得知这些消息后，赫鲁晓夫异常愤怒。他不再信任联合国的领导权威。不干涉刚果内部事务的辩论历时两个月，而现在，联合国则站在卡萨武布一边，反对赫鲁晓夫的盟友。苏联人拒绝承认卢蒙巴下台的事实，继续其援助计划，支持刚果军队进攻加丹加省。9月5日～7日，苏联飞行员驾驶的运输机将大约450名刚果士兵从卢蒙巴位于刚果北部的斯坦利尔总部运送至南部地区，以进攻冲伯的军队。莫斯科允许其飞行员冒险从联合国关闭的机场附近的草地上起飞、降落。
9月9日，赫鲁晓夫乘“波罗的海号”轮船前往美国，不得不在船上密切关注刚果局势。“在横跨大西洋的整个行程中，”赫鲁晓夫后来回忆道，“我们和外交部就刚果局势保持着联系，我们和莫斯科之间的往来密电很多。”与此同时，尽管赫鲁晓夫拒绝放弃卢蒙巴，但是，苏联政府确实暂时中止了卢蒙巴使用苏联飞机的权力。
9月14日，卢蒙巴遭遇了一次更富有戏剧性的打击，某种程度上这也是美国政府指使的。卢蒙巴的前私人秘书约瑟夫·德西雷·蒙博托被提拔为刚果国民军参谋长后，发动了一场针对卢蒙巴的政变。蒙博托篡夺大权后保证，经选举产生的国家领导人必须要由无党派的、无宗教倾向的专业人士取代，任期到当年底。届时，宪政危机问题就能被解决。“这不是一次革命，而是一次休战。”蒙博托说。9月初，事实证明，卡萨武布无法解除卢蒙巴的职务。此时，美国驻利奥波德维尔的大使馆频繁和蒙博托商议，后者曾在美国接受过培训，鼓励他对卢蒙巴分子和苏联东欧集团采取行动。9月16日，蒙博托的军队将选举产生的议员们驱逐出利奥波德维尔的议会大楼。次日，他又下令苏联人和捷克人关闭其使馆。尽管卡萨武布批评蒙博托“厚颜无耻”，但还是保留了其总统职位。
蒙博托的政变和之后苏联使馆的关闭，激起了赫鲁晓夫对哈马舍尔德秘书长和联合国的极大愤怒。“我要唾弃联合国，”面对不断来自刚果的坏消息，赫鲁晓夫说道，“那不是我们的组织……哈马舍尔德毫无用处，他对大事不闻不问，因为那不关他的事……我们不能让他过好日子。”苏联驻联合国大使瓦列里安·佐林接到指示，要指责哈马舍尔德和美国人相勾结，把卢蒙巴撵下台。但是，赫鲁晓夫还有更大的决心。他想让哈马舍尔德辞职，并认为可以一并废除秘书长这个职位。“在甲板上，我忽然对联合国的结构有了这个想法。”一个月后赫鲁晓夫在克里姆林宫向主席团委员们解释道。赫鲁晓夫认为，联合国的未来危在旦夕。其结论是，由来自资本主义、社会主义和中立国家等三个世界的代表组成一个三驾马车，共同管理联合国。当决定是否要给联合国施加更大压力时，赫鲁晓夫却决定降低苏联人在刚果冲突中所面临的直接风险。由于局势恶化，苏联飞行员和飞机已经暂停在刚果执行使命，莫斯科下令他们和苏联外交官一同回国。
赫鲁晓夫抵达纽约之前的几天里，联合国所发生的这些大事表明，要想取得绝大多数成员国对改革联合国领导机构的支持，以及彻底改变苏联在刚果的政策，还面临着巨大的挑战。为了回应佐林的指责，哈马舍尔德秘书长呼吁成员国表示对联合国的支持。在一个由加纳代表团提出的决议案中，他达到了这一目的。加纳支持卢蒙巴，但无意于让刚果变成一处冷战战场。9月18日，投票结果70比0，成员国一致通过决议。决议案明确要求哈马舍尔德应该采取“强有力的行动”来实施安理会决议案，任何国家不得向刚果派出军事人员或运送武器，除非它们是联合国行动的一部分。只有苏联东欧集团、法国和南非弃权。在赫鲁晓夫的非洲和亚洲新盟友中，没有一个国家反对这个决议案。
和赫鲁晓夫一样，华盛顿对刚果结局也没有信心。艾森豪威尔政府并不认为蒙博托一个人就能有效遏制来自卢蒙巴的威胁。9月16日，卢蒙巴自己逃到联合国军队驻地，接受后者保护。联合国军队保护他，还允许他在利奥波德附近散步。9月24日，艾伦·杜勒斯再次确认了华盛顿的愿望，即“消除卢蒙巴在政府机构中任职的任何可能性”。两天后，中情局的科学顾问悉尼·戈特利布博士被派到刚果，带去许多毒药，要毒死卢蒙巴。中情局相信，可以找到他的家，然后把毒药放在牙膏里。有人告诉中情局驻利奥波德维尔站站长劳伦斯·德尔文，杀死卢蒙巴的命令来自艾森豪威尔。德尔文向悉尼·戈特利布问道，他是否听到总统说过这些话。后者的答复是，没有听到，但解释道，负责这项计划的中情局副局长比斯尔曾向他保证，总统下达了这道命令。
9月19日，赫鲁晓夫和苏联代表团乘船抵达纽约。赫鲁晓夫还没有告诉美国人他要在纽约待多长时间。有谣言说，在纽约时代广场著名的街头游行中，他将鸣钟迎接新年。这次不像1959年，美国政府没有给他铺红地毯。赫鲁晓夫此前已经向国外记者提及他有兴趣会见艾森豪威尔总统，但是，后者并没有回应这个说法。
4天后，在联合国大会上的讲话中，赫鲁晓夫强烈谴责西方大国对刚果实施的阴谋。他否认卢蒙巴是共产党员，并警告西方，他们庆祝扳倒卢蒙巴的胜利还为时过早。之后，他还攻击了联合国的领导层。在三驾马车的提议中，他将联合国的领导层称为“一边倒”。
哈马舍尔德拒绝辞职。9月26日，他做了平静而又坚定的发言，捍卫了联合国秘书长的职位，“这不是一个人的问题，而是一个机构的问题。”他说道。
会议间歇，赫鲁晓夫会见世界各国领导人，争取他们对改革联合国组织的支持。他和纳赛尔总统以及加纳领导人恩格努马讨论了很长时间。两位领导人都接受过苏联的军事援助，倾向于卢蒙巴，然而，他们两人都让赫鲁晓夫感到失望。最终，除苏联的第三世界盟友——印度、加纳、几内亚和阿拉伯联合共和国，没有一个国家支持赫鲁晓夫以三驾马车来取代哈马舍尔德的提议。几内亚领导人塞古·杜尔对哈马舍尔德的公开批评最尖锐，但是和恩格努马一样，他只是支持一个妥协计划，要哈马舍尔德的三个代理人各自代表三个不同类型的国家。
在赫鲁晓夫看来，恩格努马是一个有趣的怪人。8月6日，这位非洲领导人要求苏联秘密提供军事援助，而在纽约和赫鲁晓夫的私下会谈中，他又告诉后者，“除过社会主义，非洲没有出路”。但是，在联合国大会上，他拒绝对哈马舍尔德秘书长发起攻击。
在赫鲁晓夫的第三世界盟友中，菲德尔·卡斯特罗是唯一一个例外。两位领导人首次在苏联领事馆会见后，就迅速建立起个人关系。古巴人追随苏联人，投票反对哈马舍尔德的刚果政策，并号召改革联合国，以此来体现两国间的友谊。