五、灭顶之灾
在经验不足、人手紧张、财力有限的困难条件下，马明德在教学工作之外，从1953到1965年，经过12年的努力，在哈军工共建成大小风洞8座，从而构成了一个拥有从低速、跨音速到超音速整个速度范围的兼顾教学和科研的风洞群。这是我国风洞发展史上第一个以研制飞行器为主的配套风洞群，是我国风洞发展史上的一个里程碑。在1963年哈军工10周年校庆学术会议上，马明德宣读了一篇总结风洞群建设初步经验的论文。
60年代中期，我国自行设计的飞机、导弹纷纷上马，大家争用大型低速风洞。
1965年4月，国防科委决定把哈军工风洞群中的6号、7号和8号风洞组成空气动力实验研究室，主要进行生产实验，由六院和哈军工共同领导。这说明马明德对中国航空工业发展和空气动力应用前景所具有的远见卓识。
1964年初，聂荣臻元帅提出组建空气动力专业组（编号为第十六专业组），钱学森为组长，下设理论和实验技术两个分组，马明德兼实验技术分组组长。到“文化大革命”前夕，马明德主要抓了三件事：一是在对国内外风洞进行充分调研的基础上，协助钱学森进行我国大型风洞建设规划论证。1964年5月在北京三座门论证会上，马明德建议国家成立空气动力研究院，以便统一规划，集中建设。他又提出，全国风洞应该大中小配套，对现有的风洞要提高控制、测量和自动化的水平。二是1965年在哈军工召开了以交流我国第一个风洞群建设经验为主的第一个经验交流会，从而建立起风洞试验技术经验交流和协作攻关的新格局，马明德提出要进一步确定检验各家风洞质量的标准模型。三是通过系统交流信息，促进全国风洞测控系统的自动化。大家都称赞马明德的深谋远虑和实干作风。
1964年，马明德兼任空军工程系副主任，抓全系的教学和科研工作；同年末，被选为中国人民政治协商会议第四届全国委员会委员，1965年12月被任命为军事工程学院空气动力研究室主任。
正当马明德的事业如日中天的时候，中华民族的一场空前灾难突然降临了。1966年的“五一六通知”宣告史无前例的“文化大革命”正式开动；6月，马明德的全部教学和科研活动被迫中止。
对于“文革”，马明德和所有善良的人们一样，开始感到莫名其妙，继而则心惊胆寒。因为他是系副主任，自然是当权派；他又是大专家，那就是天然的“资产阶级反动学术权威”。运动初期受冲击，他咬牙忍着，苦苦地熬着日子，大家都在受难，自己也跟着受吧。幸好大女婿吴德铭也在系里任教，这个哈军工五期学员德才兼备，留校后业务上进步很快，马明德十分满意这个大女婿。吴德铭时常回家来，给马明德和蒋祖绮一些安慰，让两位老人对生活寄托着一点希望。
最让马明德夫妇伤心的是，孩子的姥姥被哈军工育红小学的红小兵押去劳改，理由是老太太是“地主婆”——老太太根本就没有地产。大热的天，一群颤巍巍的古稀老太太被强迫打石子，还要受红小兵的打骂虐待。后来，刘居英院长的老母亲不堪折磨而投缳自尽，马明德的岳母也累得脑出血，从此瘫痪了。
1968年，以“清理阶级队伍”为主线的浩大运动开始。哈军工遍地都是“特务”、“反革命”，数不清的专案组编制出数不清的冤狱奇案。7月，马明德的最重要助手纪士玶被打成“现行反革命”，在全院大会上公开逮捕，判了10年徒刑。马明德教授五内俱焚，麻木地坐在下面，望着纪士玶被人推来搡去，受尽凌辱，他的心在滴血，这是怎么啦？为什么一句话就可以获罪？
8月，上面指示说哈军工存在一个“国民党兵工署遗留特务集团”，责令沈阳军区和黑龙江省革委会负责侦破。这是“通天大案”，哈军工革委会诚惶诚恐，在“三大战役”之外，又开始一个大专案，代号“001”。由革委会副主任、军代表苏××亲自挂帅，组织庞大的专案组，挑选造反精神强、敢下狠手的池××当专案组长。于是凡是新中国成立前和兵工系统有一点联系的人都被卷了进去。
专案组先是组织大抄家，然后再把人抓走，连失去思维能力的“植物人”张述祖教授也不放过。专案组变着花样残酷折磨“特嫌”们，有的人实在抗不住，就信口乱咬，马明德夫妇就被咬上了。
马明德被以“特嫌”罪名押到系大楼里隔离审查。他和国民党兵工署没有丝毫干系，只不过曾在兵工大学兼过课，所以他泰然自若，从容地面对。他以为专案组起码要讲党的政策，以事实为根据来办案。但是，马明德高估了这些人，尽管他们也都是哈军工的年轻师生。
面对莫须有的罪名，马明德愤怒了，拍桌子和专案组对着干。残酷的刑讯逼供把马明德推进了炼狱，打骂不算，还逼他跪在搓衣板上，晚上不许马明德睡觉，用强光灯照着脸部。刑讯逼供使53岁的马明德备受心灵和肉体上的摧残，冤海无涯，生不如死，夜半泣血，神鬼惊悸。
北京的钱学森获悉马明德的遭遇，和国防科委的领导商量，想尽力保护这位杰出的空气动力学家和风洞技术专家，正好29基地需要人，钱学森力主把马明德调出哈军工。
29基地根据钱学森的意见派出一位老红军，1955年的军衔是大校，他拿着29基地的商调函专程来到哈军工，找院革委会领导，提出因国防科研需要，要把老专家马明德调入四川。
“不行！马明德有历史问题！”专案组负责人傲慢地摆摆手，一边摆弄着桌子上刚弄到手的几枚毛主席像章，一边说：“我们要对国家负责。”
大校坚持说：“既然是历史档案中的问题，我们可以负责继续调查，决不会放过一个特务。”
专案组负责人干脆不搭理大校了。
“实在一时调不成，”大校耐心地商量，“我们派干部来，参加马明德的专案组，你看行不行？”
“不行！”
大校失望地离开哈军工，临走前和闻讯赶来的吴德铭握手，他想说：“马教授凶多吉少啊！”话到嘴边又咽了回去。
钱学森可以把火箭送上天，但最终没有能力保护他的师弟！
那天服苦役时，马明德碰到曹鹤荪，两位“老交大”校友互相看看，眼神里传递着同情和安慰。在看管人员不注意的时候，马明德小声说：“老曹啊，你可要想开点，运动开始都是这样，泰山压顶；但到了后期，就要落实政策了！”
曹鹤荪感激地点点头。
马孝哆去榆树县一中看望当老师的大姐，赶在年末回哈尔滨。明天就是1969年的元旦了，她知道家里遭了大难，父亲被抓走后，她不放心妈妈和姥姥。
夜里10点，走廊里突然人声嘈杂，跟着就是粗暴的敲门声。蒋祖绮有心脏病，自马明德被抓走后，她在恐怖中度日如年，时常犯病。马孝哆打开门，一群专案人员如狼似虎闯进来，宣布对蒋祖绮实行隔离审查。
蒋祖绮吓得面无血色，心脏病发作，捂着心区大口喘息着。专案人员不顾马孝哆的央求，架起蒋祖绮就走，一直把老太太拖到空军工程系的六楼关起来，她还不知道已被别人咬着了，“是某某某发展的特务”。
马孝哆看着瘫痪在床的姥姥，欲哭无泪。马孝哆的大姐还没有调回来，大姐夫被关在学员队，行动不自由，二姐毕业分配到友谊农场，她只能把这个破碎的家和瘫痪的姥姥承担起来，直到半年后妈妈被放回家来。
1969年1月13日上午，关在马明德隔壁的杨庆雄副教授听到走廊里吵吵嚷嚷，女学生的惊叫声时高时低，隔壁似乎出了什么事，不过一小时，杨庆雄听明白了：马明德自杀了！
人怎么死的？专案组急需对外统一口径：先说马明德把床单撕成条条上吊，但隔离室的看守人员是24小时监视，这不能自圆其说；最后改为“马明德自己解下鞋带，挂在门的上插销孔里勒死了自己”。
吴德铭和马孝哆要求看一眼父亲的遗体，被专案组一口回绝，他们把马明德的遗体拉到医院的太平间停放。
第二天，专案组人员到马明德的家里通知马孝哆：“你爸自杀了，马上要火化，你跟去看看吧！”
马孝哆一边哭，一边央求：“总得让我妈我姐去看一眼呀！”
“你姐夫和你去就够了！”专案组那些畜生都长着石头心，“去不去？不去我们开车走了！”