在一昼夜里，母牦牛发情开始的时间，多在早晚凉爽的时候，6～9时的占46.7％，19～22时的占26.7％。雨后阴天出现发情的较多。
母牦牛在发情初期，神态不安，放牧中采食减少，外阴轻微肿胀，阴道呈粉红色，阴门流出少量透明如水的黏液。喜爬跨别的母牦牛，喜与育成公牛追逐，但拒绝公牛爬跨。
发情中期或晚期，一般出现在发情后10～15小时，外阴明显肿胀、湿润，阴门流出蛋白样黏液。举尾频尿或弓腰举尾。放牧牦牛很少采食，主动寻找成年公牛，或成年公牛追逐不离，公牦牛爬跨时举尾、安静站立欲接受交配。交配后母牦牛后躯被毛上有粪土、蹄印等明显痕迹。
发情末期，上述特征逐渐消失，神态、采食趋于正常，外阴肿胀消退，黏液变稠，呈现出草黄色。发情结束后，部分母牦牛阴道排出少量血液。一般发情母牦牛阴道排血出现在发情后1～4天，此时不宜再交配或人工输精，因血液对精子会产生凝集而影响精子的运动。