间的车流运行径路。通过初步研究可以看出，京九线对京沪线的分流效果不佳。因此，主要分析京九线与京广线两线运输结构调整。针对京九线投入运营，其相应的运用方案主要有以下四个：
①“并用”方案，即京九、京广两线并用方案。在京九线1996年投入运营后的最初两年，按照最短径路运输的原则分担相应运量，采用特定径路增加运量，同时京九线采用新路新价原则。
②“两个为主”方案，即京九线以货运为主，京广线以客运为主的方案。1998年春，铁道部提出京广线要以客运为主兼顾货运，京九线要以货运为主兼顾客运的方针政策，以解决京广线客运量猛增问题。此后，京广线部分货运量改经京九线运行。
③“一个为主，一个分线运行”方案，即京九线以长途直通客货运为主，京广线客货分线运行。随着京九线沿线经济的发展，京九线货运量逐步上升，考虑到京九线运量构成上的特点——通过运量大于地方运量，根据资源最优化配置以及充分利用京九线运能组织分流的原则，京九线以开长途直达、直通货物列车，长途直通特快旅客列车为主，同时，京广线客货运量进一步持续上升，京广线必须建成四线，采用客货分线运行方式。
④“两个独立”方案。当京九线继京沪、京广线之后真正成为一条在国民经济发展中起重要作用的、独立的南北干线时，即应根据最短径路原则，合理使用这两条线路。根据上述运用方案，把京九线的运用定位分为初期(1996—1998年)、近期(1998—2010年)和远期(2010—2020年)。
初期采用方案①，近期采用方案②或③，远期采用方案④。