秸秆覆盖系指利用农业副产物（茎秆、落叶、糠皮）或绿肥为材料进行的农田覆盖。其用量以把地面盖匀、盖严而又不压苗为准，覆盖量从3750千克/公顷到15000千克/公顷不等。
（1）节水效应。秸秆覆盖增强土壤蓄水保墒能力，改善土壤供水状况。在自然条件下，土壤表层受雨滴的直接冲击，土壤团粒结构被破坏，土壤孔隙度减小，形成不易透水透气、结构细密紧实的土壤表层，影响降水就地入渗。而在土壤表面覆盖一层秸秆可避免降水对地面的冲击，形成团粒结构稳定，土壤疏松多孔土壤，因而土壤的导水性强，降水就地入渗快，地表径流少。
许多研究表明，秸秆覆盖下，作物生育前期蒸散耗水比裸地少，中后期蒸散耗水比裸地多，全生育期耗水量与裸地并无明显的差异。其意义就在于秸秆覆盖有调控土壤供水的作用，使作物苗期耗水减少，需水关键期耗水增加，农田水分供需状况趋于协调，从而提高水分利用效率。
（2）调节土壤温度。秸秆覆盖在地表形成一层土壤与大气热交换的障碍层，既可阻止太阳直接辐射，也可减少土壤热量向大气中散发，同时还可有效地反射长波辐射，因此，对土壤温度有明显影响。在白天起降温作用，土壤温度偏低，日最高温度相对较低；在夜间则有保温作用，土壤温度偏高，日最低温度相对较高。日变化的振幅减少；在冬季有保温作用，在夏季则有降温作用。秸秆覆盖下土壤温度年、日变化均趋平稳，低温时有增温效应，高温时又有降温效应，这对作物生长十分有利，能有效地缓解气温剧变对作物的伤害。
（3）抑制土壤蒸发。秸秆覆盖可减少地面的蒸发。在我国北方干旱、半干旱地区，因水分不足，常以休闲来调节年度的水分亏缺，但休闲期常因蒸发强烈和保墒措施不当造成跑墒。采用秸秆覆盖，可以有效地抑制土壤蒸发，保蓄降水。
（4）保持水土。土壤的水蚀主要是径流引起的。为了保水，必须保土，要保土，又必须减少径流。秸秆覆盖能改良土壤结构，增加水稳性团粒结构，土壤疏松多孔，导水性强，从而表土渗透性好，雨水就地入渗快，径流量小，水土流失少。控制土壤侵蚀所需的作物秸秆量随土壤和坡度不同，随坡度增加，覆盖量应增加，小谷物秸秆覆盖效果好于玉米秸秆。
（5）增加土壤养分。秸秆覆盖可增加土壤养分含量，改善土壤结构和物理性质。作物秸秆本身含有各种营养元素，是土壤养分的主要补给源。
风干的麦秸氮、磷、钾含量分别为0.41%、0.18%、2.28%。此外，秸秆覆盖还田对于土壤微量元素的补充，也起着重要的作用。因此，覆盖的秸秆翻入土壤后自然能增加养分含量。
植物秸秆绝大部分是有机成分，秸秆覆盖还田还能够提高土壤腐殖质含量。盖秸土壤有机质含量提高，容重下降，其稳水保肥性能增强，通透性改善。据报道，小麦秸秆连续覆盖两年，可增加土壤有机质0.14%、腐殖质0.27%，全氮0.02%，降低土壤容重0.09克/立方厘米。
秸秆覆盖对土壤生物活性和微生物活动有良好影响。土壤秸秆覆盖为增加土壤酶促反应和土壤呼吸强度提供了基质，从而促进了生物活性的提高。反过来又促使秸秆的分解转化，形成一个良性循环的互促效应。
（6）农田防护效应。秸秆覆盖有抑制农田杂草的作用。试验表明，稻草覆盖较露地麦田杂草密度下降。秸秆覆盖对防止土壤盐碱化和改良盐碱土也有一定作用。覆盖秸秆经微生物分解、转化形成腐殖质，腐殖质是一种两性胶体，能提高土壤的缓冲性能，并可和碳酸钠作用形成腐殖酸钠，降低土壤碱性。腐殖酸钠还能刺激作物生长增加抗盐能力。腐殖质可以促进团粒结构的形成，从而使孔隙度增加，透水性增强，有利于盐分淋洗；同时又使毛管作用减弱，有利于抑制返盐。秸秆有机质在分解过程中产生大量有机酸，一方面可以中和土壤碱性；另一方面可以加速养分分解，促进迟效养分转化，提高磷的有效性。