冬瓜立枯病主要危害幼苗茎基部或地下根部。受害幼苗初始在茎部出现椭圆形暗褐色病斑，逐渐向里凹陷，边缘较明显，扩展后绕茎1周，致茎部萎缩干枯，后瓜苗死亡，但不折倒。根部染病多在近地表根茎处，皮层变褐色或腐烂。瓜苗开始白天萎蔫，夜间恢复，几天后病株萎蔫枯死。
病菌可在土壤或病残体中越冬，通过雨水、灌溉水及带菌农家肥等传播。一般苗床高温、高湿、通风不良、土壤忽干忽湿时容易发病。
防治立枯病可采取以下措施：
（1）选用无病菌的土壤育苗。
（2）培育壮苗，提高植株抗病能力。
（3）育苗棚可用福尔马林200倍液浇淋土壤，闷棚7天后定植。
（4）用58％安克锰锌可湿性粉剂8～10克拌15千克细土，用于播种后覆盖种子。
（5）用50％双氧水浸种3小时，然后用清水冲洗干净后播种。
（6）药剂防治。发病初期可喷施50％多菌灵可湿性粉剂500倍液、70％甲基托布津可湿性粉剂1000～1500倍液、5％井冈霉素水剂1500倍液、20％甲基立枯磷可湿性粉剂1200倍液、15％恶霉灵450倍液、10％立枯灵水悬剂300倍液等药剂，7～10天1次，连续喷2～3次。