冬瓜疫病主要侵害茎、叶、果各部位，整个生育期均可发病。苗期受害，茎、叶、叶柄及生长点呈水渍状或萎蔫，后干枯死亡。成株染病多从茎嫩头或节部发生，初为水渍状，病部失水缢缩，病部以上叶片迅速萎蔫，维管束不变色。叶片受害，先出现水渍状圆形或不规则灰绿色大斑，严重的叶片枯死。果实受害时，先在近地面的部位发生淡黄色水渍状病斑，后病斑稍凹陷，有时开裂，溢出胶状物，病部扩大后引致瓜腐烂，表面常着生白霉。
本病属真菌性病害。通常在7~9月间发生。前旱后雨或瓜进入生长期浇大水时易发病。在低洼、排水不良、重茬地块发病严重，爬地冬瓜比架冬瓜发病严重。
防治疫病可采取以下措施：
（1）与非瓜类作物实行3年以上轮作。
（2）收获后及时清洁田园，把病残体集中烧毁或深埋。
（3）营养土消毒。每平方米用25％甲霜灵可湿性粉剂8克，或用40％福乐马林水剂300倍液进行营养土消毒，然后再播种育苗。
（4）高畦深沟栽培，雨后及时排水。
（5）结瓜后垫草或搭架把瓜吊起来或垫高，避免接触地面，雨季适当提前采收。
（6）发病初期选用65％代森锌可湿性粉剂500~600倍液、64％杀毒矾可湿性粉剂500~600倍液、58％雷多米尔锰锌可湿性粉剂800~1000倍液、72％克露可湿性粉剂600倍液等药剂，7~10天喷施1次，连续2~3次。