（1）制定选育方案的依据。制定选育方案前，要进行调查研究，要采取全面了解和深入重点畜群测定相结合的方法，主要摸清该类群（品种）形成的历史、产地的生态环境、分布及数量、体型外貌、生产性能及重要优缺点等，作为制定选育方案的依据。同时应注意发现优良的牛群、个体以及适宜开展选育工作的基点和牛场。在牦牛类群、生态环境及经济条件等基本相似的地区，为避免分散人力、物力，要打破封闭状态，积极采取横向联合和大协作的办法，进行共同选育。
（2）确定选育方向。本种选育是提高牦牛生产性能的长期工作，因此，必须有个正确的选育方向，以便持久地进行选育。确定选育方向的基本原则是要适应国民经济发展的需要，要适应当地的生态环境，要保存原有牦牛类群或品种的优良性状或特殊性状。
从国内外的报道资料看，牦牛的选育方向以肉用为主或肉毛、肉乳兼用，并据此拟出相应的选育指标。但要考虑以下三个问题：①牦牛毛的问题。应保持和不断提高牦牛毛、绒和尾的特有品质和产量，不能削弱这一宝贵特性。②适应性的问题。适应性方面的有关指标，虽不能直接表示经济性状，但对生产性能起重大影响，选育中必须特别注意或进行有关指标的测定分析。因为高山草原环境寒冷、少氧、冷季长，只有健壮、结实、适应性强的牛只，才能保持高的生活力和生产性能。③早熟性的问题。早熟性应包括性早熟、生理早熟和肉用早熟。在选育中要注意肉用早熟这一性状，即指较早的年龄达到较大的活重和具有成年牦牛的胴体形态组成，达到相当的肥度而符合屠宰要求。
（3）确定选育方案的主要内容。牦牛的本种选育方案，是保证实现选育工作的行动计划，应该成为远景规划和逐年实施计划相结合的选育工作指导文件。要求有明确的选育方向、繁育方法和选育措施，体现出科学的选育和管理技术等。因此在制订方案时要由主管部门的负责人、畜牧科技人员、生产人员集体讨论，并请有关专家指导论证。选育方案的主要内容包括：①选育地区的生态、经济及畜牧业等基本情况。选育地区的范围、位置、生态环境条件；选育地区的经济条件和畜牧业、牦牛生产的概况；现有牦牛群的质量、选种选配及饲养管理特点等。②选育方向及指标。根据国民经济需要和当地牦牛的特点等，确定选育方向及不同阶段的选育指标。以肉毛兼用为选育方向时，要明确各年龄段的体尺、活重、日增重、屠宰率、产毛量等。确定选育要达到的体型外貌、体尺、活重等以及发展数量。③选育措施。提出保证完成选育方案的各种措施。包括繁育方法及选种选配的原则，种畜评定推广办法，种牦牛的培育，核心群的组群计划，培育草原及建立饲料基地，疾病防治等措施。④还应拟定出选育区各单位的协作办法，必须遵循的原则和规章制度。