育苗营养土或育苗基质是冬瓜苗生长的物质基础，其质量的高低直接影响幼苗是否健壮。好的育苗土或育苗基质不仅无病株残体和虫卵等病原物，还含有幼苗生长所必需的各种营养物质。
为避免苗期发生猝倒病、立枯病等，可用6份3年以上未种过瓜类蔬菜地块中的生土和4份充分腐熟的优质圈肥做育苗土，使用前将两者混合均匀并过筛。也可用5份5年以上未种过瓜类蔬菜地块中的热土与5份草炭土充分混和拌匀，得到的营养土保水保肥性能好，但当土壤或圈肥消毒不彻底时，苗期病害较重。
冬瓜育苗进行工厂化生产时常采用穴盘（育苗钵），育苗基质可用草炭土、蛭石、珍珠岩等主要物质调配而成。生产上草炭土、蛭石、珍珠岩的比例构成有3种：5∶3∶2，6∶2∶2，7∶2∶1。这类育苗基质具有疏松、透气性好、无病原物等特点。
在配制育苗土或育苗基质时，要与农药和肥料的使用相结合，但要注意施用均匀，宜用高浓度的全元素复合肥，不用尿素，以防止烂种。具体做法是：①与农药的使用结合，用于消灭育苗土或育苗基质含有的病原物，可在配制过程中喷施50％多菌灵可湿性粉剂500倍液和40％辛硫磷乳油800倍液，每立方米育苗土或育苗基质加入以上两种药剂各80克；②与肥料的使用结合，用于防止冬瓜苗期出现脱肥现象，可在育苗土或育苗基质中加入宝力丰和适量的微肥，每立方米基质中加入宝力丰1千克、硫酸锌和硫酸亚铁各50～100克。